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万見
- PDB-8uvf: Structure of NaDC3-DMS complex in Ci-Ci conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uvf
タイトルStructure of NaDC3-DMS complex in Ci-Ci conformation
要素Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Na(+)/dicarboxylate cotransporter(NaDC3) / Solute carries / Elevator type alternating access / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dicarboxylic acid transmembrane transporter activity / dicarboxylic acid transport / high-affinity sodium:dicarboxylate symporter activity / sodium:dicarboxylate symporter activity / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / succinate transmembrane transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / succinate transmembrane transporter activity ...dicarboxylic acid transmembrane transporter activity / dicarboxylic acid transport / high-affinity sodium:dicarboxylate symporter activity / sodium:dicarboxylate symporter activity / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / succinate transmembrane transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / succinate transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / glutathione transmembrane transporter activity / lipid transport / transport across blood-brain barrier / basolateral plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / TETRADECANE / CHOLESTEROL / Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Li, Y. / Wang, D.N. / Mindell, J.A. / Rice, W.J. / Song, J. / Mikusevic, V. / Marden, J.J. / Becerril, A. / Kuang, H. / Wang, B.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS108151 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK135088 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI165782 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121994 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Substrate translocation and inhibition in human dicarboxylate transporter NaDC3.
著者: Yan Li / Jinmei Song / Vedrana Mikusevic / Jennifer J Marden / Alissa Becerril / Huihui Kuang / Bing Wang / William J Rice / Joseph A Mindell / Da-Neng Wang /
要旨: The human high-affinity sodium-dicarboxylate cotransporter (NaDC3) imports various substrates into the cell as tricarboxylate acid cycle intermediates, lipid biosynthesis precursors and signaling ...The human high-affinity sodium-dicarboxylate cotransporter (NaDC3) imports various substrates into the cell as tricarboxylate acid cycle intermediates, lipid biosynthesis precursors and signaling molecules. Understanding the cellular signaling process and developing inhibitors require knowledge of the structural basis of the dicarboxylate specificity and inhibition mechanism of NaDC3. To this end, we determined the cryo-electron microscopy structures of NaDC3 in various dimers, revealing the protomer in three conformations: outward-open C, outward-occluded C and inward-open C. A dicarboxylate is first bound and recognized in C and how the substrate interacts with NaDC3 in C likely helps to further determine the substrate specificity. A phenylalanine from the scaffold domain interacts with the bound dicarboxylate in the C state and modulates the kinetic barrier to the transport domain movement. Structural comparison of an inhibitor-bound structure of NaDC3 to that of the sodium-dependent citrate transporter suggests ways for making an inhibitor that is specific for NaDC3.
履歴
登録2023年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Data collection / Data processing / カテゴリ: em_admin / em_particle_selection
Item: _em_admin.last_update / _em_particle_selection.num_particles_selected
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3
B: Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,84024
ポリマ－134,4722
非ポリマー7,36822
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3


分子量: 67236.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Solute carrier family 13 member 3 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC13A3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WWT9
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#4: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimer of NaDC3 in complex with 2,3-DMS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.134 MDaYES
210.063062 MDaNO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris (Hydroxymethyl) Aminomethane HydrochlorideTris-HCl1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
320 mM2,3-Dimethylsuccinate2,3-DMS1
40.02 %glyco-diosgeninGDN1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Hold 10s before glow discharge / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 0.05 mradians
撮影平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 52.58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19524
詳細: 5416 untilted images were collected in super resolution mode at 40 frames per micrograph, 569 untilted images and 13540 tilted images were collected in super resolution mode at 60 frames per micrograph
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.0.9粒子像選択
2Topaz0.2.5a粒子像選択
3Leginon3.5画像取得
5cryoSPARC3.3.1CTF補正
8UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
9Coot0.9.6モデルフィッティング
11PHENIX1.19.2モデル精密化
12cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
14cryoSPARC3.3.1分類
15cryoSPARC3.3.1３次元再構成
画像処理詳細: The micrographs with an overall resolution worse than 5 angstrom were excluded
CTF補正詳細: CTF amplitude correction was performed after particle polishing
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 689596
詳細: Particles were selected form 5850 untilted images and 13540 40 degree tilted images
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 397856 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 43.72 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
詳細: Initial local fitting was done using Chimera and then coot was used for ajustment.
原子モデル構築Chain residue range: 1-602 / 詳細: The whole model was used as an initial model / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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