PDB-8uqy: Round 18 Arylesterase Variant of Phosphotriesterase Bound to Euro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uqy

タイトル

Round 18 Arylesterase Variant of Phosphotriesterase Bound to Europium(III) Measured at 9.5 keV

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R18

キーワード

HYDROLASE / Phosphotriesterase / 9.5 keV / Europium

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Breeze, C.W. / Frkic, R.L. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Mononuclear binding and catalytic activity of europium(III) and gadolinium(III) at the active site of the model metalloenzyme phosphotriesterase.
著者: Breeze, C.W. / Nakano, Y. / Campbell, E.C. / Frkic, R.L. / Lupton, D.W. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2023年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uqy.cif.gz	378.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uqy.ent.gz	314.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uqy_validation.pdf.gz	813.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uqy_full_validation.pdf.gz	817.8 KB	表示
XML形式データ	8uqy_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	8uqy_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uqwC 8uqxC 8uqzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R18

B: Phosphotriesterase variant PTE-R18

ヘテロ分子

73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.511, 85.889, 89.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R18 分子量: 36208.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GYS7
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EU3 / EUROPIUM (III) ION 分子量: 151.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Sodium cacodylate, 14% (v/v) MPD, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.305 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.305 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→44.67 Å / Num. obs: 63759 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 1673385
反射シェル	解像度: 1.78→1.82 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.2 % / R_merge(I) obs: 3.131 / Num. measured all: 79796 / Num. unique obs: 3593 / CC_1/2: 0.655 / R_pim(I) all: 0.668 / R_rim(I) all: 3.204 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→42.94 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2005	3227	5.07 %
R_work	0.1613	-	-
obs	0.1633	63627	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→42.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4927	0	35	297	5259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.132	713
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	802
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.81	0.3927	107	0.355	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.83	0.3364	165	0.3016	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.3078	147	0.2675	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.9	0.2821	144	0.2457	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.2758	138	0.2369	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.3021	155	0.2227	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.01	0.2199	135	0.2057	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2126	131	0.1881	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.2496	132	0.1867	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.15	0.225	144	0.1743	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.21	0.2167	149	0.1642	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.28	0.1993	141	0.1585	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.2152	135	0.1599	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.43	0.2172	173	0.1626	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.53	0.2415	166	0.1615	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.65	0.2027	141	0.1673	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.79	0.2294	167	0.1532	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.96	0.1998	113	0.1556	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.19	0.2048	114	0.1636	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.51	0.2084	135	0.15	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-4.02	0.1732	137	0.1385	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-5.06	0.139	115	0.1242	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-42.94	0.169	143	0.1631	2837	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.4909 Å / Origin y: 22.8051 Å / Origin z: 22.0714 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1646 Å²	-0.0158 Å²	-0.0076 Å²	-	0.2784 Å²	0.0067 Å²	-	-	0.3205 Å²
L	1.1894 °²	-0.0664 °²	-0.3929 °²	-	0.2885 °²	-0.0123 °²	-	-	1.3634 °²
S	0.0056 Å °	-0.2753 Å °	0.0236 Å °	0.0008 Å °	0.0116 Å °	0.015 Å °	-0.0407 Å °	0.0182 Å °	-0.0148 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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