PDB-8v08: Crystal structure of human PLD4 co-crystallized with 5'Pi-ssDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v08

タイトル

Crystal structure of human PLD4 co-crystallized with 5'Pi-ssDNA

要素

(5'-3' exonuclease PLD4) x 2
ssDNA

キーワード

HYDROLASE/DNA / PLD4 / phospholipase / phosphohistidine / nuclease / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / trans-Golgi network membrane / hematopoietic progenitor cell differentiation / Role of phospholipids in phagocytosis / phagocytosis / phagocytic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Yuan, M. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI142945	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	AG070775	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic insights into disease-associated endolysosomal exonucleases PLD3 and PLD4.
著者: Yuan, M. / Peng, L. / Huang, D. / Gavin, A. / Luan, F. / Tran, J. / Feng, Z. / Zhu, X. / Matteson, J. / Wilson, I.A. / Nemazee, D.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	8v08_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v08	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8v05C 8v06C 8v07C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-3' exonuclease PLD4

B: 5'-3' exonuclease PLD4

C: ssDNA

D: ssDNA

109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.980, 88.980, 273.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	5'-3' exonuclease PLD4 / Choline phosphatase 4 / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D4 / Phospholipase D family ...Choline phosphatase 4 / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D4 / Phospholipase D family member 4 / Phospholipase D4 / PLD 4 分子量: 53755.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD4, C14orf175, UNQ2488/PRO5775 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BZ4, spleen exonuclease
#2: タンパク質	5'-3' exonuclease PLD4 / Choline phosphatase 4 / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D4 / Phospholipase D family ...Choline phosphatase 4 / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D4 / Phospholipase D family member 4 / Phospholipase D4 / PLD 4 分子量: 53676.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD4, C14orf175, UNQ2488/PRO5775 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BZ4, spleen exonuclease
#3: DNA鎖	ssDNA 分子量: 867.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.5 mM magnesium chloride, 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.2, 10% w/v PEG3000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 26166 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.3 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 4.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3-3.05	13.7	1.659	1255	0.639	0.883	0.459	1.724	0.418	99.5
3.05-3.11	15.5	1.455	1294	0.741	0.923	0.378	1.504	0.427	99.8
3.11-3.17	16.6	1.187	1283	0.82	0.949	0.297	1.225	0.427	99.5
3.17-3.23	16.7	1.052	1276	0.87	0.965	0.262	1.085	0.43	99.7
3.23-3.3	18.5	0.929	1294	0.902	0.974	0.219	0.955	0.436	99.8
3.3-3.38	18.2	0.808	1268	0.892	0.971	0.192	0.831	0.437	99.8
3.38-3.46	18.8	0.604	1280	0.971	0.993	0.141	0.621	0.577	99.7
3.46-3.56	19.9	0.445	1300	0.976	0.994	0.101	0.457	0.471	99.8
3.56-3.66	19.8	0.346	1277	0.987	0.997	0.079	0.355	0.55	99.8
3.66-3.78	19.8	0.298	1285	0.99	0.997	0.068	0.305	0.651	99.8
3.78-3.91	19.4	0.243	1297	0.992	0.998	0.056	0.249	0.711	99.8
3.91-4.07	19.3	0.168	1315	0.996	0.999	0.039	0.173	0.635	99.8
4.07-4.26	18.1	0.135	1304	0.997	0.999	0.033	0.139	0.666	99.8
4.26-4.48	18.8	0.117	1299	0.997	0.999	0.028	0.121	0.722	99.8
4.48-4.76	19.6	0.099	1299	0.998	0.999	0.023	0.102	0.782	100
4.76-5.13	19.9	0.089	1327	0.998	1	0.02	0.091	0.781	100
5.13-5.64	19.3	0.082	1328	0.998	0.999	0.019	0.084	0.751	100
5.64-6.46	18	0.071	1346	0.999	1	0.017	0.074	0.717	100
6.46-8.13	18.6	0.054	1377	0.999	1	0.013	0.056	0.694	100
8.13-50	17.1	0.04	1462	1	1	0.01	0.041	0.77	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→44.66 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3175	1299	4.97 %
R_work	0.2631	-	-
obs	0.2658	26111	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→44.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6110	114	0	0	6224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	8810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	29.256	922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	989
