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- PDB-8ush: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG630 with bound transition s... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ush | |||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of Kemp Eliminase HG630 with bound transition state analogue, 280 K | |||||||||||||||
![]() | Kemp eliminase | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / De novo enzyme design / computational protein design / Kemp eliminases / biocatalysis / directed evolution / X-ray crystallography | |||||||||||||||
Function / homology | 6-NITROBENZOTRIAZOLE![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Seifinoferest, B. | |||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Design of Efficient Artificial Enzymes Using Crystallographically Enhanced Conformational Sampling. Authors: Rakotoharisoa, R.V. / Seifinoferest, B. / Zarifi, N. / Miller, J.D.M. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C. / Chica, R.A. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 477.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 329.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 950.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 963.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8useC ![]() 8usfC ![]() 8usgC ![]() 8usiC ![]() 8usjC ![]() 8uskC ![]() 8uslC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34252.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 52.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: 10.6 mg/mL protein, 100 mM sodium acetate, pH 4.8, 1.4 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 280 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 17, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.32→90.6 Å / Num. obs: 164672 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 13.06 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.32→1.34 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8177 / CC1/2: 0.477 / Rpim(I) all: 0.585 / % possible all: 98.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.32→90.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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