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万見
- EMDB-42494: Cryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42494
タイトルCryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex
マップデータ
試料
  • 複合体: HIV-1 Nuclear Export complex
    • 複合体: Crm1
      • タンパク質・ペプチド: Exportin-1
    • 複合体: Ran Q69L 1-180
      • タンパク質・ペプチド: GTP-binding nuclear protein Ran
    • 複合体: HIV-1 Rev/RRE RNP
      • タンパク質・ペプチド: Rev HIV-1
      • タンパク質・ペプチド: Rev HIV-1
  • RNA: HIV-1 RRE
キーワードHIV Karyopherin Rev Crm1 / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / regulation of centrosome duplication / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / regulation of protein export from nucleus ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / regulation of centrosome duplication / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / regulation of protein export from nucleus / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / Maturation of hRSV A proteins / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / protein localization to nucleus / viral process / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / Cajal body / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / ribosomal small subunit export from nucleus / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / NPAS4 regulates expression of target genes / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / centriole / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein export from nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / mitotic spindle organization / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RHO GTPases Activate Formins / Heme signaling / MAPK6/MAPK4 signaling / recycling endosome / small GTPase binding / kinetochore / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / Separation of Sister Chromatids / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / melanosome / mitotic cell cycle / ribosome biogenesis / G protein activity / midbody / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear membrane / cadherin binding / protein heterodimerization activity / ribonucleoprotein complex / cell division / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / GTP binding / chromatin / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 ...Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Exportin-1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Smith AM / Cheng Y / Frankel AD
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI170792 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD020054 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD021741 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD026881 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the HIV-1 RNA Nuclear Export Complex Reveals Crm1 Versatility
著者: Smith AM / Cheng Y / Frankel AD / Li Y / Velarde A
履歴
登録2023年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42494.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.67 Å/pix.
x 220 pix.
= 367.4 Å		1.67 Å/pix.
x 220 pix.
= 367.4 Å		1.67 Å/pix.
x 220 pix.
= 367.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.029989928 - 0.091458306
平均 (標準偏差)0.00006619032 (±0.0027936222)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 367.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42494_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42494_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42494_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Nuclear Export complex

全体名称: HIV-1 Nuclear Export complex
要素
  • 複合体: HIV-1 Nuclear Export complex
    • 複合体: Crm1
      • タンパク質・ペプチド: Exportin-1
    • 複合体: Ran Q69L 1-180
      • タンパク質・ペプチド: GTP-binding nuclear protein Ran
    • 複合体: HIV-1 Rev/RRE RNP
      • タンパク質・ペプチド: Rev HIV-1
      • タンパク質・ペプチド: Rev HIV-1
  • RNA: HIV-1 RRE

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超分子 #1: HIV-1 Nuclear Export complex

超分子名称: HIV-1 Nuclear Export complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 445 KDa

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超分子 #2: Crm1

超分子名称: Crm1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Crm1 forms a dimer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 123 KDa

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超分子 #3: Ran Q69L 1-180

超分子名称: Ran Q69L 1-180 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 / 詳細: Each Crm1 subunit binds a Ran molecule
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.75 KDa

-
超分子 #4: HIV-1 Rev/RRE RNP

超分子名称: HIV-1 Rev/RRE RNP / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #4
詳細: RRE was generated from T7 polymerase on a linearized plasmid
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 158 KDa

-
分子 #1: Exportin-1

分子名称: Exportin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 122.267984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GAMGSGMPAI MTMLADHAAR QLLDFSQKLD INLLDNVVNC LYHGEGAQQR MAQEVLTHLK EHPDAWTRVD TILEFSQNMN TKYYGLQIL ENVIKTRWKI LPRNQCEGIK KYVVGLIIKT SSDPTCVEKE KVYIGKLNMI LVQILKQEWP KHWPTFISDI V GASRTSES ...文字列:
GAMGSGMPAI MTMLADHAAR QLLDFSQKLD INLLDNVVNC LYHGEGAQQR MAQEVLTHLK EHPDAWTRVD TILEFSQNMN TKYYGLQIL ENVIKTRWKI LPRNQCEGIK KYVVGLIIKT SSDPTCVEKE KVYIGKLNMI LVQILKQEWP KHWPTFISDI V GASRTSES LCQNNMVILK LLSEEVFDFS SGQITQVKSK HLKDSMCNEF SQIFQLCQFV MENSQNAPLV HATLETLLRF LN WIPLGYI FETKLISTLI YKFLNVPMFR NVSLKCLTEI AGVSVSQYEE QFVTLFTLTM MQLKQMLPLN TNIRLAYSNG KDD EQNFIQ NLSLFLCTFL KEHDQLIEKR LNLRETLMEA LHYMLLVSEV EETEIFKICL EYWNHLAAEL YRESPFSTSA SPLL SGSQH FDVPPRRQLY LPMLFKVRLL MVSRMAKPEE VLVVENDQGE VVREFMKDTD SINLYKNMRE TLVYLTHLDY VDTER IMTE KLHNQVNGTE WSWKNLNTLC WAIGSISGAM HEEDEKRFLV TVIKDLLGLC EQKRGKDNKA IIASNIMYIV GQYPRF LRA HWKFLKTVVN KLFEFMHETH DGVQDMACDT FIKIAQKCRR HFVQVQVGEV MPFIDEILNN INTIICDLQP QQVHTFY EA VGYMIGAQTD QTVQEHLIEK YMLLPNQVWD SIIQQATKNV DILKDPETVK QLGSILKTNV RACKAVGHPF VIQLGRIY L DMLNVYKCLS ENISAAIQAN GEMVTKQPLI RSMRTVKRET LKLISGWVSR SNDPQMVAEN FVPPLLDAVL IDYQRNVPA AREPEVLSTM AIIVNKLGGH ITAEIPQIFD AVFECTLNMI NKDFEEYPEH RTNFFLLLQA VNSHCFPAFL AIPPTQFKLV LDSIIWAFK HTMRNVADTG LQILFTLLQN VAQEEAAAQS FYQTYFCDIL QHIFSVVTDT SHTAGLTMHA SILAYMFNLV E EGKISTSL NPGNPVNNQI FLQEYVANLL KSAFPHLQDA QVKLFVTGLF SLNQDIPAFK EHLRDFLVQI KEFAGEDTSD LF LEEREIA LRQADEEKHK RQMSV

