PDB-8ucz: Sterile Alpha Motif (SAM) domain from Tric1 from Arabidopsis thal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ucz

タイトル

Sterile Alpha Motif (SAM) domain from Tric1 from Arabidopsis thaliana - D235A mutant

要素

Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Mitochondria / tRNA import / Tric1 / SAM domain / oligomerization / PRAT domain / sterile alpha motif domain

機能・相同性

機能・相同性情報

protein targeting to chloroplast / chloroplast inner membrane / tRNA import into mitochondrion / protein insertion into mitochondrial inner membrane / chloroplast envelope / plastid / chloroplast / mitochondrion organization / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Olasz, B. / Vrielink, A. / Smithers, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of the SAM domain of the Arabidopsis mitochondrial tRNA import receptor.
著者: Olasz, B. / Smithers, L. / Evans, G.L. / Anandan, A. / Murcha, M.W. / Vrielink, A.

履歴

登録	2023年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/8ucz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/8ucz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ucyC 8ud0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

B: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

C: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

ヘテロ分子

30.5 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.676, 92.587, 94.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

詳細

The assembly may be hexameric; however, the authors do not know the specific hexameric assembly.

#1: タンパク質	Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1 分子量: 10121.772 Da / 分子数: 3 / 断片: SAM domain / 変異: D235A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HP30-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9SCK3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.3 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris / PH範囲: 8.0-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→47.05 Å / Num. obs: 15930 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.92 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1505 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.019 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→47.05 Å / SU ML: 0.3163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9823
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2766	811	5.23 %
R_work	0.2475	14702	-
obs	0.249	15513	96.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→47.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1526	0	3	226	1755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	1621
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8329	2199
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0462	251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0386	285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.92	651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.2	0.3346	148	0.2894	2352	X-RAY DIFFRACTION	95.53
2.2-2.37	0.4342	100	0.4213	2128	X-RAY DIFFRACTION	84.91
2.37-2.61	0.2619	141	0.2481	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.98	0.2858	147	0.2483	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.76	0.2472	139	0.231	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.76-47.05	0.2458	136	0.193	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.89478287649	-2.47812524487	0.917465939139	7.23662969861	-4.35670079637	8.11116328393	0.00433067515318	0.210107039797	-0.788427173269	-0.703863053545	0.0961575582895	0.198830921765	0.598437691138	-0.305026912598	-0.0720197907044	0.135983874023	-0.0384352342211	0.0160958010807	0.211201350229	-0.0831554403215	0.229983036112	4.40259275945	3.49156887	-21.8309705074
2	6.97192434828	-4.54275099662	3.91762957211	6.06251242079	-2.12664218731	4.47124664719	0.561299951575	0.848878551422	0.155611889701	-0.880620796583	-0.762992745446	-0.721401921133	0.380635417501	0.814459380406	0.199303856221	0.150232696994	-0.0339083308137	0.0599969138386	0.29646208588	0.0179094740975	0.227691056216	11.3962517997	9.30869859917	-20.8091250952
