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- PDB-8u37: Crystal structure of the catalytic domain of human PKC alpha (D46... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u37
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human PKC alpha (D463N, V568I, S657E) in complex with NVP-CJL037 at 2.48-A resolution
要素Protein kinase C alpha type
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / positive regulation of angiotensin-activated signaling pathway / desmosome assembly / positive regulation of dense core granule biogenesis / histone H3T6 kinase activity / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / positive regulation of angiotensin-activated signaling pathway / desmosome assembly / positive regulation of dense core granule biogenesis / histone H3T6 kinase activity / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Acetylcholine regulates insulin secretion / ROBO receptors bind AKAP5 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / protein kinase C / negative regulation of glial cell apoptotic process / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / mitotic nuclear membrane disassembly / regulation of platelet aggregation / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / Calmodulin induced events / Syndecan interactions / Regulation of KIT signaling / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of cell adhesion / RET signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of bone resorption / positive regulation of endothelial cell proliferation / regulation of mRNA stability / EGFR Transactivation by Gastrin / response to interleukin-1 / SHC1 events in ERBB2 signaling / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of mitotic cell cycle / post-translational protein modification / ciliary basal body / VEGFR2 mediated cell proliferation / ミトコンドリア / apoptotic signaling pathway / peptidyl-threonine phosphorylation / Signaling by SCF-KIT / G alpha (z) signalling events / positive regulation of angiogenesis / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / integrin binding / Ca2+ pathway / peptidyl-serine phosphorylation / 血管新生 / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / 小胞体 / ミトコンドリア / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Classical Protein Kinase C alpha, catalytic domain / Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Classical Protein Kinase C alpha, catalytic domain / Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2ドメイン / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V5U / Protein kinase C alpha type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Romanowski, M.J. / Lam, J. / Visser, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of Darovasertib (NVP-LXS196), a Pan-PKC Inhibitor for the Treatment of Metastatic Uveal Melanoma.
著者: Visser, M. / Papillon, J.P.N. / Luzzio, M. / LaMarche, M.J. / Fan, J. / Michael, W. / Wang, D. / Zhang, A. / Straub, C. / Mathieu, S. / Kato, M. / Palermo, M. / Chen, C. / Ramsey, T. / Joud, ...著者: Visser, M. / Papillon, J.P.N. / Luzzio, M. / LaMarche, M.J. / Fan, J. / Michael, W. / Wang, D. / Zhang, A. / Straub, C. / Mathieu, S. / Kato, M. / Palermo, M. / Chen, C. / Ramsey, T. / Joud, C. / Barrett, R. / Vattay, A. / Guo, R. / Bric, A. / Chung, F. / Liang, G. / Romanowski, M.J. / Lam, J. / Thohan, S. / Atassi, F. / Wylie, A. / Cooke, V.G.
履歴
登録2023年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C alpha type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2103
ポリマ－40,6811
非ポリマー5292
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.851, 44.410, 84.789
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C alpha type / PKC-A / PKC-alpha


分子量: 40681.414 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 320-672 / 変異: D463N, V568I, S657E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKCA, PKCA, PRKACA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17252, protein kinase C
#2: 化合物 ChemComp-V5U / (6M)-3-amino-N-{4-[(3R,4S)-4-amino-3-methoxypiperidin-1-yl]pyridin-3-yl}-6-[3-(trifluoromethoxy)pyridin-2-yl]pyrazine-2-carboxamide


分子量: 504.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23F3N8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 18% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→52.4 Å / Num. obs: 13022 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 57.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.48→2.62 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 632 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IW4

3iw4


解像度: 2.48→38.66 Å / SU ML: 0.3976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.3882
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 633 4.88 %
Rwork0.2177 12334 -
obs0.2197 12967 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 37 7 2636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00772725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41153690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0749387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0124474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3984360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.670.4371400.35962423X-RAY DIFFRACTION97.9
2.67-2.940.42671170.32252472X-RAY DIFFRACTION98.55
2.94-3.370.34121330.27082424X-RAY DIFFRACTION98.57
3.37-4.240.20971250.20192485X-RAY DIFFRACTION98.6
4.24-38.660.20761180.17442530X-RAY DIFFRACTION97.75
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.1208186709 Å / Origin y: -0.501735404402 Å / Origin z: 16.4102424511 Å
111213212223313233
T0.481563701162 Å2-0.0287485644631 Å2-0.00602833803717 Å2-0.450903016907 Å20.0203660198482 Å2--0.443671869015 Å2
L0.454283390679 °20.481428272173 °2-0.212438659274 °2-1.60998899491 °2-0.508412707694 °2--1.47359686243 °2
S-0.0501364819541 Å °-0.094150206624 Å °0.0535188932953 Å °0.376115106152 Å °-0.0273064696291 Å °0.0437405713583 Å °-0.112836079716 Å °0.0387218661636 Å °-0.000255149034118 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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