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- PDB-8umg: Chromodomains of human CHD1 complexed with UNC10142 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8umg
タイトルChromodomains of human CHD1 complexed with UNC10142
要素Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / CHD1 / Chromodomain-Helicase DNA-binding 1 / Methyllysine Reader
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome organization / histone H3K4me3 reader activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / host-mediated activation of viral transcription / nuclear chromosome / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / histone binding / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling ...nucleosome organization / histone H3K4me3 reader activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / host-mediated activation of viral transcription / nuclear chromosome / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / histone binding / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CDH1/2, SANT-Helical linker 1 / CDH1/2 SANT-Helical linker 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / ATP-dependent helicase CHD1-2/hrp3 HTH domain / DUF4208 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain ...CDH1/2, SANT-Helical linker 1 / CDH1/2 SANT-Helical linker 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / ATP-dependent helicase CHD1-2/hrp3 HTH domain / DUF4208 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Graboski, A.L. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)5R33DA047023-05 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R33DA047023-05 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Optimization of a quinazoline-based scaffold against human CHD1
著者: Johnson, R.L. / Graboski, A.L. / Walton, W.G. / James, L.I. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
B: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
C: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6737
ポリマ－66,4403
非ポリマー1,2334
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.531, 55.193, 101.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.779, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1 / CHD-1 / ATP-dependent helicase CHD1


分子量: 22146.762 Da / 分子数: 3 / 変異: +KK / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHD1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O14646
#2: 化合物 ChemComp-X31 / 1-{4-[{2-(azonan-1-yl)-6-methoxy-7-[3-(piperidin-1-yl)propoxy]quinazolin-4-yl}(methyl)amino]piperidin-1-yl}ethan-1-one


分子量: 580.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H52N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, sodium chloride, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月28日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→55.34 Å / Num. obs: 10543 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 7.88 Å2 / CC1/2: 0.937 / CC star: 0.984 / Net I/σ(I): 1.94
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 962 / CC1/2: 0.107 / CC star: 0.44 / % possible all: 92.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→55.34 Å / SU ML: 0.4988 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.1892
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 1042 9.97 %
Rwork0.2381 9410 -
obs0.2465 10452 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 10.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→55.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3450 0 86 99 3635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34964914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0674491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7922513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.270.38271360.29821261X-RAY DIFFRACTION93.26
3.27-3.470.31991500.24971331X-RAY DIFFRACTION99.4
3.47-3.740.35451480.25051341X-RAY DIFFRACTION99.73
3.74-4.110.30851510.22851352X-RAY DIFFRACTION99.87
4.11-4.710.25721490.19911350X-RAY DIFFRACTION99.87
4.71-5.930.34151530.21891373X-RAY DIFFRACTION99.87
5.93-55.340.31191550.24681402X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.2880707602 Å / Origin y: -0.0752440390888 Å / Origin z: 23.7559971228 Å
111213212223313233
T0.0376484664232 Å20.0182949094863 Å2-5.50172476891E-5 Å2-0.0354328512736 Å2-0.0171726449778 Å2--0.0456240220269 Å2
L0.522841122695 °2-0.114277097277 °2-0.0896301073173 °2-0.325954163501 °2-0.12797469246 °2---0.00318384744374 °2
S-0.00993199980553 Å °0.0329708208036 Å °0.0327073867512 Å °-0.0555922990286 Å °-0.00179003967222 Å °-0.0240641666138 Å °0.0494414182146 Å °-0.0087776219336 Å °-0.00821672079841 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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