3	1.74312992032	-1.22831080955	0.968031732482	4.23916441617	-2.2710740969	1.83623220993	-0.109469286345	-0.205670290493	0.241537003769	0.501469501716	0.0220078765977	-0.178943404367	-0.299443710054	0.0787398133381	0.063754010672	0.206490494202	-0.0337957015196	-0.0383187946438	0.180969469174	-0.0244646400071	0.162241774912	5.05797988896	12.2403979919	-13.8633646151
4	6.27988748839	2.4160110571	2.48775588068	4.95064715842	-0.557417397601	3.97314330645	0.737893808979	1.0592933959	-1.21374086579	-0.85519731758	-0.673166973526	-0.0529087383858	1.28516769625	-0.992474611616	0.0191320182094	0.230516484787	0.196964138089	0.024983222886	0.319242318285	-0.107346299377	0.552473949742	-7.02996271546	7.58052600242	-17.195779337
5	4.37517951712	4.80446737817	-2.92451196625	6.78017601839	-3.14299405511	6.63556059861	-0.219295787458	-1.07042405827	-0.153002199947	1.19100418599	0.233308455404	-0.96962755133	0.0514957960246	0.0694403513228	0.184387893494	0.253923039191	0.0473518677991	-0.0603859702163	0.419392473076	0.00623446209078	0.269874554048	0.583991567038	-14.1948501927	-19.1654396016
6	5.86227473789	1.37813264369	-0.281766707187	6.31545088346	-2.32628865574	3.8306114973	-0.115398693983	-0.0206268589912	0.183117658672	-0.107357093639	0.0615799992249	0.130057300848	-0.0694616838537	-0.0361925043399	0.0437432736223	0.133901139432	0.00880651229556	-0.0310409321439	0.152317800847	-0.0253000093696	0.135408511666	-1.3204962087	-15.1634460047	-29.0590774716
7	7.04986625416	5.21861868155	-4.40915707255	7.72303891448	-6.20674628368	9.65254811526	0.992994743696	-2.67277512799	-0.575883291543	2.04643963669	0.91054013951	0.474868234534	0.0886881913086	-0.38062509481	-1.38145657716	0.488002710978	0.0662084954047	-0.0244069218967	0.940073518182	0.0331937306076	0.364435773302	11.0539101516	-17.9734601448	-22.0173855451
8	-0.153503505286	0.00752336335795	-0.129205479528	5.25318158825	-2.94104239797	7.34041152051	0.0723101884127	-0.468149637362	-0.226841500061	-0.00647776105232	-0.0144695792185	0.458484423391	0.682356348815	-0.548822431519	-0.0817816586555	0.240580340467	-0.0399576069699	0.0698157422522	0.295604186158	0.0177278767949	0.200227374742	9.63087490692	-5.61763306594	7.74228020066
9	5.95322253766	0.6715128094	2.76058533987	3.12167847997	-1.03747450093	2.24695979266	0.0480883565275	0.097947704008	-0.766381201533	-0.509122082524	0.134929391165	-0.195806151419	1.06583340175	0.818893926878	-0.0270504633765	0.172322440302	0.0382453173464	0.0811796355062	0.414352438881	-0.0511818730811	0.160182891627	15.385026459	-2.05774736569	0.804217400991
10	1.42824457849	-0.376348051362	2.231430143	1.28372748468	-0.82672555814	5.04647035166	-0.207643067795	0.179973889233	0.197516775937	-0.00926312642604	0.0612005934499	-0.113520252412	-0.323120201571	0.221016128739	0.10870655532	0.15023249771	-0.0501786355485	0.0144514485627	0.22053777684	-0.0190943088797	0.140918484873	10.0394967595	5.65711695113	2.61761674171
11	3.60013418995	2.36532418614	3.05725125873	7.62978619246	0.688854156075	3.27684277845	0.633558805171	0.314871622936	-0.210919177546	0.167743253798	-0.280947740262	0.96377309517	-0.149868238564	0.310910723345	-0.181545091716	0.438618090767	-0.0235173948021	-0.0729711384382	0.555812108054	0.128815755866	0.479621562548	-2.15810553388	0.759768788527	5.8759248555

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 194 through 206 )	A	A	194 - 206	1 - 13
2	2	chain 'A' and (resid 207 through 218 )	A	A	207 - 218	14 - 25
3	3	chain 'A' and (resid 219 through 250 )	A	A	219 - 250	26 - 57
4	4	chain 'A' and (resid 251 through 257 )	A	A	251 - 257	58 - 64
5	5	chain 'B' and (resid 194 through 206 )	B	B	194 - 206	1 - 13
6	6	chain 'B' and (resid 207 through 252 )	B	B	207 - 252	14 - 59
7	7	chain 'B' and (resid 253 through 257 )	B	B	253 - 257	60 - 64
8	8	chain 'C' and (resid 193 through 205 )	C	C	193 - 205	1 - 13
9	9	chain 'C' and (resid 206 through 217 )	C	C	206 - 217	14 - 25
10	10	chain 'C' and (resid 218 through 250 )	C	C	218 - 250	26 - 58
11	11	chain 'C' and (resid 251 through 257 )	C	C	251 - 257	59 - 65

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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