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- PDB-8ucy: Sterile Alpha Motif (SAM) domain from Tric1, Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ucy
タイトルSterile Alpha Motif (SAM) domain from Tric1, Arabidopsis thaliana
要素Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Mitochondria / tRNA import / Tric1 / SAM domain / oligomerization / PRAT domain / sterile alpha motif domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to chloroplast / tRNA import into mitochondrion / chloroplast inner membrane / protein insertion into mitochondrial inner membrane / chloroplast envelope / plastid / chloroplast / mitochondrion organization / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / SAM domain (Sterile alpha motif) / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Olasz, B. / Vrielink, A. / Evans, G.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of the SAM domain of the Arabidopsis mitochondrial tRNA import receptor.
著者: Olasz, B. / Smithers, L. / Evans, G.L. / Anandan, A. / Murcha, M.W. / Vrielink, A.
履歴
登録2023年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / exptl / exptl_crystal / exptl_crystal_grow
Item: _exptl.crystals_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1
B: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1
C: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5334
ポリマ－30,4973
非ポリマー351
水3,243180
1
A: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1661
ポリマ－10,1661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2012
ポリマ－10,1661
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1661
ポリマ－10,1661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.639, 92.121, 93.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
詳細The assembly may be hexameric; however, the authors do not know the specific hexameric assembly.

-
要素

#1: タンパク質 Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1


分子量: 10165.782 Da / 分子数: 3 / 断片: SAM domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HP30-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9SCK3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.0339.33rod shaped crystals, abundant in all crystallisation drops
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
293.151蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.52.0 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris, 12 mg/mL SAM protein
293.152マイクロバッチ法8.51.0 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris, 6.15 mg/mL SeMet SAM protein (0.5uL:0.5uL drop under paratone oil)

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
31002N
41002N
51002N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX110.9537
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX120.9793
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX130.9795
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX140.9537
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX150.9871
検出器
タイプID検出器日付ID
ADSC QUANTUM 210r1CCD2015年12月11日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2016年11月11日1
ADSC QUANTUM 210r3CCD2016年11月11日1
ADSC QUANTUM 210r4CCD2016年11月11日1
ADSC QUANTUM 210r5CCD2016年11月11日1
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
3MADMx-ray3
4MADMx-ray4
5MADMx-ray5
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97931
30.97951
40.98711
51
反射解像度: 1.48→29.2 Å / Num. obs: 42224 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 19.28 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 1.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2085 / CC1/2: 0.671 / Rpim(I) all: 0.403 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.48→29.17 Å / SU ML: 0.1539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9588
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The structure was solved by MAD using a SeMet mutant; however, the final refined structure was obtained using a native data set.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 2115 5.02 %
Rwork0.1792 40031 -
obs0.1801 42146 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→29.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1561 0 1 180 1742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1632213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0807251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0383289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1575654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.510.29091230.2572618X-RAY DIFFRACTION99.24
1.51-1.550.25531260.23042639X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.590.22671190.22042658X-RAY DIFFRACTION99.93
1.59-1.640.21841130.2152641X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.690.23431430.22212638X-RAY DIFFRACTION99.89
1.69-1.760.21411540.21752593X-RAY DIFFRACTION99.96
1.76-1.830.22721790.19922604X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.910.22891090.17932705X-RAY DIFFRACTION100
1.91-2.010.20481430.1822622X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.140.19721450.18382653X-RAY DIFFRACTION99.93
2.14-2.30.18031320.16132682X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.530.19981540.16262674X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.90.21361470.1712713X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.650.19191620.18182718X-RAY DIFFRACTION100
3.65-29.170.17471660.16472873X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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