+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uw8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Site-one protease and SPRING | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / serine protease cholesterol metabolism zymogen activation Protein complex glycoprotein secretory pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 site-1 protease / CREB3 factors activate genes / positive regulation of SREBP signaling pathway / ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of cholesterol biosynthetic process / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport ...site-1 protease / CREB3 factors activate genes / positive regulation of SREBP signaling pathway / ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of cholesterol biosynthetic process / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Golgi stack / lysosome organization / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / protein maturation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / response to endoplasmic reticulum stress / cholesterol metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / protein processing / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kober, D.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: SPRING licenses S1P-mediated cleavage of SREBP2 by displacing an inhibitory pro-domain 著者: Hendrix, S. / Dartigue, V. / Hall, H. / Bawaria, S. / Kingma, J. / Bajaj, B. / Zelcer, N. / Kober, D.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uw8.cif.gz | 329.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8uw8.ent.gz | 263.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uw8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uw8_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8uw8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uw8_validation.xml.gz | 53.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uw8_validation.cif.gz | 76.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uw8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42639MC 8uwcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 115048.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBTPS1 / プラスミド: BacMAM pEZT / 細胞株 (発現宿主): HEK 293s GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14703 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 23200.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPRING1, C12orf49, SPRING / プラスミド: BacMAM pEZT / 細胞株 (発現宿主): HEK 293s GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H741 |
-糖 , 2種, 2分子
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 76分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
---|---|
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING / タイプ: COMPLEX 詳細: Co-expressed and secreted ectodomains of SPRING-His10 and S1P-FLAG purified using NiNTA chromatography and gel filtration. Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.12 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES-NaOH and 150 mM NaCl | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 30 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4885 / 詳細: CDS mode, 8 electrons per second, 50 frames. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 452453 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|