PDB-8uqw: Round 18 Arylesterase Variant of Apo-Phosphotriesterase Measured ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uqw

タイトル

Round 18 Arylesterase Variant of Apo-Phosphotriesterase Measured at 13 keV

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R18

キーワード

HYDROLASE / Apo-Phosphotriesterase / 13 keV

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Breeze, C.W. / Frkic, R.L. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Mononuclear binding and catalytic activity of europium(III) and gadolinium(III) at the active site of the model metalloenzyme phosphotriesterase.
著者: Breeze, C.W. / Nakano, Y. / Campbell, E.C. / Frkic, R.L. / Lupton, D.W. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2023年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uqw.cif.gz	381.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uqw.ent.gz	315.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uqw_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uqw_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	8uqw_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	8uqw_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uqxC 8uqyC 8uqzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R18

B: Phosphotriesterase variant PTE-R18

ヘテロ分子

72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.630, 86.215, 89.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R18 分子量: 36208.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GYS7
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Sodium cacodylate, 14% (v/v) MPD, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.58 Å / Num. obs: 105750 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 40.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 1.08 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 4295366
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 41.1 % / R_merge(I) obs: 4.314 / Num. measured all: 212320 / Num. unique obs: 5167 / CC_1/2: 0.665 / R_pim(I) all: 0.673 / R_rim(I) all: 4.367 / Χ²: 1.3 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→39.6 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	5212	4.94 %
R_work	0.1837	-	-
obs	0.1848	105582	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4887	0	18	385	5290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.551	714
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	801
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	883

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3355	182	0.3289	3263	X-RAY DIFFRACTION	98
1.52-1.53	0.3458	186	0.31	3259	X-RAY DIFFRACTION	99
1.53-1.55	0.3489	184	0.3094	3289	X-RAY DIFFRACTION	99
1.55-1.57	0.2884	157	0.3017	3285	X-RAY DIFFRACTION	99
1.57-1.59	0.3762	160	0.3098	3301	X-RAY DIFFRACTION	99
1.59-1.62	0.3232	173	0.3001	3302	X-RAY DIFFRACTION	99
1.62-1.64	0.3135	159	0.2867	3333	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.66	0.2841	151	0.2679	3300	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.69	0.2505	150	0.254	3345	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.72	0.2781	149	0.2466	3324	X-RAY DIFFRACTION	99
1.72-1.75	0.2674	165	0.2405	3308	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.78	0.2548	133	0.23	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.265	143	0.2271	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.2503	180	0.226	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.273	197	0.2175	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.93	0.2277	181	0.2217	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.2571	185	0.2201	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.04	0.2532	195	0.2032	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.1	0.2317	185	0.1978	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.2325	206	0.1887	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.2279	202	0.1825	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.33	0.2088	192	0.1776	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.44	0.2236	172	0.175	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.56	0.1886	202	0.1748	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.73	0.1964	141	0.1799	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.94	0.1877	149	0.1706	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.23	0.1867	205	0.1702	3379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.7	0.1946	162	0.1614	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.66	0.1697	124	0.1389	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-39.6	0.1533	242	0.1634	3569	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.3479 Å / Origin y: 22.7313 Å / Origin z: 21.842 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1646 Å²	-0.014 Å²	-0.0055 Å²	-	0.2159 Å²	0.0035 Å²	-	-	0.2082 Å²
L	1.7676 °²	-0.1101 °²	-0.386 °²	-	0.3542 °²	-0.0223 °²	-	-	1.0592 °²
S	0.0096 Å °	-0.4254 Å °	0.0383 Å °	-0.0033 Å °	0.0125 Å °	0.0057 Å °	-0.0281 Å °	0.054 Å °	-0.0194 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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