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Yorodumi- PDB-8upp: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase in complex with ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8upp | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase in complex with NADPH and Hoe704 | ||||||
Components | Ketol-acid reductoisomerase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Biofuel / Enzyme | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Lin, X. / Lv, Y. / Lonhienne, T. / Guddat, L.W. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2024Title: Mapping of the Reaction Trajectory catalyzed by Class I Ketol-Acid Reductoisomerase Authors: Lin, X. / Lonhienne, T. / Lv, Y. / Kurz, J. / McGeary, R. / Schenk, G. / Guddat, L.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8upp.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8upp.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8upp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8upp_validation.pdf.gz | 8.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8upp_full_validation.pdf.gz | 8.6 MB | Display | |
| Data in XML | 8upp_validation.xml.gz | 105.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 8upp_validation.cif.gz | 152.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8upp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8upp | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7latC ![]() 8swmC ![]() 8sxdC ![]() 8upnC ![]() 8upqC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 35868.223 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: A0A5T0UG45, ketol-acid reductoisomerase (NADP+) #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-NDP / #4: Chemical | ChemComp-X9W / ( Mass: 152.086 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically / Formula: C4H9O4P / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.96 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M NH4I, 20% PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: May 10, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.78→34.35 Å / Num. obs: 372120 / % possible obs: 93.29 % / Redundancy: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 19.53 Å2 / CC1/2: 0.765 / Net I/σ(I): 20.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.78→3.85 Å / Num. unique obs: 31881 / CC1/2: 0.794 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78→34.35 Å / SU ML: 0.2925 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / Phase error: 33.21 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 25.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→34.35 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Australia, 1items
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