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- PDB-8upa: Structure of gp130 in complex with a de novo designed IL-6 mimetic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8upa
タイトルStructure of gp130 in complex with a de novo designed IL-6 mimetic
要素
  • De novo designed IL-6 mimetic
  • Interleukin-6 receptor subunit beta
キーワードCYTOKINE / cytokine receptor / de novo design
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding ...interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of platelet aggregation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / Interleukin-6 signaling / MAPK3 (ERK1) activation / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / growth factor binding / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cytokine binding / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / response to cytokine / cytokine-mediated signaling pathway / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. ...: / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Borowska, M.T. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI51321 米国
The Mark Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: De novo design of miniprotein antagonists of cytokine storm inducers.
著者: Huang, B. / Coventry, B. / Borowska, M.T. / Arhontoulis, D.C. / Exposit, M. / Abedi, M. / Jude, K.M. / Halabiya, S.F. / Allen, A. / Cordray, C. / Goreshnik, I. / Ahlrichs, M. / Chan, S. / ...著者: Huang, B. / Coventry, B. / Borowska, M.T. / Arhontoulis, D.C. / Exposit, M. / Abedi, M. / Jude, K.M. / Halabiya, S.F. / Allen, A. / Cordray, C. / Goreshnik, I. / Ahlrichs, M. / Chan, S. / Tunggal, H. / DeWitt, M. / Hyams, N. / Carter, L. / Stewart, L. / Fuller, D.H. / Mei, Y. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2023年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed IL-6 mimetic
B: Interleukin-6 receptor subunit beta
C: De novo designed IL-6 mimetic
D: Interleukin-6 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5379
ポリマ－59,5574
非ポリマー9805
水362
1
A: De novo designed IL-6 mimetic
B: Interleukin-6 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3165
ポリマ－29,7792
非ポリマー5373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
2
C: De novo designed IL-6 mimetic
D: Interleukin-6 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2214
ポリマ－29,7792
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.464, 189.464, 189.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 De novo designed IL-6 mimetic


分子量: 6656.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit beta


分子量: 23121.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6ST / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40189
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.04M Potassium phosphate monobasic, 16% Polyethylene glycol 8,000, 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033149 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033149 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→29.96 Å / Num. obs: 32821 / % possible obs: 99.45 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.16
反射 シェル解像度: 3.3→3.421 Å / Num. unique obs: 1660 / CC1/2: 0.669

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→29.96 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 3296 10.06 %
Rwork0.1928 --
obs0.1971 32762 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 61 2 4133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0931584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.350.50451220.35731093X-RAY DIFFRACTION87
3.35-3.40.38761440.34131238X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.450.36331320.32761216X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.510.33071420.31261261X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.570.31971380.28941250X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.630.33531400.29791189X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.70.36751370.29251230X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.780.35581360.2691257X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.860.27281380.25611198X-RAY DIFFRACTION100
3.86-3.950.30731400.25951221X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.050.28211360.23191256X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.160.19551400.18851214X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.280.25951280.18821287X-RAY DIFFRACTION100
4.28-4.420.19811340.1741236X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.580.21071380.16141232X-RAY DIFFRACTION100
4.58-4.760.2051360.1511242X-RAY DIFFRACTION100
4.76-4.970.18671400.15861232X-RAY DIFFRACTION100
4.98-5.230.21091400.15271242X-RAY DIFFRACTION100
5.24-5.560.20291390.15981191X-RAY DIFFRACTION100
5.56-5.990.24411350.16831247X-RAY DIFFRACTION100
5.99-6.580.25711440.18451235X-RAY DIFFRACTION100
6.59-7.520.16471400.17841237X-RAY DIFFRACTION100
7.54-9.430.18481400.14791234X-RAY DIFFRACTION100
9.45-29.960.17321370.14581228X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2031-2.07431.45291.65080.0361.31860.2725-0.1305-0.72590.2378-0.2234-0.41970.31390.3106-0.05681.1567-0.1072-0.12381.17650.32081.24158.949715.7458-21.937
24.7166-0.4566-1.28253.1304-0.20317.58240.14590.0640.0310.1743-0.1469-0.0410.2488-0.39460.01660.7809-0.02420.02160.8292-0.00040.7688-49.62874.5443-38.7569
30.2406-0.28580.3013.705-1.79891.1198-0.0171-0.02030.01820.0407-0.0423-0.1687-0.00610.09010.0550.8371-0.0110.06740.862-0.00490.6813-29.57418.2935-33.1156
44.75070.5763-0.51736.33660.30672.85620.2154-1.130.04581.018-0.5724-1.10530.02010.6330.14191.1504-0.2648-0.14771.4290.16490.981217.966338.2928-25.2095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'D' )
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' )
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' )
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'C' )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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