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- PDB-8upq: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8upq
タイトルCampylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase in complex with 2,3-dihydroxy-3-isovalerate.
要素Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Biofuel / Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / isomerase activity / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Lin, X. / Lonhienne, T. / Guddat, L.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210101802 オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Mapping of the Reaction Trajectory catalyzed by Class I Ketol-Acid Reductoisomerase
著者: Lin, X. / Lonhienne, T. / Lv, Y. / Kurz, J. / McGeary, R. / Schenk, G. / Guddat, L.W.
履歴
登録2023年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
F: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
E: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,87918
ポリマ－224,9296
非ポリマー95112
水9,800544
1
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2936
ポリマ－74,9762
非ポリマー3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12420 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
2
C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2936
ポリマ－74,9762
非ポリマー3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area24850 Å2
手法PISA
3
F: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子

F: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2936
ポリマ－74,9762
非ポリマー3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area12260 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area24260 Å2
手法PISA
4
E: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子

E: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2936
ポリマ－74,9762
非ポリマー3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area12010 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.822, 134.127, 126.862
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-538-

HOH

21E-536-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))


分子量: 37488.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: ilvC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5T0UG45
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-XAI / (2R)-2,3-dihydroxy-3-methylbutanoic acid


分子量: 134.130 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% v/v 2-propanol 0.1 M sodium citrate pH 5.5 20 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→46.21 Å / Num. obs: 76291 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Num. unique obs: 4942 / CC1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→42.19 Å / SU ML: 0.2875 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2176
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 2015 2.64 %
Rwork0.193 74256 -
obs0.1943 76271 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→42.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15368 0 60 544 15972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004515676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61521158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.25382398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00342754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.83085708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.510.29791220.22564942X-RAY DIFFRACTION91.34
2.51-2.580.26611760.2245310X-RAY DIFFRACTION97.65
2.58-2.650.27371300.21795364X-RAY DIFFRACTION97.85
2.65-2.740.30251490.22415314X-RAY DIFFRACTION97.87
2.74-2.840.28481440.21325321X-RAY DIFFRACTION98.01
2.84-2.950.27681470.22315353X-RAY DIFFRACTION97.97
2.95-3.080.27451450.22695301X-RAY DIFFRACTION97.97
3.08-3.250.29241360.21815333X-RAY DIFFRACTION97.7
3.25-3.450.25151320.20945283X-RAY DIFFRACTION96.85
3.45-3.720.25331390.18995228X-RAY DIFFRACTION95.43
3.72-4.090.21131340.16985422X-RAY DIFFRACTION98.67
4.09-4.680.1871550.15615381X-RAY DIFFRACTION98.59
4.68-5.890.21341510.17475371X-RAY DIFFRACTION97.75
5.9-42.190.20661550.17445333X-RAY DIFFRACTION96.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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