PDB-8uqz: Round 18 Arylesterase Variant of Phosphotriesterase Bound to Gado...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uqz

タイトル

Round 18 Arylesterase Variant of Phosphotriesterase Bound to Gadolinium(III) Measured at 9.5 keV

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R18

キーワード

HYDROLASE / Phosphotriesterase / 9.5 keV / Gadolinium

機能・相同性

機能・相同性情報

catabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Breeze, C.W. / Frkic, R.L. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Mononuclear binding and catalytic activity of europium(III) and gadolinium(III) at the active site of the model metalloenzyme phosphotriesterase.
著者: Breeze, C.W. / Nakano, Y. / Campbell, E.C. / Frkic, R.L. / Lupton, D.W. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2023年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uqz.cif.gz	381.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uqz.ent.gz	316.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uqz_validation.pdf.gz	955.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uqz_full_validation.pdf.gz	960.2 KB	表示
XML形式データ	8uqz_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	8uqz_validation.cif.gz	39.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uqwC 8uqxC 8uqyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R18

B: Phosphotriesterase variant PTE-R18

ヘテロ分子

73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.714, 86.138, 89.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R18 分子量: 36208.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GYS7
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GD3 / GADOLINIUM ION 分子量: 157.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Sodium cacodylate, 14% (v/v) MPD, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.3051 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3051 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→44.62 Å / Num. obs: 84562 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 40 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 21.2 / Num. measured all: 3380001
反射シェル	解像度: 1.61→1.64 Å / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 36.5 % / R_merge(I) obs: 4.232 / Num. measured all: 145095 / Num. unique obs: 3978 / CC_1/2: 0.662 / R_pim(I) all: 0.698 / R_rim(I) all: 4.291 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→42.86 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	3960	4.69 %
R_work	0.1704	-	-
obs	0.1716	84469	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→42.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4944	0	35	334	5313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.957	716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.63	0.4565	99	0.3757	2765	X-RAY DIFFRACTION	94
1.63-1.65	0.3153	105	0.3383	2806	X-RAY DIFFRACTION	95
1.65-1.67	0.3251	119	0.3033	2802	X-RAY DIFFRACTION	97
1.67-1.69	0.3312	159	0.2765	2771	X-RAY DIFFRACTION	97
1.69-1.72	0.2952	157	0.2583	2781	X-RAY DIFFRACTION	97
1.72-1.74	0.2905	155	0.2435	2797	X-RAY DIFFRACTION	97
1.74-1.77	0.278	164	0.2236	2798	X-RAY DIFFRACTION	97
1.77-1.8	0.2181	145	0.2213	2802	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8-1.83	0.2588	148	0.2232	2824	X-RAY DIFFRACTION	97
1.83-1.87	0.2255	123	0.2211	2848	X-RAY DIFFRACTION	98
1.87-1.9	0.294	130	0.2206	2854	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9-1.94	0.3098	156	0.215	2836	X-RAY DIFFRACTION	98
1.94-1.98	0.2302	137	0.2037	2846	X-RAY DIFFRACTION	98
1.98-2.03	0.2277	157	0.1926	2840	X-RAY DIFFRACTION	98
2.03-2.08	0.21	153	0.1808	2843	X-RAY DIFFRACTION	98
2.08-2.14	0.2049	116	0.1712	2919	X-RAY DIFFRACTION	99
2.14-2.2	0.1862	149	0.1682	2859	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.27	0.1964	152	0.1596	2868	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.35	0.1825	145	0.1658	2885	X-RAY DIFFRACTION	99
2.35-2.44	0.1805	173	0.164	2878	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.56	0.2004	170	0.1596	2883	X-RAY DIFFRACTION	99
2.56-2.69	0.1791	121	0.1634	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.86	0.1756	130	0.1613	2932	X-RAY DIFFRACTION	99
2.86-3.08	0.203	138	0.17	2957	X-RAY DIFFRACTION	99
3.08-3.39	0.1936	141	0.1628	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.88	0.1536	151	0.1502	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.89	0.1609	130	0.1287	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-42.86	0.1625	137	0.1616	3185	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.5524 Å / Origin y: 22.8493 Å / Origin z: 21.8618 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1497 Å²	-0.0107 Å²	-0.0062 Å²	-	0.1872 Å²	0.0046 Å²	-	-	0.258 Å²
L	1.2344 °²	-0.0659 °²	-0.3953 °²	-	0.2955 °²	-0.0202 °²	-	-	1.2427 °²
S	0.0017 Å °	-0.2857 Å °	0.0187 Å °	-0.0305 Å °	0.012 Å °	0.0098 Å °	-0.0276 Å °	0.0179 Å °	-0.0084 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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