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- PDB-8u2m: Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 in Complex wit... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u2m

タイトル

Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 in Complex with Biarylitide

要素

Cytochrome P450-SU1
MET-ARG-TYR-LEU-HIS

キーワード

OXIDOREDUCTASE / complex / biarylitide / crosslink

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora sp. MW-13 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Hansen, M.H. / Cryle, M.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into a Side Chain Cross-Linking Biarylitide P450 from RiPP Biosynthesis
著者: Hansen, M.H. / Keto, A. / Treisman, M. / Sasi, V.M. / Coe, L. / Zhao, Y. / Padva, L. / Hess, C. / Leichthammer, V. / Machell, D.L. / Schittenhelm, R.B. / Jackson, C.J. / Tailhades, J. / ...

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u2m.cif.gz	812.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u2m.ent.gz	563.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u2m_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u2m_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8u2m_validation.xml.gz	48.7 KB	表示
CIF形式データ	8u2m_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8u3nC 8ukzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Cytochrome P450-SU1

B: Cytochrome P450-SU1

C: Cytochrome P450-SU1

D: MET-ARG-TYR-LEU-HIS

ヘテロ分子

140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Cytochrome P450-SU1

D: MET-ARG-TYR-LEU-HIS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

B: Cytochrome P450-SU1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

C: Cytochrome P450-SU1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.674, 95.607, 105.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 14 through 29 or resid 31...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 14 through 29 or resid 31...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 14 through 29 or resid 31...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	TYR	TYR	TYR	TYR	A	A	14 - 29	35 - 50
d_1	2	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	31 - 32	52 - 53
d_1	3	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	34 - 38	55 - 59
d_1	4	TRP	TRP	CYS	CYS	A	A	40 - 55	61 - 76
d_1	5	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	57 - 83	78 - 104
d_1	6	SER	SER	VAL	VAL	A	A	85 - 110	106 - 131
d_1	7	GLN	GLN	ALA	ALA	A	A	112 - 123	133 - 144
d_1	8	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	125 - 127	146 - 148
d_1	9	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	129 - 169	150 - 190
d_1	10	SER	SER	GLU	GLU	A	A	171 - 204	192 - 225
d_1	11	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	206 - 217	227 - 238
d_1	12	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	220 - 252	241 - 273
d_1	13	HIS	HIS	THR	THR	A	A	254 - 263	275 - 284
d_1	14	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	265 - 289	286 - 310
d_1	15	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	291 - 299	312 - 320
d_1	16	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	301 - 329	322 - 350
d_1	17	ARG	ARG	GLY	GLY	A	A	331 - 338	352 - 359
d_1	18	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	340 - 354	361 - 375
d_1	19	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	356 - 366	377 - 387
d_1	20	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	368 - 392	389 - 413
d_2	1	TYR	TYR	TYR	TYR	B	B	14 - 29	35 - 50
d_2	2	LYS	LYS	LEU	LEU	B	B	31 - 32	52 - 53
d_2	3	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	34 - 38	55 - 59
d_2	4	TRP	TRP	CYS	CYS	B	B	40 - 55	61 - 76
d_2	5	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	57 - 83	78 - 104
d_2	6	SER	SER	VAL	VAL	B	B	85 - 110	106 - 131
d_2	7	GLN	GLN	ALA	ALA	B	B	112 - 123	133 - 144
d_2	8	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	125 - 127	146 - 148
d_2	9	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	129 - 169	150 - 190
d_2	10	SER	SER	GLU	GLU	B	B	171 - 204	192 - 225
d_2	11	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	206 - 217	227 - 238
d_2	12	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	220 - 252	241 - 273
d_2	13	HIS	HIS	THR	THR	B	B	254 - 263	275 - 284
d_2	14	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	265 - 289	286 - 310
d_2	15	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	291 - 299	312 - 320
d_2	16	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	301 - 329	322 - 350
d_2	17	ARG	ARG	GLY	GLY	B	B	331 - 338	352 - 359
d_2	18	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	340 - 354	361 - 375
d_2	19	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	356 - 366	377 - 387
d_2	20	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	368 - 392	389 - 413
d_3	1	TYR	TYR	TYR	TYR	C	C	14 - 29	35 - 50
d_3	2	LYS	LYS	LEU	LEU	C	C	31 - 32	52 - 53
d_3	3	GLU	GLU	VAL	VAL	C	C	34 - 38	55 - 59
d_3	4	TRP	TRP	CYS	CYS	C	C	40 - 55	61 - 76
d_3	5	GLN	GLN	VAL	VAL	C	C	57 - 83	78 - 104
d_3	6	SER	SER	VAL	VAL	C	C	85 - 110	106 - 131
d_3	7	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	112 - 123	133 - 144
d_3	8	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	125 - 127	146 - 148
d_3	9	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	129 - 169	150 - 190
d_3	10	SER	SER	GLU	GLU	C	C	171 - 204	192 - 225
d_3	11	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	206 - 217	227 - 238
d_3	12	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	220 - 252	241 - 273
d_3	13	HIS	HIS	THR	THR	C	C	254 - 263	275 - 284
d_3	14	ASP	ASP	VAL	VAL	C	C	265 - 289	286 - 310
d_3	15	ASP	ASP	VAL	VAL	C	C	291 - 299	312 - 320
d_3	16	ARG	ARG	ARG	ARG	C	C	301 - 329	322 - 350
d_3	17	ARG	ARG	GLY	GLY	C	C	331 - 338	352 - 359
d_3	18	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	340 - 354	361 - 375
d_3	19	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	356 - 366	377 - 387
d_3	20	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	368 - 392	389 - 413

