PDB-8usj: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG198 with bound transition s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8usj

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase HG198 with bound transition state analogue, 280 K

要素

Kemp eliminase

キーワード

HYDROLASE / De novo enzyme design / computational protein design / Kemp eliminases / biocatalysis / directed evolution / X-ray crystallography

機能・相同性

6-NITROBENZOTRIAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seifinoferest, B.

資金援助

カナダ,

フランス,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)		カナダ
Canada Foundation for Innovation		カナダ
Human Frontier Science Program (HFSP)		フランス
Department of Energy (DOE, United States)		米国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Design of Efficient Artificial Enzymes Using Crystallographically Enhanced Conformational Sampling.
著者: Rakotoharisoa, R.V. / Seifinoferest, B. / Zarifi, N. / Miller, J.D.M. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8usj.cif.gz	661.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8usj.ent.gz	457.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8usj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8usj_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8usj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8usj_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	8usj_validation.cif.gz	63.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8useC 8usfC 8usgC 8ushC 8usiC 8uskC 8uslC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kemp eliminase

B: Kemp eliminase

C: Kemp eliminase

ヘテロ分子

104 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Kemp eliminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Kemp eliminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Kemp eliminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.651, 51.028, 86.296
Angle α, β, γ (deg.)	83.581, 81.118, 87.007
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Kemp eliminase 分子量: 34339.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 6.0 mg/mL protein, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 280 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50.68 Å / Num. obs: 97130 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 10.13 Å² / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4660 / CC_1/2: 0.466 / R_pim(I) all: 0.547

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2	0.5.492	データ削減
DIALS	Xia2 0.5.492	データ削減
Aimless	Xia2 0.5.492	データスケーリング
Coot	0.8.9.236	モデル構築
PHASER	v1.13.2998	位相決定
PHENIX	v1.13.2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→50.68 Å / SU ML: 0.2008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.0659
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	4795	4.94 %
R_work	0.154	92321	-
obs	0.1558	97116	94.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6862	0	36	820	7718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	7761
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7241	10710
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0464	1189
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	1443
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1871	2816

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3656	146	0.3001	2979	X-RAY DIFFRACTION	92.05
1.62-1.64	0.3358	155	0.2938	2985	X-RAY DIFFRACTION	91.57
1.64-1.66	0.3323	148	0.2862	3036	X-RAY DIFFRACTION	92.16
1.66-1.68	0.2953	166	0.2739	3001	X-RAY DIFFRACTION	92.77
1.68-1.7	0.3143	174	0.2727	2997	X-RAY DIFFRACTION	92.1
1.7-1.72	0.318	182	0.2628	3073	X-RAY DIFFRACTION	93.97
1.72-1.75	0.278	162	0.2476	2953	X-RAY DIFFRACTION	91.92
1.75-1.77	0.3009	165	0.2337	3056	X-RAY DIFFRACTION	93.39
1.77-1.8	0.2632	175	0.2301	3056	X-RAY DIFFRACTION	93.49
1.8-1.83	0.2502	140	0.2268	3014	X-RAY DIFFRACTION	92.85
1.83-1.86	0.2815	152	0.2148	3094	X-RAY DIFFRACTION	93.73
1.86-1.9	0.2513	134	0.1998	3017	X-RAY DIFFRACTION	92.79
1.9-1.93	0.2344	172	0.1919	3071	X-RAY DIFFRACTION	93.81
1.93-1.97	0.2329	173	0.1841	3014	X-RAY DIFFRACTION	92.46
1.97-2.02	0.1858	147	0.1746	3074	X-RAY DIFFRACTION	94.54
2.02-2.06	0.2221	151	0.1623	3074	X-RAY DIFFRACTION	93.83
2.06-2.11	0.201	164	0.1555	3070	X-RAY DIFFRACTION	93.68
2.11-2.17	0.2057	160	0.152	3070	X-RAY DIFFRACTION	94.22
2.17-2.24	0.1669	166	0.1385	3091	X-RAY DIFFRACTION	94.32
2.24-2.31	0.1757	180	0.1403	3090	X-RAY DIFFRACTION	95.34
2.31-2.39	0.1596	172	0.132	3111	X-RAY DIFFRACTION	95.99
2.39-2.49	0.1819	139	0.1317	3174	X-RAY DIFFRACTION	96.11
2.49-2.6	0.169	172	0.1299	3118	X-RAY DIFFRACTION	95.97
2.6-2.74	0.1587	157	0.1336	3141	X-RAY DIFFRACTION	95.82
2.74-2.91	0.1618	154	0.1348	3156	X-RAY DIFFRACTION	96.53
2.91-3.13	0.1757	163	0.1339	3124	X-RAY DIFFRACTION	96.42
3.13-3.45	0.1393	167	0.1177	3138	X-RAY DIFFRACTION	95.99
3.45-3.95	0.1246	152	0.103	3190	X-RAY DIFFRACTION	96.53
3.95-4.97	0.1162	154	0.0911	3148	X-RAY DIFFRACTION	96.89
4.97-50.68	0.1533	153	0.1252	3206	X-RAY DIFFRACTION	97.42

