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- PDB-8u7e: Structure of Sts-1 HP domain with rebamipide derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u7e
タイトルStructure of Sts-1 HP domain with rebamipide derivative
要素Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
キーワードHYDROLASE / Sts-1 / histidine phosphatase / inhibitor / UBASH3B / TULA-2 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / phosphoprotein binding ...regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / phosphoprotein binding / platelet aggregation / ubiquitin protein ligase binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UBASH3B, SH3 domain / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / UBA/TS-N domain / Variant SH3 domain / Ubiquitin associated domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily ...UBASH3B, SH3 domain / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / UBA/TS-N domain / Variant SH3 domain / Ubiquitin associated domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Aziz, F. / Dey, R. / French, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI141592 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Rebamipide and Derivatives are Potent, Selective Inhibitors of Histidine Phosphatase Activity of the Suppressor of T Cell Receptor Signaling Proteins.
著者: Aziz, F. / Reddy, K. / Fernandez Vega, V. / Dey, R. / Hicks, K.A. / Rao, S. / Jordan, L.O. / Smith, E. / Shumate, J. / Scampavia, L. / Carpino, N. / Spicer, T.P. / French, J.B.
履歴
登録2023年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
B: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
C: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
D: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
E: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
F: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,6809
ポリマ－192,5876
非ポリマー1,0933
水1,54986
1
A: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
F: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5603
ポリマ－64,1962
非ポリマー3641
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
2
B: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
E: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1962
ポリマ－64,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
3
C: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
ヘテロ分子

D: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9244
ポリマ－64,1962
非ポリマー7292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area2720 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.777, 122.701, 99.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B


分子量: 32097.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBASH3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TF42
#2: 化合物 ChemComp-VXE / N-(4-ethylbenzoyl)-3-(2-oxo-1,2-dihydroquinolin-4-yl)-L-alanine


分子量: 364.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes 10% Ethylene glycol 0.3 M magnesium chloride 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→122.7 Å / Num. obs: 52513 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.136 / Rrim(I) all: 0.221 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 126932
反射 シェル解像度: 2.63→2.71 Å / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Num. measured all: 11153 / Num. unique obs: 4513 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.639 / Rrim(I) all: 1.019 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W5G

5w5g


解像度: 2.63→92.26 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2983 2485 4.75 %0
Rwork0.2153 ---
obs0.2192 52358 95.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→92.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11216 0 81 86 11383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01511585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.72815846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7011636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.680.43941460.31882736X-RAY DIFFRACTION95
2.68-2.740.42031170.3162739X-RAY DIFFRACTION95
2.74-2.790.39381410.30092739X-RAY DIFFRACTION94
2.79-2.860.3681470.27892675X-RAY DIFFRACTION92
2.86-2.930.34231430.26752573X-RAY DIFFRACTION90
2.93-3.010.3991210.26022816X-RAY DIFFRACTION97
3.01-3.10.41841250.25852808X-RAY DIFFRACTION97
3.1-3.20.34431310.27092803X-RAY DIFFRACTION97
3.2-3.310.37641450.25582804X-RAY DIFFRACTION96
3.31-3.450.3241470.23412780X-RAY DIFFRACTION97
3.45-3.60.30461260.21442815X-RAY DIFFRACTION97
3.6-3.790.28521170.20082817X-RAY DIFFRACTION97
3.79-4.030.32751270.18822750X-RAY DIFFRACTION95
4.03-4.340.27061530.18762676X-RAY DIFFRACTION92
4.34-4.780.2471330.16372851X-RAY DIFFRACTION98
4.78-5.470.24691500.18462844X-RAY DIFFRACTION98
5.47-6.890.29621620.22192848X-RAY DIFFRACTION98
6.89-92.260.2311540.20012799X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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