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- PDB-8uo9: Structure of synaptic vesicle protein 2A in complex with a nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uo9
タイトルStructure of synaptic vesicle protein 2A in complex with a nanobody
要素
  • Nanobody
  • Synaptic vesicle glycoprotein 2A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Synaptic vesicle / SLC22 / Inhibitor / Nanobody / AEDs
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle priming / presynaptic active zone / transmembrane transporter activity / GABA-ergic synapse / neuromuscular junction ...regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle priming / presynaptic active zone / transmembrane transporter activity / GABA-ergic synapse / neuromuscular junction / synaptic vesicle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / cell-cell junction / synaptic vesicle / neuron projection / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptic vesicle protein SV2 / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE] / : / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Synaptic vesicle glycoprotein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mittal, A. / Martin, M.F. / Levin, E. / Adams, C. / Yang, M. / Ledecq, M. / Horanyi, P.S. / Coleman, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Brain & Behavior Research Foundation30153 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of synaptic vesicle protein 2A and 2B bound to anticonvulsants.
著者: Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / ...著者: Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / Michel Gillard / Peter S Horanyi / Jonathan A Coleman /
要旨: Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane ...Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane protein found in the synaptic vesicles of neurons called synaptic vesicle protein 2 (SV2) A (SV2A). SV2A belongs to an orphan subfamily of the solute carrier 22 organic ion transporter family that also includes SV2B and SV2C. The molecular basis for how anti-seizure medications act on SV2s remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of SV2A and SV2B captured in a luminal-occluded conformation complexed with anticonvulsant ligands. The conformation bound by anticonvulsants resembles an inhibited transporter with closed luminal and intracellular gates. Anticonvulsants bind to a highly conserved central site in SV2s. These structures provide blueprints for future drug design and will facilitate future investigations into the biological function of SV2s.
履歴
登録2023年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_admin / em_author_list
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _em_author_list.author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptic vesicle glycoprotein 2A
B: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9918
ポリマ－91,0582
非ポリマー2,9336
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Synaptic vesicle glycoprotein 2A


分子量: 75589.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SV2A / 細胞株 (発現宿主): tsA201 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L0J3
#2: 抗体 Nanobody


分子量: 15469.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-X49 / (4R)-1-{[(4S)-2-(methoxymethyl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazol-5-yl]methyl}-4-(4,4,4-trifluorobutyl)pyrrolidin-2-one


分子量: 444.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18F6N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#7: 化合物 ChemComp-PS1 / 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE]


分子量: 566.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H49NO10P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Protein with a nanobody / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 98.1 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 8.0, 0.02 mM LMNG, 0.020 mM CHS, 0.050mM GDN, and 1 micromolar of UCB-2500
試料濃度: 4.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 77160 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250856 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Accession code: AF-Q7L0J3-F1 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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