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Yorodumi- PDB-8v07: Crystal structure of mouse PLD3 co-crystallized with 5'Pi-ssDNA f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8v07 | |||||||||
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Title | Crystal structure of mouse PLD3 co-crystallized with 5'Pi-ssDNA for 30 days | |||||||||
Components | 5'-3' exonuclease PLD3 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / PLD3 / phospholipase / phosphohistidine / nuclease | |||||||||
Function / homology | Function and homology information spleen exonuclease / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / Role of phospholipids in phagocytosis / phospholipase D activity / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lysosomal lumen / late endosome membrane / early endosome membrane / inflammatory response ...spleen exonuclease / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / Role of phospholipids in phagocytosis / phospholipase D activity / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lysosomal lumen / late endosome membrane / early endosome membrane / inflammatory response / lysosomal membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99 Å | |||||||||
Authors | Yuan, M. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2024 Title: Structural and mechanistic insights into disease-associated endolysosomal exonucleases PLD3 and PLD4. Authors: Yuan, M. / Peng, L. / Huang, D. / Gavin, A. / Luan, F. / Tran, J. / Feng, Z. / Zhu, X. / Matteson, J. / Wilson, I.A. / Nemazee, D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8v07.cif.gz | 353.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8v07.ent.gz | 282.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8v07.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8v07_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8v07_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | 8v07_validation.xml.gz | 66.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8v07_validation.cif.gz | 92.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v07 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8v05C 8v06C 8v08C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules BACD
#1: Protein | Mass: 51856.188 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Pld3 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: O35405 |
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-Sugars , 4 types, 8 molecules
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Sugar | ChemComp-NAG / | |
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-Non-polymers , 5 types, 570 molecules
#5: Chemical | ChemComp-CIT / | ||||||
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#6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-ACE / | #8: Chemical | ChemComp-PO4 / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.6 M ammonium sulfate, 0.5 mM magnesium chloride, 0.1 M citric acid, pH 4.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→50 Å / Num. obs: 131978 / % possible obs: 83.1 % / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99→37.12 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 29.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→37.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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