PDB-8us3: C2 Crystal structure of TamA from Pseudomonas aeruginosa at 3.1 Ang

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8us3

タイトル

C2 Crystal structure of TamA from Pseudomonas aeruginosa at 3.1 Ang

要素

Translocation and assembly module subunit TamA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Omp85 / protein translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

TAM protein secretion complex / protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Mellouk, A. / Moraes, T.F. / Calmettes, C.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: POTRA domains of the TamA insertase interact with the outer membrane and modulate membrane properties
著者: Mellouk, A. / Jaouen, P.L. / Ruel, L.J. / Le, M. / Martini, C. / Moraes, T.F. / El Bakkouri, M. / Lague, P. / Boisselier, E. / Calmettes, C.

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8us3.cif.gz	235.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8us3.ent.gz	190 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8us3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8us3_validation.pdf.gz	578.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8us3_full_validation.pdf.gz	591.5 KB	表示
XML形式データ	8us3_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	8us3_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8us3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8us3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8us1C 8us2C 8us4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Translocation and assembly module subunit TamA

ヘテロ分子

62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.400, 63.880, 81.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.400, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Translocation and assembly module subunit TamA / Autotransporter assembly factor TamA 分子量: 61651.949 Da / 分子数: 1 / 断片: Mature TamA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA2543 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9I0U1
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 12% peg 4K, 50 mM MgCl2, 70 mM Hepes pH 7.2, 4% isopropanol, 10% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97910 Ang

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→48.6 Å / Num. obs: 13130 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 68.282 Å² / CC_1/2: 0.9 / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
3.1-3.9	6674	0.8	1
3.9-4.9	3324	0.9	1
4.9-5.9	1638	0.99	1
5.9-6.9	822	0.99	1
6.9-48.6	805	0.99	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→48.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	-	-
R_work	0.25	-	-
obs	-	13125	99.95 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.1 Å² / B_iso min: 18.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4303	0	22	18	4343

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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