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Yorodumi- PDB-8u70: Crystal structure of malaria transmission-blocking anti-Pfs48/45 ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8u70 | ||||||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of malaria transmission-blocking anti-Pfs48/45 antibody RUPA-58. | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Pfs48/45 / human transmission-blocking antibodies / Malaria | ||||||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.09 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Hailemariam, S. / Ivanochko, D. / Julien, J.P. | ||||||||||||||||||
| Funding support | Canada, United States, 5items
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Citation | Journal: Nat Struct Mol Biol / Year: 2025Title: Structural elucidation of full-length Pfs48/45 in complex with potent monoclonal antibodies isolated from a naturally exposed individual. Authors: Iga Kucharska / Danton Ivanochko / Sophia Hailemariam / Maartje R Inklaar / Hee Ryung Kim / Karina Teelen / Rianne Stoter / Marga van de Vegte-Bolmer / Geert-Jan van Gemert / Anthony Semesi ...Authors: Iga Kucharska / Danton Ivanochko / Sophia Hailemariam / Maartje R Inklaar / Hee Ryung Kim / Karina Teelen / Rianne Stoter / Marga van de Vegte-Bolmer / Geert-Jan van Gemert / Anthony Semesi / Brandon McLeod / Ahyoung Ki / Won-Kyu Lee / John L Rubinstein / Matthijs M Jore / Jean-Philippe Julien / ![]() Abstract: Biomedical interventions that block the transmission of Plasmodium falciparum (Pf) from humans to mosquitoes may be critical for malaria elimination. Pfs48/45, a gamete-surface protein essential for ...Biomedical interventions that block the transmission of Plasmodium falciparum (Pf) from humans to mosquitoes may be critical for malaria elimination. Pfs48/45, a gamete-surface protein essential for Pf development in the mosquito midgut, is a target of clinical-stage transmission-blocking vaccines and monoclonal antibodies (mAbs) that disrupt Pf transmission to mosquitoes. Antibodies directed to domain 3 of Pfs48/45 have been structurally and functionally described; however, in-depth information about other inhibitory epitopes on Pfs48/45 is currently limited. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of full-length Pfs48/45 in complex with potent human mAbs targeting all three domains. Our data indicate that although Pfs48/45 domains 1 and 2 are rigidly coupled, there is substantial conformational flexibility between domains 2 and 3. Characterization of mAbs against domain 1 revealed the presence of a conformational epitope class that is largely conserved across Pf field isolates and is associated with recognition by potent antibodies. Our study provides insights into epitopes across full-length Pfs48/45 and has implications for the design of next-generation malaria interventions. | ||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8u70.cif.gz | 991.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8u70.ent.gz | 833.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8u70.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8u70_validation.pdf.gz | 470.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8u70_full_validation.pdf.gz | 479.3 KB | Display | |
| Data in XML | 8u70_validation.xml.gz | 92.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 8u70_validation.cif.gz | 117.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u70 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 23470.133 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell (production host): epithelial / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) / Tissue (production host): embryonic kidney#2: Antibody | Mass: 24416.352 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell (production host): epithelial / Cell line (production host): 239F / Production host: Homo sapiens (human) / Tissue (production host): embryonic kidneyHas protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.04 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M sodium acetate, 30% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 20% ethylene glycol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.09→29.46 Å / Num. obs: 51007 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 51.7 Å2 / CC1/2: 0.957 / Rpim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 3.6 |
| Reflection shell | Resolution: 3.09→3.2 Å / Redundancy: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5024 / CC1/2: 0.336 / Rpim(I) all: 0.517 / % possible all: 99 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.09→29.46 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 28.66 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.09→29.46 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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Canada,
United States, 5items
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