UniProtKB: Exportin-1

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分子 #2: Rev HIV-1

分子名称: Rev HIV-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Native NES was exchanged with NS2Val NES Native NES: LPPLERLTL Ns2Val NES: TVDEMTKKFGTLTI
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HXB3
分子量理論値: 10.687159 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
AMAGRSGDSD EDLLKAVRLI KFLYQSNPPP NPEGTRQARR NRRRRWRARQ RQIHSISERI RSTYLGRSAE PVPLQTVDEM TKKFGTLTI DCN

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分子 #3: GTP-binding nuclear protein Ran

分子名称: GTP-binding nuclear protein Ran / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Q69L 1-180 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.722076 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
GHMTAQGEPQ VQFKLVLVGD GGTGKTTFVK RHLTGEFEKK YVATLGVEVH PLVFHTNRGP IKFNVWDTAG LEKFGGLRDG YYIQAQCAI IMFDVTSRVT YKNVPNWHRD LVRVCENIPI VLCGNKVDIK DRKVKAKSIV FHRKKNLQYY DISAKSNYNF E KPFLWLAR KLIGDPNLEF VAM

UniProtKB: GTP-binding nuclear protein Ran

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分子 #4: Rev HIV-1

分子名称: Rev HIV-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: Native NES was exchanged with NS2Val NES Native NES: LPPLERLTL Ns2Val NES: TVDEMTKKFGTLTI
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HXB3
分子量理論値: 10.644108 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
GAMAGRSGDS DEDLLKAVRL IKFLYQSNPP PNPEGTRQAR RNRRRRWRER QRQIHSISER ILSTYLGRSA EPVPLQTVDE MTKKFGTLT IDC

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分子 #5: HIV-1 RRE

分子名称: HIV-1 RRE / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 114.996102 KDa
配列文字列: UGAACCAUUA GGAAUAGCAC CCACCAAGGC AAAGAGAAGA GUGGUGCAGA GAGAAAAAAG AGCAGUGGGA AUAGUAGGAG CUAUGUUCC UUGGGUUCUU GGGAGCAGCA GGAAGCACUA UGGGCGCAGU GUCAUUGACG CUGACGGUAC AGGCCAGACA A UUAUUGUC ...文字列:
UGAACCAUUA GGAAUAGCAC CCACCAAGGC AAAGAGAAGA GUGGUGCAGA GAGAAAAAAG AGCAGUGGGA AUAGUAGGAG CUAUGUUCC UUGGGUUCUU GGGAGCAGCA GGAAGCACUA UGGGCGCAGU GUCAUUGACG CUGACGGUAC AGGCCAGACA A UUAUUGUC UGGUAUAGUG CAACAGCAGA ACAAUUUGCU GAGGGCUAUU GAGGCGCAAC AACAUCUGUU GCAACUCACA GU CUGGGGC AUCAAGCAGC UCCAAGCAAG AAUCCUGGCU GUGGAAAGAU ACCUAAGGGA UCAACAGCUC CUAGGGGAAU UCG GUUGCU CUGGAAAACU CAUUUGCACC ACUGCUGUG

GENBANK: GENBANK: K02007.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMKClPotassium Chloride
2.0 mMHOCH2CH2SHbeta-mercaptoethanol
2.0 % (v/v)C3H8O3glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Washed grid 2x outside of vitrobot; with the second drop of buffer I loaded the tweezers; moved the grid into the chamber and then I blotted..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 6 / #0 - 実像数: 24447 / #0 - 平均電子線量: 66.0 e/Å2
#0 - 詳細: graphene oxide grids treated with single stranded DNA oligos; tilt angles 0 and 25 degrees
#1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 3 / #1 - 実像数: 22762 / #1 - 平均電子線量: 68.0 e/Å2
#1 - 詳細: Graphene oxide grids treated with polyamine; tilt angles 0, 15 and 30 degrees
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 59880 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 11176625
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio reconstruction from cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 260885
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア: (名称: RELION, cryoSPARC)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

5dis

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelCrm1

5dis

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelRan Q69L 1-180

4pmi

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelRRE stem IIB mimic

4pmi

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelRev

4pmi

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelRev
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 325
得られたモデル

PDB-8urj:
Cryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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