+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ucg | ||||||
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Title | Thermophilic RNA Ligase from Palaeococcus pacificus K92A | ||||||
Components | ATP dependent DNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / RNA ligase / thermophilic / Archaea / Rnl3 / nucleotidyl-transferase | ||||||
Function / homology | RNA ligase, Pab1020 family / RNA ligase Pab1020, C-terminal domain / Ligase Pab1020 C-terminal region / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ligase activity / ATP dependent DNA ligase Function and homology information | ||||||
Biological species | Palaeococcus pacificus DY20341 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.86 Å | ||||||
Authors | Rousseau, M.D. / Hicks, J.L. / Oulavallickal, T. / Williamson, A. / Arcus, V.L. / Patrick, M.W. | ||||||
Funding support | New Zealand, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2024 Title: Characterisation and engineering of a thermophilic RNA ligase from Palaeococcus pacificus. Authors: Rousseau, M. / Oulavallickal, T. / Williamson, A. / Arcus, V. / Patrick, W.M. / Hicks, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ucg.cif.gz | 409.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ucg.ent.gz | 277.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ucg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ucg_validation.pdf.gz | 4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ucg_full_validation.pdf.gz | 4 MB | Display | |
Data in XML | 8ucg_validation.xml.gz | 34.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8ucg_validation.cif.gz | 52.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/8ucg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/8ucg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8uceC 8ucfC 8uchC 8uciC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999969439243, -0.00673916327762, 0.0039628599706), (-0.00661035789565, 0.99947670365, 0.0316642073884), (-0.00417417648408, 0.0316370437835, -0.999490707166)Vector: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999969439243, -0.00673916327762, 0.0039628599706), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 46916.027 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K92A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Palaeococcus pacificus DY20341 (archaea) Gene: PAP_02190 / Plasmid: PET28b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A075LQ94, RNA ligase (ATP) #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 80 mM strontium chloride hexahydrate, 20 mM magnesium chloride hexahydrate, 40 mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 12 mM spermine tetrahydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953725 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953725 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→42.88 Å / Num. obs: 97092 / % possible obs: 99.88 % / Redundancy: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 18.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07396 / Net I/σ(I): 17.65 |
Reflection shell | Resolution: 1.86→1.926 Å / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8492 / Num. unique obs: 9589 / % possible all: 99.89 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.86→42.88 Å / SU ML: 0.2399 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / Phase error: 26.7072 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.86→42.88 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.642558598116 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 60.7315288469 Å / Origin y: 70.9662441211 Å / Origin z: 38.4491540426 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |