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Yorodumi- PDB-8ud0: Sterile Alpha Motif (SAM) domain from Tric1 from Arabidopsis thal... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ud0 | ||||||
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Title | Sterile Alpha Motif (SAM) domain from Tric1 from Arabidopsis thaliana - G241E mutant | ||||||
Components | Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Mitochondria / tRNA import / Tric1 / SAM domain / oligomerization / PRAT domain / sterile alpha motif domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA import into mitochondrion / protein targeting to chloroplast / chloroplast inner membrane / protein insertion into mitochondrial inner membrane / chloroplast envelope / plastid / protein transmembrane transporter activity / mitochondrion organization / chloroplast / : ...tRNA import into mitochondrion / protein targeting to chloroplast / chloroplast inner membrane / protein insertion into mitochondrial inner membrane / chloroplast envelope / plastid / protein transmembrane transporter activity / mitochondrion organization / chloroplast / : / mitochondrion / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Olasz, B. / Vrielink, A. / Smithers, L. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2024 Title: Structural analysis of the SAM domain of the Arabidopsis mitochondrial tRNA import receptor. Authors: Olasz, B. / Smithers, L. / Evans, G.L. / Anandan, A. / Murcha, M.W. / Vrielink, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ud0.cif.gz | 84.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ud0.ent.gz | 53 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ud0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ud0_validation.pdf.gz | 449.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ud0_full_validation.pdf.gz | 451.7 KB | Display | |
Data in XML | 8ud0_validation.xml.gz | 8.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8ud0_validation.cif.gz | 10.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8ud0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8ud0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ucyC 8uczC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The assembly may be hexameric; however, the authors do not know the specific hexameric assembly. |
-Components
#1: Protein | Mass: 10237.844 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SAM domain / Mutation: G241E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: HP30-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 / References: UniProt: Q9SCK3 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 / Details: 1.8-2.3 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris / PH range: 8.0-8.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953732 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953732 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→42.55 Å / Num. obs: 14037 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 30.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 18.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.96 Å / Redundancy: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 1355 / CC1/2: 0.0774 / Rpim(I) all: 0.42 / % possible all: 96.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89→42.55 Å / SU ML: 0.2322 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.538 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→42.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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