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- PDB-8urj: Cryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8urj
タイトルCryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex
要素
  • (Rev HIV-1) x 2
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • HIV-1 RRE
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / HIV Karyopherin Rev Crm1 / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / regulation of centrosome duplication / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / regulation of protein export from nucleus ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / regulation of centrosome duplication / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / regulation of protein export from nucleus / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / Maturation of hRSV A proteins / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / protein localization to nucleus / viral process / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / Cajal body / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / ribosomal small subunit export from nucleus / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / NPAS4 regulates expression of target genes / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / centriole / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein export from nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / mitotic spindle organization / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RHO GTPases Activate Formins / Heme signaling / MAPK6/MAPK4 signaling / recycling endosome / small GTPase binding / kinetochore / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / Separation of Sister Chromatids / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / melanosome / mitotic cell cycle / ribosome biogenesis / G protein activity / midbody / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear membrane / cadherin binding / protein heterodimerization activity / ribonucleoprotein complex / cell division / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / GTP binding / chromatin / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 ...Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Exportin-1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Smith, A.M. / Cheng, Y. / Frankel, A.D.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI170792 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD020054 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD021741 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD026881 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the HIV-1 RNA Nuclear Export Complex Reveals Crm1 Versatility
著者: Smith, A.M. / Cheng, Y. / Frankel, A.D. / Li, Y. / Velarde, A.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exportin-1
B: Rev HIV-1
C: Exportin-1
D: GTP-binding nuclear protein Ran
E: Rev HIV-1
H: GTP-binding nuclear protein Ran
G: HIV-1 RRE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)422,3077
ポリマ－422,3077
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome Maintenance 1


分子量: 122267.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPO1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293-F / 参照: UniProt: O14980
#2: タンパク質 Rev HIV-1


分子量: 10687.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Native NES was exchanged with NS2Val NES Native NES: LPPLERLTL Ns2Val NES: TVDEMTKKFGTLTI
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HXB3 / 遺伝子: Rev / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 20722.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Q69L 1-180 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P62826, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#4: タンパク質 Rev HIV-1


分子量: 10644.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Native NES was exchanged with NS2Val NES Native NES: LPPLERLTL Ns2Val NES: TVDEMTKKFGTLTI
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HXB3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#5: RNA鎖 HIV-1 RRE


分子量: 114996.102 Da / 分子数: 1 / Mutation: G262A G269A / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: GenBank: 328658
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1HIV-1 Nuclear Export complexCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Crm1COMPLEX#11RECOMBINANTCrm1 forms a dimer
3Ran Q69L 1-180COMPLEX#31RECOMBINANTEach Crm1 subunit binds a Ran molecule
4HIV-1 Rev/RRE RNPCOMPLEX#2, #41RECOMBINANTRRE was generated from T7 polymerase on a linearized plasmid
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.445 MDaNO
220.123 MDaNO
330.02075 MDaNO
440.158 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
52Homo sapiens (ヒト)9606
63Homo sapiens (ヒト)9606
74Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)11676
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693BL21
54Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693BL21
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESC8H18N2O4S1
250 mMPotassium ChlorideKCl1
32 mMbeta-mercaptoethanolHOCH2CH2SH1
42 % (v/v)glycerolC3H8O31
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K
詳細: Washed grid 2x outside of vitrobot; with the second drop of buffer I loaded the tweezers; moved the grid into the chamber and then I blotted.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 59880 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数実像数詳細
1166GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)624447graphene oxide grids treated with single stranded DNA oligos; tilt angles 0 and 25 degrees
2168GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)322762Graphene oxide grids treated with polyamine; tilt angles 0, 15 and 30 degrees
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1RELION粒子像選択polyamine
2cryoSPARC粒子像選択ssDNA
5cryoSPARCCTF補正
6RELIONCTF補正
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
11RELION初期オイラー角割当
12cryoSPARC初期オイラー角割当
13RELION最終オイラー角割当
15RELION３次元再構成
16PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 11176625
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260885 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 325 / プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-ID詳細Initial refinement model-ID
15DIS

5dis

A5DISACrm11
25DIS

5dis

B5DISBRan Q69L 1-1801
34PMI

4pmi

A4PMIARRE stem IIB mimic2
44PMI

4pmi

B4PMIBRev2
54PMI

4pmi

C4PMICRev2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00322505
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75830649
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.3563254
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0533506
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063764

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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