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万見
- EMDB-42615: Structure of NaDC3-aKG complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42615
タイトルStructure of NaDC3-aKG complex
マップデータSharpened map of NaDC3-aKG in Ci-Ci conformation
試料
  • 複合体: Dimer of NaDC3 in complex with alpha-ketoglutarate
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 2-OXOGLUTARIC ACID
  • リガンド: TETRADECANE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードNa(+)/dicarboxylate cotransporter(NaDC3) / Solute carries / Elevator type alternating access / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dicarboxylic acid transmembrane transporter activity / dicarboxylic acid transport / high-affinity sodium:dicarboxylate symporter activity / sodium:dicarboxylate symporter activity / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / succinate transmembrane transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / succinate transmembrane transporter activity ...dicarboxylic acid transmembrane transporter activity / dicarboxylic acid transport / high-affinity sodium:dicarboxylate symporter activity / sodium:dicarboxylate symporter activity / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / succinate transmembrane transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / succinate transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / glutathione transmembrane transporter activity / lipid transport / transport across blood-brain barrier / basolateral plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Li Y / Wang DN / Mindell JA / Rice WJ / Song J / Mikusevic V / Marden JJ / Becerril A / Kuang H / Wang B
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS108151 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK135088 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI165782 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121994 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Substrate translocation and inhibition in human dicarboxylate transporter NaDC3.
著者: Yan Li / Jinmei Song / Vedrana Mikusevic / Jennifer J Marden / Alissa Becerril / Huihui Kuang / Bing Wang / William J Rice / Joseph A Mindell / Da-Neng Wang /
要旨: The human high-affinity sodium-dicarboxylate cotransporter (NaDC3) imports various substrates into the cell as tricarboxylate acid cycle intermediates, lipid biosynthesis precursors and signaling ...The human high-affinity sodium-dicarboxylate cotransporter (NaDC3) imports various substrates into the cell as tricarboxylate acid cycle intermediates, lipid biosynthesis precursors and signaling molecules. Understanding the cellular signaling process and developing inhibitors require knowledge of the structural basis of the dicarboxylate specificity and inhibition mechanism of NaDC3. To this end, we determined the cryo-electron microscopy structures of NaDC3 in various dimers, revealing the protomer in three conformations: outward-open C, outward-occluded C and inward-open C. A dicarboxylate is first bound and recognized in C and how the substrate interacts with NaDC3 in C likely helps to further determine the substrate specificity. A phenylalanine from the scaffold domain interacts with the bound dicarboxylate in the C state and modulates the kinetic barrier to the transport domain movement. Structural comparison of an inhibitor-bound structure of NaDC3 to that of the sodium-dependent citrate transporter suggests ways for making an inhibitor that is specific for NaDC3.
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42615.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42615.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of NaDC3-aKG in Ci-Ci conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-0.9602797 - 2.062885
平均 (標準偏差)0.00022437409 (±0.050318006)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42615_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of NaDC3-aKG in Ci-Ci conformation

ファイルemd_42615_additional_1.map
注釈Unsharpened map of NaDC3-aKG in Ci-Ci conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of NaDC3-aKG in Ci-Ci conformation

ファイルemd_42615_half_map_1.map
注釈Half map A of NaDC3-aKG in Ci-Ci conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of NaDC3-aKG in Ci-Ci conformation

ファイルemd_42615_half_map_2.map
注釈Half map B of NaDC3-aKG in Ci-Ci conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimer of NaDC3 in complex with alpha-ketoglutarate

全体名称: Dimer of NaDC3 in complex with alpha-ketoglutarate
要素
  • 複合体: Dimer of NaDC3 in complex with alpha-ketoglutarate
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 2-OXOGLUTARIC ACID
  • リガンド: TETRADECANE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Dimer of NaDC3 in complex with alpha-ketoglutarate

超分子名称: Dimer of NaDC3 in complex with alpha-ketoglutarate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.062 KDa

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分子 #1: Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3

分子名称: Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Solute carrier family 13 member 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.236023 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAALAAAAKK VWSARRLLVL LFTPLALLPV VFALPPKEGR CLFVILLMAV YWCTEALPLS VTALLPIVLF PFMGILPSNK VCPQYFLDT NFLFLSGLIM ASAIEEWNLH RRIALKILML VGVQPARLIL GMMVTTSFLS MWLSNTASTA MMLPIANAIL K SLFGQKEV ...文字列:
MAALAAAAKK VWSARRLLVL LFTPLALLPV VFALPPKEGR CLFVILLMAV YWCTEALPLS VTALLPIVLF PFMGILPSNK VCPQYFLDT NFLFLSGLIM ASAIEEWNLH RRIALKILML VGVQPARLIL GMMVTTSFLS MWLSNTASTA MMLPIANAIL K SLFGQKEV RKDPSQESEE NTAAVRRNGL HTVPTEMQFL ASTEAKDHPG ETEVPLDLPA DSRKEDEYRR NIWKGFLISI PY SASIGGT ATLTGTAPNL ILLGQLKSFF PQCDVVNFGS WFIFAFPLML LFLLAGWLWI SFLYGGLSFR GWRKNKSEIR TNA EDRARA VIREEYQNLG PIKFAEQAVF ILFCMFAILL FTRDPKFIPG WASLFNPGFL SDAVTGVAIV TILFFFPSQR PSLK WWFDF KAPNTETEPL LTWKKAQETV PWNIILLLGG GFAMAKGCEE SGLSVWIGGQ LHPLENVPPA LAVLLITVVI AFFTE FASN TATIIIFLPV LAELAIRLRV HPLYLMIPGT VGCSFAFMLP VSTPPNSIAF ASGHLLVKDM VRTGLLMNLM GVLLLS LAM NTWAQTIFQL GTFPDWADMY SVNVTALPPT LANDTFRTLS GAGA

UniProtKB: Na(+)/dicarboxylate cotransporter 3

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: 2-OXOGLUTARIC ACID

分子名称: 2-OXOGLUTARIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AKG
分子量理論値: 146.098 Da
Chemical component information

ChemComp-AKG:
2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸

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分子 #4: TETRADECANE

分子名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: C14
分子量理論値: 198.388 Da
Chemical component information

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン

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分子 #5: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClTris (Hydroxymethyl) Aminomethane Hydrochloride
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMaKGalpha-ketoglutarate
0.02 %GDNglyco-diosgenin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa / 詳細: Hold 10s before glow discharge
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.05 mrad
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4201 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 53.11 e/Å2
詳細: 4201 untilted images were collected in super resolution mode at 40 frames per micrograph
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The micrographs with an overall resolution worse than 5 angstrom were excluded
粒子像選択選択した数: 1567382 / 詳細: Particles were selected from 4163 untilted images
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio reconstruction in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 330891
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 詳細: branch-and-bound maximum likelihood
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 詳細: branch-and-bound maximum likelihood
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
詳細: Number of particles for 3 classes are 233471, 5362, 97420. The reported resolutions are 4.22, 8.82, 4.22 angstom, respectively.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Chain ID: AB / Chain - Residue range: 1-602 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: The whole model was used as an initial model
詳細Initial local fitting was done using Chimera and then coot was used for ajustment.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 42.46
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8uvc:
Structure of NaDC3-aKG complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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