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- PDB-8uce: Thermophilic RNA Ligase from Palaeococcus pacificus + AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uce
タイトルThermophilic RNA Ligase from Palaeococcus pacificus + AMP
要素ATP dependent DNA ligase
キーワードLIGASE / RNA ligase / thermophilic / Archaea / Rnl3 / nucleotidyl-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA ligase, Pab1020 family / RNA ligase Pab1020, C-terminal domain / Ligase Pab1020 C-terminal region / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / ATP dependent DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Palaeococcus pacificus DY20341 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Rousseau, M.D. / Hicks, J.L. / Oulavallickal, T. / Williamson, A. / Arcus, V.L. / Patrick, M.W.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Ministry of Business, Innovation and Employment (New Zealand)RTVU1807 ニュージーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Characterisation and engineering of a thermophilic RNA ligase from Palaeococcus pacificus.
著者: Rousseau, M. / Oulavallickal, T. / Williamson, A. / Arcus, V. / Patrick, W.M. / Hicks, J.
履歴
登録2023年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP dependent DNA ligase
B: ATP dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,38515
ポリマ－93,9482
非ポリマー1,43613
水8,575476
1
A: ATP dependent DNA ligase
ヘテロ分子

B: ATP dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,38515
ポリマ－93,9482
非ポリマー1,43613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area7710 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.216, 98.799, 142.977
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 1 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 11 or (resid 12...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETLEULEUAA1 - 1522 - 36
d_12GLUGLUVALVALAA17 - 38038 - 401
d_13AMPAMPAMPAMPAC401
d_14GOLGOLGOLGOLAD402
d_15GOLGOLGOLGOLAE403
d_21METMETVALVALBB1 - 38022 - 401
d_22AMPAMPAMPAMPBK401
d_23GOLGOLGOLGOLBL402
d_24GOLGOLGOLGOLBM403

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999991519666, 0.00389927476123, 0.0013252364245), (-0.00389180409775, 0.999976781262, -0.00559381775697), (-0.00134701748658, 0.00558861275899, 0.999983476339) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999991519666, 0.00389927476123, 0.0013252364245), (-0.00389180409775, 0.999976781262, -0.00559381775697), (-0.00134701748658, 0.00558861275899, 0.999983476339)
ベクター: 40.3995719944, 49.6300839207, 4.07916800521)

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要素

#1: タンパク質 ATP dependent DNA ligase


分子量: 46974.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Palaeococcus pacificus DY20341 (古細菌)
遺伝子: PAP_02190 / プラスミド: PET28b / 詳細 (発現宿主): Kanamycin Resistance / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075LQ94
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 80 mM strontium chloride hexahydrate, 20 mM magnesium chloride hexahydrate, 40 mM sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 12 mM spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953725 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→42.93 Å / Num. obs: 65953 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 21.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1462 / Net I/σ(I): 14.53
反射 シェル解像度: 2.15→47.66 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / Num. unique obs: 6536 / % possible all: 84.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
Zanudav7.1データ削減
XDSv7.1データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→42.93 Å / SU ML: 0.2444 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.8067
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1838 3.02 %
Rwork0.1894 58956 -
obs0.1908 60794 92.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6005 0 90 476 6571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00786226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86018403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541915
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8207869
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.04297202408 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.180.32581250.27523994X-RAY DIFFRACTION82.25
2.18-2.240.27411300.244119X-RAY DIFFRACTION84.59
2.24-2.310.25071300.21464193X-RAY DIFFRACTION86.36
2.31-2.40.26761370.19894323X-RAY DIFFRACTION89.08
2.4-2.490.22311330.19514333X-RAY DIFFRACTION89.04
2.49-2.610.23831440.20224428X-RAY DIFFRACTION90.36
2.61-2.740.23871360.18814517X-RAY DIFFRACTION92.62
2.74-2.910.25071410.18654615X-RAY DIFFRACTION94.35
2.92-3.140.24671480.18214689X-RAY DIFFRACTION95.56
3.14-3.460.22571470.17754796X-RAY DIFFRACTION97.34
3.46-3.960.20541530.16164895X-RAY DIFFRACTION98.56
3.96-4.980.2081530.15414950X-RAY DIFFRACTION98.99
4.98-42.930.24731610.21395104X-RAY DIFFRACTION98.03
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.8217563143 Å / Origin y: 53.5810252049 Å / Origin z: 49.9829031715 Å
111213212223313233
T0.155848800852 Å20.0343145041804 Å2-0.0133685501449 Å2-0.202988768993 Å20.0329144740021 Å2--0.145682190505 Å2
L0.276146570857 °20.181651801632 °2-0.0203934592012 °2-0.219619791914 °20.027954806083 °2--0.144055952837 °2
S0.017112607087 Å °-0.00756477267769 Å °0.0433658948319 Å °0.021166345086 Å °-0.00376312270504 Å °0.0453646932067 Å °-0.0187652640197 Å °-0.0586562059818 Å °-0.0114061719457 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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