+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uch | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Thermophilic RNA Ligase from Palaeococcus pacificus K92A + ATP | ||||||
![]() | ATP dependent DNA ligase | ||||||
![]() | LIGASE / RNA ligase / thermophilic / Archaea / Rnl3 / nucleotidyl-transferase | ||||||
機能・相同性 | RNA ligase, Pab1020 family / RNA ligase Pab1020, C-terminal domain / Ligase Pab1020 C-terminal region / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ligase activity / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMIDINE / ATP dependent DNA ligase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rousseau, M.D. / Hicks, J.L. / Oulavallickal, T. / Williamson, A. / Arcus, V.L. / Patrick, M.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterisation and engineering of a thermophilic RNA ligase from Palaeococcus pacificus. 著者: Rousseau, M. / Oulavallickal, T. / Williamson, A. / Arcus, V. / Patrick, W.M. / Hicks, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 139.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46916.027 Da / 分子数: 1 / 変異: K92A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PAP_02190 / プラスミド: PET28b / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 224分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ATP / | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-SPD / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.69 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 80 mM strontium chloride hexahydrate, 20 mM magnesium chloride hexahydrate, 40 mM sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 12 mM spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953659 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→46.72 Å / Num. obs: 31266 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 21.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1088 / Net I/σ(I): 16.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.217→46.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.9675 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 3098 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→46.72 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 57.7905638155 Å / Origin y: 20.7023073719 Å / Origin z: 48.3891654255 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |