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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uxq | |||||||||
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タイトル | Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / heterochromatin / nucleosome / chromatin / GENE REGULATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromocenter / histone methyltransferase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / histone deacetylase complex / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / pericentric heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / nucleosomal DNA binding ...chromocenter / histone methyltransferase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / histone deacetylase complex / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / pericentric heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / nucleosomal DNA binding / transcription repressor complex / methylated histone binding / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / heterochromatin formation / kinetochore / histone deacetylase binding / cellular response to insulin stimulus / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / nuclear envelope / chromatin organization / protein-macromolecule adaptor activity / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Tan, D. / Sokolova, V. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of human HP1 in complex with H2A.Z nucleosome 著者: Tan, D. / Sokolova, V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uxq.cif.gz | 296.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uxq.ent.gz | 227.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uxq_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8uxq_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uxq_validation.xml.gz | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uxq_validation.cif.gz | 60.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8uxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8uxq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 10分子 ACEKFLGMHN
#1: タンパク質 | 分子量: 22651.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX5, HP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45973 #2: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / Mutation: C110A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233 #3: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #4: タンパク質 | 分子量: 13450.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2az1, H2afz, H2az / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0S6 #5: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
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-DNA Widom601 (208bp) ... , 2種, 2分子 IJ
#6: DNA鎖 | 分子量: 64456.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 63988.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.288 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 39.2 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2250 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74257 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: P45973 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |