PDB-8uos: Designed IL-1R antagonist IL-1Rmb80

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uos

タイトル

Designed IL-1R antagonist IL-1Rmb80

要素

IL-1Rmb80

キーワード

DE NOVO PROTEIN / protein design / antagonist / immune system

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Jude, K.M. / Garcia, K.C.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	RO1-AI51321	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
The Mark Foundation		米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: De novo design of miniprotein antagonists of cytokine storm inducers.
著者: Huang, B. / Coventry, B. / Borowska, M.T. / Arhontoulis, D.C. / Exposit, M. / Abedi, M. / Jude, K.M. / Halabiya, S.F. / Allen, A. / Cordray, C. / Goreshnik, I. / Ahlrichs, M. / Chan, S. / ...

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uos.cif.gz	129.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uos.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uos_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uos_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	8uos_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	8uos_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8upaC 8upbC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IL-1Rmb80

B: IL-1Rmb80

C: IL-1Rmb80

D: IL-1Rmb80

ヘテロ分子

30.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IL-1Rmb80

登録者が定義した集合体
7.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: IL-1Rmb80

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.81 kDa, 1 ポリマー
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3

C: IL-1Rmb80

登録者が定義した集合体
7.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: IL-1Rmb80

登録者が定義した集合体
7.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.343, 55.220, 53.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.539, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	IL-1Rmb80 分子量: 7713.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.17 M Ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→36.9 Å / Num. obs: 16949 / % possible obs: 98.18 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 38.19 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1069 / R_pim(I) all: 0.04372 / R_rim(I) all: 0.1157 / Net I/σ(I): 9.75
反射シェル	解像度: 1.96→2.08 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 2.405 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 2831 / CC_1/2: 0.46 / CC star: 0.794 / R_pim(I) all: 0.9199 / R_rim(I) all: 2.405 / % possible all: 98.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
XDS	Feb 5, 2021	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→36.9 Å / SU ML: 0.3658 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.7798
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	844	4.99 %
R_work	0.1996	16053	-
obs	0.2015	16897	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→36.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1936	0	6	30	1972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	1979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4521	2659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0302	273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	362
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1928	774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.08	0.4143	140	0.3495	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.08-2.24	0.3344	137	0.2542	2603	X-RAY DIFFRACTION	96.85
2.24-2.47	0.2782	142	0.2164	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.47-2.83	0.2613	142	0.1941	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.83-3.56	0.2328	140	0.1931	2670	X-RAY DIFFRACTION	97.54
3.56-36.9	0.1908	143	0.1767	2724	X-RAY DIFFRACTION	97.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.74792518786	0.915878569201	1.7404976037	4.84049350087	1.13275861488	4.74939792756	0.178341653128	0.0199844282369	-0.498865631597	-0.38525365169	-0.0885795160607	0.275814803237	-0.221049725936	-0.564109189363	-0.0496612969347	0.438202649388	0.0624422458682	0.00344217485499	0.364738685579	-0.0449351646241	0.407024549539	10.2874398069	13.4468588848	16.1752252957
2	8.42284465539	-1.1564456685	-0.663518940283	6.0112331917	0.349183410359	3.77521137983	0.0834257434434	0.212398713995	1.12962243899	-0.563471654921	-0.000412799841893	-0.474133721014	-0.147031379402	0.202310750646	-0.152810425641	0.313277372216	0.0355527589296	0.0474526721445	0.267446322496	0.00030563015966	0.332265709115	10.1012543452	22.2221629795	14.9134789084
3	2.36742990539	-2.05766518515	1.900073918	4.19026552963	1.18595782596	5.8216015185	0.0764724025268	-0.845659283988	-0.0133474136735	0.422891856033	0.0420094147247	0.363657888577	0.526117572089	-0.071913521525	-0.125346257498	0.385010959601	-0.0107570487238	0.0636475055356	0.418191391788	0.0341235292305	0.326449874716	6.95757172471	19.7392556946	25.3662077076
4	3.97770281099	-1.88841630068	-0.621431194932	5.76686461059	1.40224667341	4.41870147292	0.0692615684519	0.25738283498	-0.0933125075195	-0.34253581611	0.130745546115	-0.0225917141302	0.0425585200632	-0.0395530338462	-0.203951316982	0.326372534434	-0.0126961291943	-0.0101746342091	0.231930858113	0.0138633981192	0.21765447613	6.37608026093	17.548607479	41.9933727703
5	2.53264954987	0.41662205917	1.60387667242	5.30583184164	-0.360417325673	5.07508337612	0.167309672336	-1.01058819951	-0.336027350189	0.70288500367	-0.134632330926	0.089189978263	0.144147663286	-0.230170227789	0.0302530903564	0.446840916412	0.0554678941179	0.0147928674901	0.419090182353	0.0379976177836	0.313678624323	3.66439200868	20.2815018557	52.1381229889
6	3.69827567612	-0.730029785566	3.47235808235	7.37387796279	-1.57417420347	4.06497477946	0.0196309031099	-0.0753229223277	0.640260851609	0.050279684993	-0.143352445443	0.248345969079	-0.660254418555	-0.100300512854	0.146506182864	0.373323372972	0.049284309271	0.0151133821292	0.389592433829	0.0023385863152	0.29848267413	8.07820413909	40.3682448826	19.7824313494
7	2.77999064988	-0.235059151238	1.96746569114	3.03950396057	0.554224940642	7.98540756385	0.228271446137	-0.089192914231	-0.461858384263	0.0591318033553	0.150917686839	0.0453622813826	0.603273130749	-0.0512770919695	-0.337009362281	0.259621390628	0.00440115729997	0.00245694478344	0.299241585919	-0.0329437709238	0.32751623147	7.55513564801	31.3613306126	20.3095810304
8	2.78314932075	-0.0467280676991	3.13266829248	6.35749413241	-0.122143599345	8.75575351738	0.0845921041802	0.205358097176	-0.0299824361101	-0.568050686705	-0.133636245942	-0.304551830619	0.023629720042	0.0983986620335	-0.0196956352746	0.357047396204	0.00192220027759	0.0465045603251	0.413763600381	-0.0135614756121	0.336824660991	12.4431255124	33.5150370579	10.5946606417
9	7.71532307497	0.882274224811	2.03588283183	5.97647494572	1.97557136126	7.24934640879	-0.105175413054	-0.384463259147	0.154203751557	0.537102448741	0.185046556074	0.195197685778	0.168660001846	-0.0919754116758	-0.0580557048128	0.334962390696	-0.000708383474981	0.0361672910537	0.263593781834	-0.0189275241395	0.261573752461	4.8801161575	36.365598591	46.5068996205
10	2.61720340484	-0.0838982887494	1.98638493045	4.15584893082	-0.01358402544	4.35044451487	0.0430159846485	0.390583865143	0.336789163238	-0.225332622763	-0.0367226808793	-0.00993553218801	-0.166349578161	-0.0478693956847	-0.0420012974481	0.39214937694	-0.00676462565517	-0.00169036199483	0.327075341465	0.0112523283588	0.28926212098	8.6603606952	33.5822366826	36.7438426873

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )	A	A	1 - 19	1 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 39 )	A	A	20 - 39	20 - 39
3	3	chain 'A' and (resid 40 through 58 )	A	A	40 - 58	40 - 58
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 39 )	B	B	1 - 39	1 - 39
5	5	chain 'B' and (resid 40 through 58 )	B	B	40 - 58	40 - 58
6	6	chain 'C' and (resid 1 through 19 )	C	D	1 - 19	1 - 19
7	7	chain 'C' and (resid 20 through 39 )	C	D	20 - 39	20 - 39
8	8	chain 'C' and (resid 40 through 58 )	C	D	40 - 58	40 - 58
9	9	chain 'D' and (resid 1 through 39 )	D	E	1 - 39	1 - 39
10	10	chain 'D' and (resid 40 through 58 )	D	E	40 - 58	40 - 58

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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