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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ucf | ||||||
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タイトル | Thermophilic RNA Ligase from Palaeococcus pacificus K238G | ||||||
![]() | ATP dependent DNA ligase | ||||||
![]() | LIGASE / RNA ligase / thermophilic / Archaea / Rnl3 / nucleotidyl-transferase | ||||||
機能・相同性 | RNA ligase, Pab1020 family / RNA ligase Pab1020, C-terminal domain / Ligase Pab1020 C-terminal region / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ligase activity / ATP dependent DNA ligase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rousseau, M.D. / Hicks, J.L. / Oulavallickal, T. / Williamson, A. / Arcus, V.L. / Patrick, M.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterisation and engineering of a thermophilic RNA ligase from Palaeococcus pacificus. 著者: Rousseau, M. / Oulavallickal, T. / Williamson, A. / Arcus, V. / Patrick, W.M. / Hicks, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46902.000 Da / 分子数: 1 / 変異: K238G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PAP_02190 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 80 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride hexahydrate, 40 mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 40% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→46.57 Å / Num. obs: 44026 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07396 / Net I/σ(I): 25.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.926 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06594 / Mean I/σ(I) obs: 4.73 / Num. unique obs: 9589 / % possible all: 99.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.9275051648 Å / Origin y: -27.8222783734 Å / Origin z: 21.7696544982 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |