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- EMDB-41822: Local refinement of Plasmodium falciparum gametocyte surface prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41822
タイトルLocal refinement of Plasmodium falciparum gametocyte surface protein Pfs48/45 Domains 1 and 2 in complex with neutralizing antibodies
マップデータLocal refinement of Plasmodium falciparum gametocyte surface protein Pfs48/45 Domains 1 and 2 in complex with neutralizing antibodies
試料
  • 複合体: complex of Pfs48/45, RUPA58 and RUPA154
    • タンパク質・ペプチド: RUPA154 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA154 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA58 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA58 Fab Heavy Chain
  • タンパク質・ペプチド: Gametocyte surface protein P45/48
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードtransmission blocking vaccine / antibody / malaria / CELL INVASION / CELL INVASION-Immune System complex
機能・相同性6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / side of membrane / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P45/48
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kucharska I / Hailemariam S / Ivanochko D / Rubinstein J / Julien JP
資金援助 カナダ, オランダ, 8件
OrganizationGrant number国
CIFAR Azrieli Global Scholars カナダ
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Canada Research Chairs カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
Ontario Research Fund カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Other governmentCanada Graduate Scholarships Doctoral Award カナダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)192.061 オランダ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural elucidation of full-length Pfs48/45 in complex with potent monoclonal antibodies isolated from a naturally exposed individual.
著者: Iga Kucharska / Danton Ivanochko / Sophia Hailemariam / Maartje R Inklaar / Hee Ryung Kim / Karina Teelen / Rianne Stoter / Marga van de Vegte-Bolmer / Geert-Jan van Gemert / Anthony Semesi / ...著者: Iga Kucharska / Danton Ivanochko / Sophia Hailemariam / Maartje R Inklaar / Hee Ryung Kim / Karina Teelen / Rianne Stoter / Marga van de Vegte-Bolmer / Geert-Jan van Gemert / Anthony Semesi / Brandon McLeod / Ahyoung Ki / Won-Kyu Lee / John L Rubinstein / Matthijs M Jore / Jean-Philippe Julien /
要旨: Biomedical interventions that block the transmission of Plasmodium falciparum (Pf) from humans to mosquitoes may be critical for malaria elimination. Pfs48/45, a gamete-surface protein essential for ...Biomedical interventions that block the transmission of Plasmodium falciparum (Pf) from humans to mosquitoes may be critical for malaria elimination. Pfs48/45, a gamete-surface protein essential for Pf development in the mosquito midgut, is a target of clinical-stage transmission-blocking vaccines and monoclonal antibodies (mAbs) that disrupt Pf transmission to mosquitoes. Antibodies directed to domain 3 of Pfs48/45 have been structurally and functionally described; however, in-depth information about other inhibitory epitopes on Pfs48/45 is currently limited. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of full-length Pfs48/45 in complex with potent human mAbs targeting all three domains. Our data indicate that although Pfs48/45 domains 1 and 2 are rigidly coupled, there is substantial conformational flexibility between domains 2 and 3. Characterization of mAbs against domain 1 revealed the presence of a conformational epitope class that is largely conserved across Pf field isolates and is associated with recognition by potent antibodies. Our study provides insights into epitopes across full-length Pfs48/45 and has implications for the design of next-generation malaria interventions.
履歴
登録2023年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41822.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement of Plasmodium falciparum gametocyte surface protein Pfs48/45 Domains 1 and 2 in complex with neutralizing antibodies
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 360 pix.
= 370.8 Å		1.03 Å/pix.
x 360 pix.
= 370.8 Å		1.03 Å/pix.
x 360 pix.
= 370.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-0.06591939 - 16.485064999999999
平均 (標準偏差)0.0050837435 (±0.20492706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 370.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_41822_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_41822_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of Pfs48/45, RUPA58 and RUPA154

全体名称: complex of Pfs48/45, RUPA58 and RUPA154
要素
  • 複合体: complex of Pfs48/45, RUPA58 and RUPA154
    • タンパク質・ペプチド: RUPA154 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA154 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA58 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA58 Fab Heavy Chain
  • タンパク質・ペプチド: Gametocyte surface protein P45/48
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: complex of Pfs48/45, RUPA58 and RUPA154

超分子名称: complex of Pfs48/45, RUPA58 and RUPA154 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#5
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

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分子 #1: Gametocyte surface protein P45/48