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.555760237336, -0.823384630975, 0.114753248627), (-0.828354215268, -0.560154948945, -0.00746506665816), (0.0704262212815, -0.0909075499981, -0.993365977226)	-15.0774675591, -8.01822073082, 35.2188722722
2	given	(0.46758253686, 0.883411740967, 0.030826403386), (0.883094671482, -0.468379502989, 0.0276485511408), (0.0388635101954, 0.0142946528882, -0.999142277393)	-43.6726062622, -37.307335455, 69.3006840333

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Cytochrome P450-SU1 分子量: 45332.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora sp. MW-13 (バクテリア) 遺伝子: C5N14_21030 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E2YLT4
#2: タンパク質・ペプチド	MET-ARG-TYR-LEU-HIS 分子量: 720.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 8種, 644分子

#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₄
#8: 化合物	ChemComp-MRY / MESO-ERYTHRITOL / エリスリト-ル分子量: 122.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₄
#9: 化合物	ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸分子量: 114.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HF₃O₂
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG400 and 14% PEG 20K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→47.8 Å / Num. obs: 114351 / % possible obs: 99.07 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.66 Å² / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07208 / R_pim(I) all: 0.07208 / Net I/σ(I): 4.96
反射シェル	解像度: 1.79→1.854 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 11205 / CC_1/2: 0.335 / CC star: 0.708 / % possible all: 97.08

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→47.8 Å / SU ML: 0.2692 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4875
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	5631	4.93 %
R_work	0.1986	108662	-
obs	0.2001	114293	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→47.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8747	0	218	623	9588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	9233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6776	12630
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0426	1394
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1685
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2768	3374

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.684975121374
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.549922843792

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.81	0.3515	162	0.3198	3319	X-RAY DIFFRACTION	89.44
1.81-1.83	0.3335	165	0.2977	3614	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.83-1.85	0.3312	179	0.2873	3627	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.85-1.88	0.3369	174	0.2892	3655	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.88-1.9	0.3051	187	0.2743	3608	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.9-1.93	0.3104	199	0.2752	3680	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.93-1.96	0.3379	177	0.2837	3582	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.96-1.98	0.2989	203	0.2686	3603	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.98-2.02	0.3187	196	0.2758	3574	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.02-2.05	0.3008	201	0.2777	3608	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.05-2.08	0.3362	190	0.2784	3566	X-RAY DIFFRACTION	97.81
2.08-2.12	0.2787	162	0.2854	3566	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.12-2.16	0.3323	183	0.2735	3596	X-RAY DIFFRACTION	98.69
2.16-2.21	0.2986	194	0.2821	3596	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.21-2.25	0.3195	189	0.2598	3583	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.25-2.31	0.2745	193	0.2382	3642	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.31-2.36	0.2597	167	0.2283	3666	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.36-2.43	0.254	171	0.2236	3626	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.43-2.5	0.2439	214	0.209	3621	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.5-2.58	0.2392	200	0.1923	3648	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.58-2.67	0.2169	215	0.1728	3631	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.67-2.78	0.2333	192	0.1813	3660	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.78-2.91	0.206	203	0.1713	3653	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.91-3.06	0.2118	195	0.1738	3617	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.06-3.25	0.1878	162	0.1763	3709	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.25-3.5	0.1921	176	0.1606	3632	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.5-3.85	0.1571	197	0.1474	3704	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.86-4.41	0.176	196	0.1383	3662	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.41-5.56	0.1664	187	0.1545	3676	X-RAY DIFFRACTION	99.64
5.56-47.8	0.2142	202	0.1917	3738	X-RAY DIFFRACTION	99.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ

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42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN C AND RESID 29:36 )	C	29 - 36
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47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN C AND RESID 104:129 )	C	104 - 129
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN C AND RESID 130:162 )	C	130 - 162
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN C AND RESID 163:182 )	C	163 - 182
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN C AND RESID 183:197 )	C	183 - 197
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN C AND RESID 198:219 )	C	198 - 219
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN C AND RESID 220:252 )	C	220 - 252
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN C AND RESID 253:266 )	C	253 - 266
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN C AND RESID 267:300 )	C	267 - 300
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN C AND RESID 301:329 )	C	301 - 329
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN C AND RESID 330:335 )	C	330 - 335
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN C AND RESID 336:363 )	C	336 - 363
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN C AND RESID 364:368 )	C	364 - 368
59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN C AND RESID 369:390 )	C	369 - 390
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN C AND RESID 391:393 )	C	391 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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