PDB-8v07: Crystal structure of mouse PLD3 co-crystallized with 5'Pi-ssDNA f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v07

タイトル

Crystal structure of mouse PLD3 co-crystallized with 5'Pi-ssDNA for 30 days

要素

5'-3' exonuclease PLD3

キーワード

HYDROLASE / PLD3 / phospholipase / phosphohistidine / nuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

spleen exonuclease / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / Role of phospholipids in phagocytosis / phospholipase D activity / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lysosomal lumen / early endosome membrane / late endosome membrane / inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Yuan, M. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI142945	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	AG070775	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic insights into disease-associated endolysosomal exonucleases PLD3 and PLD4.
著者: Yuan, M. / Peng, L. / Huang, D. / Gavin, A. / Luan, F. / Tran, J. / Feng, Z. / Zhu, X. / Matteson, J. / Wilson, I.A. / Nemazee, D.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v07.cif.gz	353.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v07.ent.gz	282.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v07_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v07_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8v07_validation.xml.gz	66.3 KB	表示
CIF形式データ	8v07_validation.cif.gz	92.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v05C 8v06C 8v08C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: 5'-3' exonuclease PLD3

A: 5'-3' exonuclease PLD3

C: 5'-3' exonuclease PLD3

D: 5'-3' exonuclease PLD3

ヘテロ分子

214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: 5'-3' exonuclease PLD3

A: 5'-3' exonuclease PLD3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 5'-3' exonuclease PLD3

D: 5'-3' exonuclease PLD3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.523, 54.789, 203.574
Angle α, β, γ (deg.)	83.65, 89.10, 89.90
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質	5'-3' exonuclease PLD3 分子量: 51856.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pld3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35405

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#9: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 570分子

#5: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.5 mM magnesium chloride, 0.1 M citric acid, pH 4.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 131978 / % possible obs: 83.1 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	1.9	0.701	5605	0.529	0.832	0.587	0.919	0.738	69.3
2.03-2.07	2	0.65	6107	0.603	0.868	0.536	0.847	0.763	78.7
2.07-2.11	2.1	0.601	6898	0.657	0.89	0.492	0.78	0.804	85.4
2.11-2.15	2.2	0.501	7180	0.74	0.922	0.405	0.648	0.764	91.3
2.15-2.2	2.2	0.492	7463	0.76	0.929	0.395	0.634	0.757	93.6
2.2-2.25	2	0.488	5024	0.704	0.909	0.395	0.631	0.75	63.9
2.25-2.31	1.8	0.35	4089	0.722	0.916	0.292	0.458	1.299	51.3
2.31-2.37	2.2	0.319	7484	0.853	0.959	0.256	0.412	0.859	93.6
2.37-2.44	2.2	0.265	7440	0.883	0.968	0.211	0.341	0.894	94.5
2.44-2.52	2.1	0.225	7419	0.883	0.969	0.183	0.291	0.974	93.7
2.52-2.61	2.3	0.189	7656	0.934	0.983	0.148	0.241	0.948	95.3
2.61-2.71	2.4	0.164	7494	0.944	0.986	0.126	0.208	1.036	95
2.71-2.84	2.3	0.135	7407	0.956	0.989	0.104	0.171	1.145	93.7
2.84-2.99	2.5	0.109	7556	0.972	0.993	0.081	0.137	1.321	95
2.99-3.17	2.6	0.089	7364	0.98	0.995	0.064	0.11	1.57	93.2
3.17-3.42	2.6	0.075	7328	0.985	0.996	0.054	0.092	1.828	91.6
3.42-3.76	2.2	0.066	4609	0.985	0.996	0.05	0.084	2.239	58.6
3.76-4.31	2.3	0.056	5331	0.988	0.997	0.042	0.071	2.711	66.8
4.31-5.43	2.4	0.048	5880	0.992	0.998	0.035	0.06	2.705	74.1
5.43-50	2.6	0.045	6644	0.994	0.999	0.032	0.056	2.35	83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→37.12 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	6469	4.9 %
R_work	0.2236	-	-
obs	0.2256	131925	82.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→37.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12777	0	414	558	13749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	13536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.781	18450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.181	2008
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.159	2126
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	2333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.01	0.3442	105	0.3349	2235	X-RAY DIFFRACTION	43
2.01-2.04	0.3875	212	0.3276	3747	X-RAY DIFFRACTION	73
2.04-2.06	0.3598	212	0.3116	3893	X-RAY DIFFRACTION	79
2.06-2.09	0.3385	237	0.3099	4273	X-RAY DIFFRACTION	82
2.09-2.12	0.3241	253	0.3182	4436	X-RAY DIFFRACTION	88
2.12-2.14	0.3465	228	0.2882	4679	X-RAY DIFFRACTION	92
2.14-2.18	0.3561	232	0.2904	4730	X-RAY DIFFRACTION	93
2.18-2.21	0.3511	263	0.2974	4752	X-RAY DIFFRACTION	94
2.21-2.24	0.3299	163	0.3119	3408	X-RAY DIFFRACTION	68
2.24-2.28	0.4113	150	0.37	2693	X-RAY DIFFRACTION	52
2.28-2.32	0.3759	165	0.3001	2616	X-RAY DIFFRACTION	54
2.32-2.36	0.3111	255	0.2567	4829	X-RAY DIFFRACTION	94
2.36-2.41	0.3119	255	0.2556	4808	X-RAY DIFFRACTION	95
2.41-2.45	0.282	258	0.2482	4721	X-RAY DIFFRACTION	94
2.45-2.51	0.3085	272	0.2472	4791	X-RAY DIFFRACTION	94
2.51-2.57	0.2861	256	0.2404	4795	X-RAY DIFFRACTION	95
2.57-2.63	0.3419	228	0.2421	4883	X-RAY DIFFRACTION	96
2.63-2.7	0.3251	229	0.2376	4848	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7-2.78	0.2655	238	0.2297	4822	X-RAY DIFFRACTION	94
2.78-2.87	0.291	235	0.2308	4844	X-RAY DIFFRACTION	94
2.87-2.97	0.2884	233	0.223	4799	X-RAY DIFFRACTION	95
2.97-3.09	0.2868	199	0.2139	4817	X-RAY DIFFRACTION	94
3.09-3.23	0.2519	217	0.2147	4785	X-RAY DIFFRACTION	93
3.23-3.4	0.2656	206	0.2139	4674	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4-3.62	0.2405	166	0.2126	3585	X-RAY DIFFRACTION	71
3.62-3.9	0.2027	138	0.1897	2682	X-RAY DIFFRACTION	52
3.9-4.29	0.2104	220	0.1755	3290	X-RAY DIFFRACTION	66
4.29-4.91	0.1821	201	0.1618	3686	X-RAY DIFFRACTION	72
4.91-6.18	0.2102	184	0.1855	4111	X-RAY DIFFRACTION	81
6.18-37.12	0.2263	259	0.2025	4224	X-RAY DIFFRACTION	84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)