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.12	0.3527	149	0.3568	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.12-3.26	0.4738	137	0.3527	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.43	0.3637	140	0.3331	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.65	0.3577	152	0.2886	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.93	0.3703	143	0.2954	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.32	0.3464	125	0.2656	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.95	0.2993	156	0.2371	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-6.23	0.2856	140	0.2693	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
6.23-44.66	0.2892	157	0.2331	2958	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1134	-0.7943	0.9742	5.6261	2.7631	2.6352	-0.1425	-1.6182	-0.0554	1.6697	0.3209	0.1333	0.1263	-1.0975	-0.2684	0.7235	0.1904	-0.0887	1.6749	-0.0215	0.4058	-18.7036	-29.8674	-30.4547
2	3.2001	0.1079	-1.0515	2.2826	-0.8884	2.5369	0.4346	-1.4146	-0.0879	0.5223	-0.424	-0.2697	-0.4573	0.1661	0.2057	0.5316	0.1603	-0.1115	1.5142	0.3474	1.0019	-7.6477	-42.9375	-34.3532
3	1.8858	-1.9216	-1.8074	4.3236	1.4435	1.8289	-0.188	-0.9816	-0.2392	0.5963	-0.2317	0.0698	0.3689	0.129	0.0981	0.5569	-0.0226	0.1353	2.2329	0.0239	0.5247	-17.5087	-34.1471	-34.5224
4	9.4733	-1.9678	5.096	0.995	-0.8503	5.6529	0.2668	-1.4362	0.1089	-0.184	0.4876	0.8447	-0.0087	-1.6163	-0.2708	0.8001	-0.1139	-0.0308	0.6703	0.5096	1.1026	-25.2391	-50.5636	-43.3602
5	7.2061	-0.0452	-6.2431	6.752	1.2298	5.621	0.0729	-0.0951	-0.3969	-0.974	-0.0092	0.7029	-0.2698	-2.3161	0.4379	0.8749	0.345	-0.0342	1.814	0.1412	1.0532	-31.354	-39.2734	-46.7324
6	3.4583	1.659	-0.1462	3.7261	-1.0155	4.4289	0.0726	-0.9835	-0.005	0.0104	-0.1885	-0.1038	0.1207	-0.2824	0.0183	0.2992	0.158	0.0162	0.6124	-0.0466	0.5807	-15.964	-24.8337	-55.6275
7	3.642	1.0168	-0.2789	5.4385	-1.1119	2.2108	-0.2607	-1.4186	0.8845	0.1095	0.3722	-0.1281	-0.3653	-0.4921	-0.0695	0.5262	0.2173	-0.0953	1.1674	-0.1854	0.7736	-17.312	-23.3258	-48.3794
8	3.188	-0.5657	-1.8754	1.4123	-1.2821	3.1032	0.8589	0.1394	0.4293	-1.2802	-0.5196	0.2699	0.0369	-0.3218	-0.1879	1.1979	0.4284	0.1139	0.8924	0.0861	0.5392	-19.3497	-22.8388	-105.4039
9	1.565	-0.2827	-0.0543	0.1982	0.0036	0.8575	0.2314	0.0465	0.2805	-0.5071	0.0632	0.1184	0.0915	-0.0194	0.5975	1.5325	0.9054	-0.4509	0.8433	0.0973	0.6239	-35.8848	-17.8715	-102.561
10	0.9295	-0.1644	0.2567	3.4059	-1.4266	0.7402	0.8297	0.7029	-0.0033	-1.2914	-0.2223	0.8229	0.2407	-0.054	1.1722	1.7067	0.9753	-0.161	0.6079	-0.0458	0.7175	-27.1495	-28.0645	-101.358
11	3.3278	1.6117	-3.0185	1.7925	-0.2838	4.0794	-0.6572	-0.278	-0.5272	-0.3758	0.2821	-0.4187	2.339	1.144	0.5412	1.5436	0.3827	-0.1324	0.7916	-0.1254	0.9217	-32.1726	-39.6842	-91.7552
12	4.7106	-1.1219	1.6666	4.8165	-0.4549	4.3994	0.2778	0.4376	-0.0336	-1.0353	-0.3643	-0.0347	0.216	0.1056	-0.0179	0.5787	0.2838	0.1359	0.6336	0.0443	0.6943	-17.0827	-23.6654	-77.1415
13	2.3679	0.5441	0.8993	4.5732	-0.1954	1.4381	0.4318	0.282	-0.2806	-0.9903	-0.6551	0.6216	0.5503	0.5246	0.0907	0.958	0.5525	-0.0698	0.7093	0.1841	0.505	-17.9545	-21.9526	-90.1256
14	2.0485	-0.1266	-1.6954	0.0498	0.0651	1.4142	0.6738	-0.0232	0.543	-0.317	-0.2293	-0.1188	-1.046	0.2012	0.5489	1.0838	-0.066	0.5026	0.5156	0.4631	1.6472	-11.7245	-7.0236	-81.7458
15	6.548	5.3037	2.2342	4.4255	2.0646	2.2685	1.6466	-0.9459	-2.9933	-1.1625	1.2879	-0.1693	2.7281	-1.4382	-2.7105	1.4628	-0.2892	-0.1909	1.7261	0.0588	1.4887	-3.4026	-37.8065	-49.7507
16	4.6264	-3.8764	-1.2622	7.2368	5.4273	5.631	3.2197	-2.27	-2.4263	0.5554	-2.25	1.7716	0.2606	0.4521	-1.7558	2.2546	-0.3276	-0.2295	2.1371	0.4641	1.9737	-33.7826	-14.8964	-85.7268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 94 through 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 137 through 216 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 217 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 251 through 287 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 288 through 319 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 320 through 434 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 435 through 505 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 94 through 136 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 137 through 216 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 217 through 266 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 267 through 319 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 320 through 411 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 412 through 485 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 486 through 505 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 3 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 3 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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