[日本語] English
万見
- PDB-8ts0: Crystal Structure of human ASGR1 CRD (Carbohydrate Recognition Do... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ts0
タイトルCrystal Structure of human ASGR1 CRD (Carbohydrate Recognition Domain) bound to 8M24 Fab
要素
  • 8M24 Fab Heavy chain
  • 8M24 Fab Light chain
  • Asialoglycoprotein receptor 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ASGR / ASGPR / 8M24 / Endocytosis / SUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


asialoglycoprotein receptor activity / Asparagine N-linked glycosylation / fucose binding / pattern recognition receptor activity / D-mannose binding / receptor-mediated endocytosis / immune response / external side of plasma membrane / extracellular region / metal ion binding ...asialoglycoprotein receptor activity / Asparagine N-linked glycosylation / fucose binding / pattern recognition receptor activity / D-mannose binding / receptor-mediated endocytosis / immune response / external side of plasma membrane / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatic lectin, N-terminal domain / CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Asialoglycoprotein receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Li, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Targeted protein degradation systems to enhance Wnt signaling.
著者: Sampathkumar, P. / Jung, H. / Chen, H. / Zhang, Z. / Suen, N. / Yang, Y. / Huang, Z. / Lopez, T. / Benisch, R. / Lee, S.J. / Ye, J. / Yeh, W.C. / Li, Y.
履歴
登録2023年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: 8M24 Fab Heavy chain
L: 8M24 Fab Light chain
A: Asialoglycoprotein receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,22912
ポリマ－68,5573
非ポリマー6739
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.911, 90.316, 167.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Asialoglycoprotein receptor 1


分子量: 19740.361 Da / 分子数: 1 / Fragment: carbohydrate recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASGR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07306

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 8M24 Fab Heavy chain


分子量: 25327.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 8M24 Fab Light chain


分子量: 23489.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 425分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100mM SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine) buffer pH 9.0, 25% PEG1500, Cryo protectant: 20% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月26日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.91 Å / Num. obs: 66288 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 863662
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 2.814 / Num. measured all: 46748 / Num. unique obs: 3439 / CC1/2: 0.407 / Rpim(I) all: 0.789 / Rrim(I) all: 2.923 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc1_3177精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→38.047 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 3233 4.88 %
Rwork0.1727 --
obs0.1743 66188 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4345 0 39 416 4800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.876218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4453621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005798
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72540.31891520.29492660X-RAY DIFFRACTION100
1.7254-1.75230.32421340.2812690X-RAY DIFFRACTION100
1.7523-1.78110.28181510.26472708X-RAY DIFFRACTION100
1.7811-1.81180.3031380.28122667X-RAY DIFFRACTION100
1.8118-1.84470.29821480.2822730X-RAY DIFFRACTION100
1.8447-1.88020.29391410.25342666X-RAY DIFFRACTION100
1.8802-1.91860.26721520.21912692X-RAY DIFFRACTION100
1.9186-1.96030.22711190.20322750X-RAY DIFFRACTION100
1.9603-2.00590.22741310.18212700X-RAY DIFFRACTION100
2.0059-2.05610.21031130.17462765X-RAY DIFFRACTION100
2.0561-2.11160.22381490.18072646X-RAY DIFFRACTION100
2.1116-2.17380.23631490.18222749X-RAY DIFFRACTION100
2.1738-2.24390.22531320.18232706X-RAY DIFFRACTION100
2.2439-2.32410.21611530.18352703X-RAY DIFFRACTION100
2.3241-2.41720.21411390.18192753X-RAY DIFFRACTION100
2.4172-2.52710.22131270.17332722X-RAY DIFFRACTION100
2.5271-2.66040.21671400.17612759X-RAY DIFFRACTION100
2.6604-2.8270.18511180.18012790X-RAY DIFFRACTION100
2.827-3.04520.2211330.17822746X-RAY DIFFRACTION100
3.0452-3.35150.17941590.16442756X-RAY DIFFRACTION100
3.3515-3.8360.17121400.14852806X-RAY DIFFRACTION100
3.836-4.83140.17181500.13142819X-RAY DIFFRACTION100
4.8314-38.0470.18821650.16142972X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27110.27581.01211.9561-1.08711.9107-0.18790.04050.10080.05880.0775-0.0504-0.2220.11180.00010.22860.0305-0.02170.1914-0.0010.234729.683586.071847.0766
20.68260.5214-0.741.1769-0.37631.59410.06630.06370.1104-0.0019-0.01220.1933-0.1052-0.2951-00.304-0.05-0.01680.32440.05090.32269.892187.202617.7388
30.89390.34970.77241.03340.13311.1797-0.10650.0662-0.0744-0.07060.17240.06960.0627-0.0276-00.19050.019-0.00370.21870.02250.228321.343265.658445.5292
41.08280.44350.25221.3613-0.24510.9847-0.06250.179-0.0327-0.49030.0472-0.14140.20970.2048-0.00040.4821-0.05780.01090.32170.05160.313216.755873.863211.0286
51.9632-0.30411.05611.2780.08442.78310.11110.1623-0.02170.0688-0.0221-0.0463-0.03540.18080.00370.15750.0412-0.00020.2059-0.02010.181142.705769.251272.0619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 125 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 126 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 1 through 110 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 111 through 212 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 153 through 281 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る