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- PDB-8urf: Crystal Structure of human ASGR2 CRD (Carbohydrate Recognition Do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8urf
タイトルCrystal Structure of human ASGR2 CRD (Carbohydrate Recognition Domain) bound to 8G8 Fab
要素
  • 8G8 Fab Heavy Chain
  • 8G8 Fab Light Chain
  • Asialoglycoprotein receptor 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ASGR / ASGPR / ASGR2 / ASGR1 / Fab / 8G8 / AbTAC / LYTAC / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


asialoglycoprotein receptor activity / Asparagine N-linked glycosylation / fucose binding / endoplasmic reticulum quality control compartment / D-mannose binding / endocytosis / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatic lectin, N-terminal domain / CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Asialoglycoprotein receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sampathumar, P. / Li, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Targeted protein degradation systems to enhance Wnt signaling.
著者: Sampathkumar, P. / Jung, H. / Chen, H. / Zhang, Z. / Suen, N. / Yang, Y. / Huang, Z. / Lopez, T. / Benisch, R. / Lee, S.J. / Ye, J. / Yeh, W.C. / Li, Y.
履歴
登録2023年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 8G8 Fab Light Chain
H: 8G8 Fab Heavy Chain
A: Asialoglycoprotein receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,94012
ポリマ－67,3243
非ポリマー6169
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.410, 102.410, 358.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Asialoglycoprotein receptor 2


分子量: 18822.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human ASGR2 Carbohydrate Recognition Domain (CRD) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASGR2 / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 (HEK293) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07307

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 8G8 Fab Light Chain


分子量: 23529.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Light chain of Fab-fragment of anti-ASGR1/2 antibody 8G8
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.1 / Cell (発現宿主): Expi293 (HEK293) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 8G8 Fab Heavy Chain


分子量: 24972.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Heavy chain of Fab-fragment of anti-ASGR1/2 antibody 8G8
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.1 / Cell (発現宿主): Expi293 (HEK293) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 267分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM sodium HEPES pH 7.5, 100mM calcium chloride, 30% (v/v) PEG400 Cryo prodtecion with 16% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日 / 詳細: Double-crystal, Si(111)
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.9 Å / Num. obs: 57655 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 38.638 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 3.193 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3681 / CC1/2: 0.44 / Rpim(I) all: 0.718 / Rrim(I) all: 3.273 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc1_3177: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.544 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 2844 4.93 %
Rwork0.166 --
obs0.1679 57636 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4325 0 34 258 4617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2256148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4313604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93280.31541340.30322766X-RAY DIFFRACTION100
1.9328-1.96790.29031450.25562685X-RAY DIFFRACTION100
1.9679-2.00580.24271260.23682708X-RAY DIFFRACTION100
2.0058-2.04670.28651230.23062708X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.09120.24361460.21882731X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.13980.24061670.18862669X-RAY DIFFRACTION100
2.1398-2.19330.22721320.17982708X-RAY DIFFRACTION100
2.1933-2.25260.20391540.16592684X-RAY DIFFRACTION100
2.2526-2.31890.22251420.17842732X-RAY DIFFRACTION100
2.3189-2.39370.21171420.1722731X-RAY DIFFRACTION100
2.3937-2.47930.20781370.17452698X-RAY DIFFRACTION100
2.4793-2.57850.20641490.17822735X-RAY DIFFRACTION100
2.5785-2.69580.25151510.17892736X-RAY DIFFRACTION100
2.6958-2.83790.21921300.17632744X-RAY DIFFRACTION100
2.8379-3.01560.21981450.17722738X-RAY DIFFRACTION100
3.0156-3.24820.21391590.16592724X-RAY DIFFRACTION100
3.2482-3.57480.21381250.15122783X-RAY DIFFRACTION100
3.5748-4.09120.18061300.14812804X-RAY DIFFRACTION100
4.0912-5.15150.17911430.1322801X-RAY DIFFRACTION100
5.1515-330.17351640.17412907X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8878-0.79760.44751.8812-0.20261.53920.08860.1161-0.1012-0.1456-0.1264-0.04080.06090.0926-0.00030.37750.00860.01330.3832-0.03080.35642.32562.6692134.8907
22.6018-1.16370.34091.2566-1.06352.7254-0.2088-0.46690.26820.60430.2587-0.103-0.4549-0.0214-0.00170.5505-0.01950.00790.4403-0.05280.404720.203174.5387159.5825
33.2177-0.61-2.14080.11730.46763.12710.0558-0.4509-0.12270.0788-0.1417-0.079-0.00560.1089-0.00030.3798-0.02170.0070.47110.01730.397354.939360.4523152.1101
41.0707-0.811.30041.76550.49573.4652-0.0131-0.4525-0.3020.18160.2120.3410.0425-0.25760.00070.4829-0.0180.02890.60290.07780.447723.513661.6222168.7301
52.85150.5745-0.48692.9096-0.38942.49670.05580.0852-0.3763-0.0119-0.0085-0.1980.1350.14680.00020.30010.07940.01980.3232-0.04680.375179.2559.2548131.7216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 101 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 102 through 211 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 2 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 125 through 218 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 304 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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