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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ugo | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the complex between Human LIAS and H-protein in the presence of 5'-deoxyadenosine | ||||||||||||
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![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Lipoyl synthase / LIAS | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress ...lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / mitochondrial matrix / inflammatory response / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the mechanism of the human lipoyl synthase (LIAS) and its complex with the H-protein 著者: Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 532.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 438.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8trwC ![]() 8tskC ![]() 9c19C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ABDECF
#1: タンパク質 | 分子量: 41457.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 18902.498 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 11種, 216分子 


















#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | 分子量: 176.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #10: 化合物 | ChemComp-2PE / | #11: 化合物 | ChemComp-PGE / | #12: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Potassium phosphate pH8.0, 0.2 M potassium chloride, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 320427 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 7.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.53 Å / Num. unique obs: 4299 / CC1/2: 0.348 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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