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8178022345	0.311701011873	1.15436181016	1.96670811048	0.5478134679	2.5199751098	0.0349105894312	0.0662170057938	0.0348936354229	-0.0273373761104	-0.040695049548	-0.177132037111	0.0795715976358	0.172085810442	-0.00804547168124	0.110308678882	0.00795093182685	0.0174459389311	0.122420301874	0.0282785953971	0.113848426463	14.5592284355	16.5225191287	35.215611189
2	2.81409447625	-1.29666958463	-0.560355348768	3.4281712347	1.06396862882	2.02125124344	0.113664871242	-0.0587427869676	0.335496651376	-0.0516069695018	0.084207287481	-0.373817311973	-0.336610432651	0.114056768361	-0.0785105823242	0.177265062184	-0.0349888463052	0.0185512769771	0.140515290176	-0.0244114721079	0.179396776744	7.57638541873	38.6638802216	41.7406117825
3	1.20126052204	-0.605426473654	-0.345698915115	1.43983784336	0.279796414634	1.22753370228	0.0873914933423	0.0430045481478	0.158554536005	-0.0332115073687	-0.0505482731433	-0.128683353443	-0.168495961235	-0.0232544832027	-0.0623138012054	0.143882399791	-0.0199736140373	0.0107098625943	0.0998075571934	-0.00100301816634	0.121581743389	4.19351874756	35.5262263665	35.9651722719
4	0.668991631973	0.182655586273	-0.132344078165	1.56537091955	-0.206397777262	0.874997987186	0.0353562761401	-0.00193507905097	0.0187721599885	-0.0302960552087	-0.0185279912206	0.0854610531363	-0.0490292757443	-0.0981999428983	-0.0130140601602	0.102826392878	0.00774592601788	-0.00209007833472	0.130986739648	-0.00317628228363	0.0947238385238	-8.00784696738	28.9087270953	37.1227174957
5	0.580452140406	-1.07046521048	1.78258553284	2.21935242842	-3.69722421228	8.82680365208	0.0077934296391	-0.0659198203674	-0.0818137725947	-0.116463191215	0.107566246141	0.202909830306	0.0986913006522	-0.500292080491	-0.176033621134	0.101054003146	-0.00163945082781	-0.0211751036373	0.196222426463	-0.00354248876387	0.138959224987	-15.6231153421	22.7643217209	34.282960562
6	1.72359660971	-0.709337454464	0.900285740007	0.770550947234	-0.443731039145	1.08283955033	0.0310074417492	-0.0783920415152	-0.0636489176054	-0.0413093321918	-0.00602101929891	0.00423722669814	0.104511121399	-0.0221676230386	-0.0195625102635	0.116024664671	-0.014250706166	0.00131902629626	0.113827764719	0.00697342953038	0.0973938589128	3.35035107245	11.9678606823	40.0964066866
7	3.01883526575	-0.579828829763	-1.46670492057	2.03040593835	0.703745431628	2.63502539615	0.0310930158005	-0.00165143630632	0.0817610705953	0.0117879255046	-0.00895622597496	-0.200487282441	-0.0497745928512	0.0647194498561	-0.0182245197235	0.0887431030989	-0.00113033695306	-0.0224191881287	0.0863830101231	0.0204704598686	0.11724699396	37.8381393322	32.2449256814	11.6010244425
8	1.08275838745	0.715118439397	0.175657231388	1.22417443044	0.441197915688	0.567171059108	-0.00772065130839	0.0520896359151	-0.0677652728603	-0.0447110948945	0.0432123112966	-0.0857301693277	0.0167262583137	0.0227057951032	-0.0357274072213	0.120082450199	0.00691179560754	-0.0054980961968	0.112963296019	0.000845165152191	0.126199219804	30.5670216172	13.3388696214	6.24823229289
9	0.667074736116	0.367192563092	0.372889296657	1.3343391967	0.60999572802	0.806775240403	0.0248483517234	-0.0540992338418	-0.126167233483	0.101959481018	0.0158081297263	-0.0842219485543	0.0525870844727	-0.0251570954828	-0.0159998544815	0.110583108347	0.000819544074735	-0.00973342290121	0.10319634597	0.00588506906012	0.112045295626	24.5598225006	10.6242525601	13.4295094525
10	0.536628578421	0.0982093343533	0.190443360192	1.63818216264	-0.232669914744	0.809524256707	0.0014695563863	0.00578830390123	-0.0171494928959	-0.023761566144	0.00328127257239	0.0950138077847	0.0235870382481	-0.0381618663136	0.00170183170032	0.0862750962132	0.00488364666769	0.00786287387442	0.109064173015	-0.000535241642784	0.0954591559508	14.7041834036	19.0466922988	8.82032869551
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18	0.908304751772	0.482254120012	0.551044940464	2.54004715405	2.50628924337	4.15653286917	0.00571562101039	0.019333223981	0.00422501537336	-0.102212379966	0.0452338990606	-0.190747089423	0.0422256274677	0.203772500248	-0.0364261241626	0.0769701685775	0.00234895291325	0.0116992435025	0.113685359339	0.00635126176611	0.14444051986	38.0200075339	3.04371905752	65.2497592655
19	1.18720403964	0.626104771326	0.266451484675	0.987430813208	0.225818902305	0.409445555613	-0.0368414023809	0.0106557794546	-0.0735364398972	-0.074262680687	0.0247632156857	-0.087582258484	0.0408135726442	0.0186747198424	0.0092183141735	0.111528418942	0.00395176988655	0.00929741318862	0.0935760098064	0.00457430943464	0.1066099971	23.9895086554	-6.46040615783	65.0603463385
20	3.4120451232	-0.637552470172	0.737109938375	2.4412534106	-0.136714856995	2.97725235323	-0.0223223047496	0.163101101616	-0.00255526670514	-0.150566797128	0.0525675079176	0.155731712218	-0.0530853320104	-0.0566913780772	-0.0486828660473	0.0924086093923	-0.017088733927	-0.00780803617674	0.0637909714915	-0.0184164192039	0.0964711078189	9.54457409698	-11.6961522901	59.9781789688

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 130 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 302 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 45 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 100 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 101 through 130 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 131 through 181 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 182 through 196 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 197 through 303 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 4 through 22 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 23 through 45 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 46 through 100 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 101 through 130 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 131 through 181 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 182 through 196 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 197 through 270 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 271 through 303 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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