分子名称: Gametocyte surface protein P45/48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 46.250371 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NNDFCKPSSL NSEISGFIGY KCNFSNEGVH NLKPDMRERR SIFCTIHSYF IYDKIRLIIP KKSSSPEFKI LPEKCFQKVY TDYENRVET DISELGLIEY EIEENDTNPN YNERTITISP FSPKDIEFFC FCDNTEKVIS SIEGRSAMVH VRVLKYPHNI L FTNLTNDL ...文字列:
NNDFCKPSSL NSEISGFIGY KCNFSNEGVH NLKPDMRERR SIFCTIHSYF IYDKIRLIIP KKSSSPEFKI LPEKCFQKVY TDYENRVET DISELGLIEY EIEENDTNPN YNERTITISP FSPKDIEFFC FCDNTEKVIS SIEGRSAMVH VRVLKYPHNI L FTNLTNDL FTYLPKTYNE SNFVSNVLEV ELNDGELFVL ACELINKKCF QEGKEKALYK SNKIIYHKNL TIFKAPFYVT SK DVNTECT CKFKNNNYKI VLKPKYEKKV IHGCNFSSNV SSKYTFTDSL DISLVDDSAH ISCNVHLSEP KYNHLVGLNC PGD IIPDCF FQVYQPEREE LEPSNIVYLS SQINIGDIEY YEDAEGDDKI KLFLIVGSVP KTTSFTCICK KDKKSAYMTV TIDS A

UniProtKB: Gametocyte surface protein P45/48

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分子 #2: RUPA154 Fab Heavy Chain

分子名称: RUPA154 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.241197 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VRKPGASVKV SCRTSGYTFT DYYMHWVRQA PGEGLEWMGS INPKSGGTSY AERFQGRVTM TMETSVSTAY LDLSSLRSD DTAVYYCARL LYSRAVYYYG MDVWGQGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLVQSGAE VRKPGASVKV SCRTSGYTFT DYYMHWVRQA PGEGLEWMGS INPKSGGTSY AERFQGRVTM TMETSVSTAY LDLSSLRSD DTAVYYCARL LYSRAVYYYG MDVWGQGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC

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分子 #3: RUPA154 Fab Light Chain

分子名称: RUPA154 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.898381 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YELTQPPSVS VAPGKTARIT CGGKDLGSKS VHWYQQKPGQ APVLVIYYDN IRPSGIPERF SGSNSGNTAT LTISRVEAGD EADYYCQVW DSSSDHYVFG RGAKVTVLGQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADSSPVKAG V ETTTPSKQ ...文字列:
YELTQPPSVS VAPGKTARIT CGGKDLGSKS VHWYQQKPGQ APVLVIYYDN IRPSGIPERF SGSNSGNTAT LTISRVEAGD EADYYCQVW DSSSDHYVFG RGAKVTVLGQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADSSPVKAG V ETTTPSKQ SNNKYAASSY LSLTPEQWKS HRSYSCQVTH EGSTVEKTVA PTECS

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分子 #4: RUPA58 Fab Light Chain

分子名称: RUPA58 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.355043 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQIIST YLNWYQHKPG KAPKLLIKSA STLQSGVPSR FSGSGSGTDF TLTITSLQPE DFATFYCQQ SYRDPITFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQIIST YLNWYQHKPG KAPKLLIKSA STLQSGVPSR FSGSGSGTDF TLTITSLQPE DFATFYCQQ SYRDPITFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #5: RUPA58 Fab Heavy Chain

分子名称: RUPA58 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.416352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGPE AKKPGASVKV SCQASGYPFS GYYMHWLRQA PGQGLEWMGW MNPNSGGTKY AQRFQGRVTM TRDTSISTAH MELRGLRSD DTAVYYCARD YCTGSSCYRT DYDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
QVQLVQSGPE AKKPGASVKV SCQASGYPFS GYYMHWLRQA PGQGLEWMGW MNPNSGGTKY AQRFQGRVTM TRDTSISTAH MELRGLRSD DTAVYYCARD YCTGSSCYRT DYDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSC

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diolTris-buffered saline
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: sample was frozen with Leica Automatic Plunge Freezer EM GP2.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 7744 / 平均露光時間: 8.83 sec. / 平均電子線量: 48.69 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6424191
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
詳細: Local refinement was performed with a mask including domains D1 and D2 of Pfs48/45 and variable regions of RUPA-58 and RUPA-154 Fabs
使用した粒子像数: 306744
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7zxg

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8u70

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8u70

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8u1p:
Local refinement of Plasmodium falciparum gametocyte surface protein Pfs48/45 Domains 1 and 2 in complex with neutralizing antibodies

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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