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- PDB-8uqx: Round 18 Arylesterase Variant of Apo-Phosphotriesterase Measured ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8uqx | ||||||
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Title | Round 18 Arylesterase Variant of Apo-Phosphotriesterase Measured at 9.5 keV | ||||||
![]() | Phosphotriesterase variant PTE-R18 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Apo-Phosphotriesterase / 9.5 keV | ||||||
Function / homology | ![]() catabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Breeze, C.W. / Frkic, R.L. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Mononuclear binding and catalytic activity of europium(III) and gadolinium(III) at the active site of the model metalloenzyme phosphotriesterase. Authors: Breeze, C.W. / Nakano, Y. / Campbell, E.C. / Frkic, R.L. / Lupton, D.W. / Jackson, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 377.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 313.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 451.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 458.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8uqwC ![]() 8uqyC ![]() 8uqzC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36208.414 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM Sodium cacodylate, 14% (v/v) MPD, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 21, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3051 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.52→44.65 Å / Num. obs: 101871 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 26.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 2660079 |
Reflection shell | Resolution: 1.52→1.55 Å / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 26.2 % / Rmerge(I) obs: 3.407 / Num. measured all: 127877 / Num. unique obs: 4875 / CC1/2: 0.475 / Rpim(I) all: 0.665 / Rrim(I) all: 3.473 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I) obs: 1.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.52→42.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.5069 Å / Origin y: 22.8456 Å / Origin z: 21.8757 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |