[日本語] English
万見
- PDB-8u3n: Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u3n
タイトルStructure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13
要素Cytochrome P450-SU1
キーワードOXIDOREDUCTASE / biarylitide / crosslink
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / THIOCYANATE ION / Cytochrome P450-SU1
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora sp. MW-13 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hansen, M.H. / Cryle, M.J. / Zhao, Y.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP190101272 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP210101752 オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into a Side Chain Cross-Linking Biarylitide P450 from RiPP Biosynthesis
著者: Hansen, M.H. / Keto, A. / Treisman, M. / Sasi, V.M. / Coe, L. / Zhao, Y. / Padva, L. / Hess, C. / Leichthammer, V. / Machell, D.L. / Schittenhelm, R.B. / Jackson, C.J. / Tailhades, J. / ...著者: Hansen, M.H. / Keto, A. / Treisman, M. / Sasi, V.M. / Coe, L. / Zhao, Y. / Padva, L. / Hess, C. / Leichthammer, V. / Machell, D.L. / Schittenhelm, R.B. / Jackson, C.J. / Tailhades, J. / Crusemann, M. / De Voss, J.J. / Krenske, E.H. / Cryle, M.J.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450-SU1
B: Cytochrome P450-SU1
C: Cytochrome P450-SU1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,44914
ポリマ－135,8263
非ポリマー2,62311
水6,287349
1
A: Cytochrome P450-SU1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1114
ポリマ－45,2751
非ポリマー8363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450-SU1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2276
ポリマ－45,2751
非ポリマー9525
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450-SU1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1114
ポリマ－45,2751
非ポリマー8363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.078, 95.748, 105.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
d_1ens_1(chain "A" and (resid 14 through 32 or resid 34...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 14 through 32 or resid 34...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 14 through 32 or resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11TYRTYRLEULEUAA14 - 3235 - 53
d_12GLUGLUARGARGAA34 - 9555 - 116
d_13LEULEUGLYGLYAA97 - 127118 - 148
d_14PROPROGLNGLNAA129 - 163150 - 184
d_15SERSERVALVALAA165 - 169186 - 190
d_16SERSERALAALAAA171 - 215192 - 236
d_17HISHISASPASPAA254 - 267275 - 288
d_18ALAALAVALVALAA269 - 294290 - 315
d_19GLNGLNGLYGLYAA297 - 338318 - 359
d_110GLYGLYLEULEUAA340 - 366361 - 387
d_111LEULEUARGARGAA368 - 393389 - 414
d_112HEMHEMHEMHEMAD401
d_21TYRTYRLEULEUBB14 - 3235 - 53
d_22GLUGLUARGARGBB34 - 9555 - 116
d_23LEULEUGLYGLYBB97 - 127118 - 148
d_24PROPROGLNGLNBB129 - 163150 - 184
d_25SERSERVALVALBB165 - 169186 - 190
d_26SERSERALAALABB171 - 215192 - 236
d_27HISHISASPASPBB254 - 267275 - 288
d_28ALAALAVALVALBB269 - 294290 - 315
d_29GLNGLNGLYGLYBB297 - 338318 - 359
d_210GLYGLYLEULEUBB340 - 366361 - 387
d_211LEULEUARGARGBB368 - 393389 - 414
d_212HEMHEMHEMHEMBG401
d_31TYRTYRLEULEUCC14 - 3235 - 53
d_32GLUGLUARGARGCC34 - 9555 - 116
d_33LEULEUGLYGLYCC97 - 127118 - 148
d_34PROPROGLNGLNCC129 - 163150 - 184
d_35SERSERVALVALCC165 - 169186 - 190
d_36SERSERALAALACC171 - 215192 - 236
d_37HISHISASPASPCC254 - 267275 - 288
d_38ALAALAGLYGLYCC269 - 338290 - 359
d_39GLYGLYLEULEUCC340 - 366361 - 387
d_310LEULEUARGARGCC368 - 393389 - 414
d_311HEMHEMHEMHEMCL401

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.524318461955, -0.839114474557, 0.144834557483), (-0.84533132249, -0.533394938752, -0.0300798026922), (0.102494417749, -0.106661792136, -0.9889985624)-50.0648474065, -85.2518398806, -70.3345993397
2given(-0.449860496459, -0.893085315345, -0.00491459465848), (0.890676703228, -0.449038659313, 0.0711287056625), (-0.0657308455232, 0.0276206798737, 0.997455038581)-94.4647065985, -11.1408267315, 34.8106838165

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Cytochrome P450-SU1


分子量: 45275.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora sp. MW-13 (バクテリア)
遺伝子: C5N14_21030 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E2YLT4
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 357分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 7, 22% PEG3350, 0.05 KSCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.87 Å / Num. obs: 65730 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 34.21 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0615 / Net I/σ(I): 5.63
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / Rmerge(I) obs: 0.3549 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 6446 / CC1/2: 0.662 / CC star: 0.893

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→47.87 Å / SU ML: 0.2832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4827
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 1994 3.03 %
Rwork0.1938 63709 -
obs0.1951 65703 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8645 0 174 349 9168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00929081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.083812436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07011393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.21373311
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.731876982792
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.640198996749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.3141250.27594013X-RAY DIFFRACTION88.02
2.2-2.260.30351410.25744600X-RAY DIFFRACTION99.96
2.26-2.320.27631470.25024531X-RAY DIFFRACTION99.94
2.32-2.40.28831420.24224566X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.490.2911420.24034579X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.580.28781520.22614595X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.70.27381330.21454575X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.840.28591550.21754576X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.020.24361360.21924581X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.260.23651430.20784583X-RAY DIFFRACTION99.94
3.26-3.580.24881420.18424606X-RAY DIFFRACTION99.77
3.58-4.10.19191480.16254589X-RAY DIFFRACTION99.89
4.1-5.170.18041430.14924627X-RAY DIFFRACTION99.9
5.17-47.870.21661450.17184688X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.32004304877-0.788911188257-2.724323622138.58980287832-0.4766319321222.85625545554-0.0819380026112-0.3806860132920.245119116040.9979684287740.302166477556-0.0512513251870.04490049725620.957913011865-0.1174410597720.352466651372-0.0176642723626-0.05857784769680.505973376354-0.09198179805530.249008836108-11.6320300026-17.7017849717-19.83747152
24.62641396815-5.56537279007-5.916459105117.660896093055.700931706019.633246135450.7611949066640.2304278414640.0473061943585-0.1502789509790.424319057217-0.9701551446440.03109172253742.68558549789-0.9916109827660.4994486306340.12812875369-0.0967378243520.979186496546-0.1553855414820.402487894067-7.85683051603-22.5501748075-28.0030828489
33.380549698361.50934820235-0.9716440896682.319842747051.035450608865.74477054290.458834011296-0.275314479018-0.03669532953310.668828712142-0.0396131275827-0.2987999334960.6920207193681.51618650818-0.4526337635370.482350178640.222069948896-0.09741931239720.787790285151-0.19805551850.440772749178-9.39214630896-32.1866786494-24.5719737154
45.04565149269-0.120271839747-0.479701064062.90342493246-0.6148033286160.210873299146-0.0102966347994-0.452532191769-0.3417633203990.0978132925020.222161083620.2464341077411.033371518180.538511269142-0.1202015216670.8702394357640.170939183341-0.1430471386180.3525802468940.001692709183790.359508418178-26.5889162244-41.6704848102-22.0142924031
58.87396317118-5.42058461214-1.1860009353.67199234526-0.3585710501273.470775468970.630291500983-0.336292308395-1.148500830431.44203177173-0.9927985151120.223322906380.9520727786710.4619595166380.4676995970610.745978939041-0.0482700898177-0.1688637151750.3420455661890.0613326553930.553835932904-36.9524250537-40.7114353121-27.6752244953
62.663490317921.06256468241.540722361159.534721993230.5388999220623.78679916194-0.0634311222425-0.1174856376980.228622078720.226782704292-0.2200045174660.736465864114-0.0152833438307-0.2168967238120.2752397431230.218251482401-0.006776223795640.01324122603150.270022447386-0.05841852747990.416844803356-43.7476334278-17.5801005442-31.0168428782
79.15127805968-4.389413778852.013950485127.24027125098-3.399761852442.84037323379-0.350739347468-0.2287800362930.6387526090260.3829632954850.2603044233491.12967221702-1.29909878677-0.06380471970.0705887231570.528766690993-0.00233994959493-0.04035101010730.377813887594-0.1118638019480.518067433255-32.1019322810.572572818181-20.823554588
85.980093755871.91236041906-0.02793218867853.87824383606-2.244690322845.99843950944-0.0129472618454-0.4675516507480.649791319510.47070551511-0.1780945644150.629685641234-0.449662824734-0.1143763995810.1591143323860.2953018516640.04247301363810.02374176799480.242451332547-0.1198667658550.381288061009-40.6819948237-15.3083177276-22.512768461
96.1587515762-3.095092240824.175824291426.82236202633-2.694880814998.33161390318-0.380537840924-1.034261310750.379664669171.433525273050.2387390341790.444862506703-0.388071768774-0.5573549216290.1580219859370.4765948564130.01057421569140.09402681808270.426264841894-0.05936755901670.295662899872-35.3768415252-18.1400214784-12.3141005318
108.51860290091-4.794753086432.89730633314.240720196830.3138396550693.40788161647-0.429525993965-1.108667837840.230258948596-0.3713006396470.610879088825-0.1647928051890.309415861363-0.705664850829-0.2152814175860.5463662094650.0222085399475-0.0446750299520.489160314066-0.02204057259320.373408930692-22.1142826604-25.2149136975-9.4285007109
114.02592335737-0.5343272231736.085576373849.64244730948-3.259805925369.84887050580.123770590452-1.14787072980.4990897723370.8607903687290.200843882783-0.304612553385-1.09401599994-1.08557690546-0.285791999520.650473919840.004375401361260.0564113914610.585488937493-0.06322392839410.338052317355-35.338934918-27.3531347877-8.54776861489
126.206018846411.40168727815-2.624182390894.055521509080.8861546628581.693276942190.272317792641-0.4851634631910.537782244470.0601060626420.01785570954630.612166024568-0.0922634372898-1.3323188092-0.2125328093360.423900042626-0.07039503966930.3006656020110.8140829370490.0975259803950.671643750584-49.5711985403-27.0536204506-16.6980819629
134.109378938812.65078682694-0.4328565365636.47279239421-1.724002009244.27617254648-0.065209876392-0.191215311473-0.2641053449560.258656356152-0.0912902520669-0.01742222488410.17113226828-0.4260550967580.1847683313370.2357771159770.004245519420780.0637749611110.249050576561-0.04419217643340.252315456936-37.4131116003-25.2676966298-22.9698577241
142.858166395540.7106552804773.23177209122.958957055953.715902122526.93531421909-0.107700436794-0.0425773810983-0.386692121101-0.123474177859-0.00984550528868-0.185608392736-0.490290442747-0.3240267652910.1497070078950.649173290047-0.1642252912190.07518647046410.4225861637750.03054725623920.515228466569-26.9259040514-6.1628169592-39.3262016172
152.18389359713-0.7577287597630.6189911380543.82379109701-0.5609439052922.591956415560.1640422365660.190549656964-0.1835186374480.1800918800860.139166496889-0.2374890242160.4106576728330.932640280364-0.203301520580.3381549387530.0828400477076-0.08360358781090.46523512745-0.07099018163140.244271247097-17.720115927-27.5237320091-31.8837971305
164.21297438564.59605067098-5.514618355165.27940641938-6.586485587558.396522049440.1056450715730.1691503233120.738517089168-0.7533687372710.3192032971240.2346133712490.5472031747890.129729947469-0.4664454966960.423783876115-0.01785681969540.02888548606490.318108466483-0.01140631665290.409470050233-22.1807973265-23.7293840763-41.4757545954
174.89126256553-4.12165567791.841761899119.17333208763-1.058020888494.460372621420.04020643561270.279936310547-0.0739204447-0.675791030025-0.1581511299470.290085107450.06752404367150.4186567200630.1265139073060.21753491808-0.0214488444664-0.009396668914160.249807301192-0.02925969376370.197887132722-33.0378994008-20.1285394452-33.8921608853
186.687937354446.503554567232.809879765988.23396626612.151711379132.254866726550.1066973499320.7639803541191.53131069194-0.752711195206-0.9264526674731.33713733545-0.4684682123921.000195945280.6954601985580.809736565206-0.0429764747852-0.3382426505060.425052565160.03460267885780.746736227158-33.72174068812.91877797892-33.446243122
191.19329670619-1.15173246329-0.1062023524312.45406483377-1.575313246282.128839433220.0439511379569-0.1180093196930.1712364065690.1459896164330.1054584442830.210500306025-0.1034791091270.305247844366-0.1073769103790.277496224933-0.00972686320738-0.04764094136980.343797808909-0.07339906221510.35776525943-21.9473877206-11.0173026181-20.3087407965
204.78102247277-4.002982563274.277324457053.33936605557-3.569445764673.8338346-0.8135993917770.007124106415261.336004240031.11429840479-0.492017689038-0.113778567257-1.918391546770.1815440362971.041455100120.78220922499-0.0675633532869-0.1443199061170.317022506852-0.1084172178660.570241301215-27.0474273830.877000935907-23.2565856725
211.264962089472.444797857420.6465318340445.35867281184-0.5193654330375.452278146110.1629668813020.0160703279494-0.230440299280.0219280990651-0.209513165844-0.3843125000410.8858678120250.2748847101080.1163372111160.4734655757340.07322349190470.0951548851780.204267705271-0.004346980283860.40682539448-43.3469060056-65.0704737187-49.3331283578
224.65127562355-0.813418414872-3.32462790813.2378037846-1.197557869596.86685624158-0.287630543168-0.223669505544-0.679188889880.16448306337-0.00181902100602-0.2028646263010.9465647845490.7643121712840.2378317788930.4223502579670.0908460748349-0.07931707921240.304699369290.007031926668460.416907680202-33.2864935762-60.5062771365-42.2565579635
235.12726946168-2.332871280942.623193283985.93626325943-2.707251582754.871345938410.2952504259310.4622122161670.384547920459-0.230532640017-0.239495838608-0.5165837770.07947025525370.7441983986090.0266316282780.3351795473030.004959418085090.06900289221160.317727172394-0.05015817655940.389596547682-31.7151864847-39.8356942625-47.6814990842
242.70525539-4.62007737323-0.7301494309958.297290421332.378926565513.84577054782-0.0405092927852-0.02388028559180.995234680148-0.2407650772760.123302928414-0.426452660552-0.166764186720.257088139775-0.09282542923810.283922501869-0.0320996157505-0.08063745571520.189547219194-0.006222764455340.509272811455-41.6324620213-31.8163121254-41.8072803603
259.724978272926.462274115131.182791175984.523786555090.4303615781230.715783589989-0.407487439708-0.546818190330.0382720893287-0.774507912245-0.367930009392-0.404148938115-0.773117145094-0.2340102231170.4728580689980.5688866299330.118906963882-0.02332298216690.568042266718-0.3404661865020.983440923994-59.8739317495-31.8136881794-38.1094971296
262.9922600764.196565254231.28441109395.972991661421.342561617844.61512321488-0.0028924073276-0.4517390372930.870832303761-0.2631247877860.2700308417940.271199251863-0.62750800450.0959747635266-0.1981119087650.301163699040.01217158440880.03281671913540.462408429829-0.178584369690.487117125431-69.1987373531-43.5284731669-44.9565685784
273.821074709350.482339649565-0.4830815185545.68768116459-0.1395271826533.72645580070.0551321051640.370739253172-0.0924436902257-0.534246066331-0.0278305367840.3526219971570.305893391361-0.48084874014-0.001937544771290.2342576415340.0212723759317-0.06949534693950.261353844597-0.06123234145390.261782862828-64.1435265728-46.8373942097-53.0920259808
283.51249174112-5.62835252262-0.9999275769319.222451480972.49381370615.285030696220.5110596143280.9075468961350.251246710173-0.199243643347-0.377716034829-0.3181826093740.09070994067080.384065262519-0.1130500981040.3989694437090.05424723034910.0145239301960.3518131944720.007461773658470.256699576521-45.4850379423-50.930663782-60.3264233539
297.98079225175-5.30878103501-2.37780474264.137609780792.957062489594.296875522050.4759524342130.6804581039110.7002212367-1.0672017562-0.409452254107-0.438940627303-0.59191248339-0.289195618692-0.09258828140330.4928807613370.03970638521230.01075430421730.3076386162210.1593371135670.434288961771-51.1151645712-34.3133034988-60.0119081296
302.1439253609-1.81299124867-3.001804364514.23086793893-1.040202890678.957182141770.4020522761870.2327209238691.075959472330.267163829334-0.1189835753441.52945036916-1.02501878198-0.919872867793-0.2138393688140.5639703145270.110952313113-0.1722537588630.222057494731-0.1189353322580.851828247701-54.9418363851-25.4483756983-47.005145596
311.871989536270.1688447581920.05692932180573.68880840321-1.276111556832.613781506480.0280127894051-0.2381317739580.347975674868-0.168735017045-0.33159240141-0.0123598174369-0.1831641635540.0277457234050.2827092823170.279144246446-0.01736939500720.01570571083720.169976876207-0.02530715943530.30899371624-50.6362227483-40.6064838992-48.6285436901
323.597515484721.652731691111.686329227856.097807242765.479557155725.58758217010.511755128034-0.2131179660640.2024810217350.14687725845-0.685075587186-0.344504021519-0.0120138271548-1.407983754770.1237681355220.655659280694-0.0721404701045-0.03466999036280.6962948924840.2077850599970.381000684772-64.4331629393-57.6162822107-32.9713015228
335.086119834792.56956708648-5.305888285413.32677765209-2.949825297117.80763612114-0.15442970006-0.2255425569070.1271081569110.1068042119960.2347339829530.0965982667250.284351208569-0.273807304652-0.09210837838840.316958384116-0.0135886940651-0.04178476290320.3071111900510.01966621318540.24480893079-52.24299156-53.1135127642-36.7500753812
343.63817611196-5.22325412023.172260749817.6240200659-4.080605416566.5321277645-0.00542566010151-0.75632409962-0.02415271783260.1346557662850.357802019254-0.6793606587350.4596163447550.898901582666-0.3135064622330.3152753839480.0606943932141-0.004003394222450.518490825779-0.04929771369180.414922790044-25.0551552695-50.263439802-40.5175170014
358.94497485583.34350114271-5.445187814283.29436817105-2.932150199096.55959659327-0.0066557456054-0.446906932078-0.3964841634790.184220506229-0.0981258435952-0.2563266950180.4555971881210.1508981082280.03319188701710.371216389791-0.0112573787003-0.04722039445550.16980567141-0.006344747332670.234775376597-42.5285698244-56.2223543592-35.2033368735
366.419349484073.10164093362-0.01708872772952.960561630640.05056765614042.978118011810.318803476846-0.2060627662130.0748049350510.36762732118-0.23594533297-0.164810781843-0.0808125038275-0.178956446123-0.07093506875520.350520271125-0.0562380199114-0.01799191255750.200556525683-0.07789551936230.330286938486-50.2151260662-43.2767591186-38.6900143493
379.401052750140.973067667406-5.135895034155.62513699379-2.608096901227.353288291940.258827176261-1.510900741060.2569226640030.734497664662-0.444840863053-0.06103421433180.006791651740.1489937922670.09797225328350.249970945848-0.07977258405240.1321846472040.608121878416-0.1218869596060.256111132119-67.7376515304-50.1099674553-37.4801560334
385.4053102216-4.63618265563-4.856034441614.38007712644.095772056145.90151800362-0.396454936837-0.532412815087-1.542501681860.3133230390860.3912241506311.776788348151.48569544924-0.7027597457930.1174283190940.717102530079-0.1974358312440.1888040971720.607041449231-0.06477915259451.1397453469-72.5861999862-60.084606396-42.9527808446
397.457664967960.2413718612491.038852160863.169288736332.152738336174.135373111040.3623461114010.244828951627-0.785466440169-0.681188603063-0.1840383107670.6082542100330.617490516704-0.385759998664-0.156005327240.5505083388160.000961019514522-0.122298234430.221181909090.046435311120.424711791723-54.2399750012-60.217103259-51.5582920079
405.430034075341.681034706716.487515293815.614476663370.5543834146938.16338071061-0.485130283207-0.0354539898854-1.249870935370.07714912628590.7476700428411.249381742980.952589624011-0.570729801893-0.2768181018550.539439834392-0.12127934720.02767220476420.2826443018050.08575834897020.720990454303-68.2012130013-62.3187053018-50.0233667157
414.444448225985.75433135648-3.319852411367.71812259342-2.870251471239.91247940473-0.0049711991178-0.998802787991.37912030004-0.271880332801-0.4384902142780.892221466385-1.002951175120.1282181205250.5198588641070.6762808984750.178089322405-0.1138420420810.532552077463-0.1198587879120.477685807035-72.7077824723-14.024122901318.7404891457
423.700059607293.54890830093-1.482951147514.70708625464-2.132506956821.22110503034-0.7413495825-0.3638918168120.522132931039-0.4387325216810.6376614761850.345374454778-0.199298001347-0.3456329265940.1806087331510.9761071520120.19439201984-0.2518186971750.391109991416-0.1445735708550.482508605659-72.9704466977-13.99898578699.7729773553
431.20217213959-1.204016412370.7606058376321.87544604011-0.4340237580720.875789882837-0.593580759240.328777092661.051116969880.5750039784760.0047020976977-0.655371343302-0.9126559472920.4797088163220.2520608977661.01930938309-0.107989953135-0.4105444787310.3492955870520.07286881074580.913398625237-52.8823493008-12.512206351311.6962014503
448.27725727948-2.01228359137-2.778347069482.304898204454.192325588457.89578208705-0.05685248369730.4769051413050.604321448352-0.09241369138850.282062348984-1.09002018726-0.5691804357260.970231847638-0.2026081570190.499953903685-0.0192808762089-0.03464303070330.6484990355350.2197097123030.558044704635-41.7725259245-26.60361637829.2087591476
459.554309698035.99195158467-1.186849074774.67880335553-1.11089308654.08466235669-0.4663309562570.756954575222-1.62444745829-1.339516027410.271656254991-0.01886098158170.7894038206650.2622790974380.1552233923380.8465447547770.0904252024789-0.1361111960380.384641258108-0.1291028262640.717181914116-55.3999405296-43.86133569534.48697891829
465.770793503512.05825191178-3.953510370062.67152659595-1.430379245752.95750836077-0.50272477961-0.03198559369290.1642937837262.171489904690.989996307327-0.135395169518-0.708712262475-0.666562492397-0.4964010025641.08253451363-0.0907391344671-0.264214985730.6516027929020.3417772949041.08184418101-76.1141155001-47.744106560412.8375218322
478.69182228031-1.29190670675-1.554242847660.5398471402340.07784412364083.99545163123-0.234213443056-0.806900424004-1.227125238060.05585342747790.4064194698280.4409708825280.575422519182-0.208646422018-0.1672909296810.518929738912-0.0216175302979-0.09922674460930.3273964825680.1642480683140.574749382339-66.3548114416-41.039786230817.1433043724
486.0337209386-1.58580603752-1.643272574475.401181514654.796944790414.35573883283-0.125581782951-0.4088771309850.2215843914570.3658397008910.0136149521812-0.1812891797870.525826982105-0.260350794449-0.01427709041920.5401411011180.118345573649-0.03634704818260.4806231263260.005377517830530.278096966518-62.0419544691-23.884748266725.9988449063
494.84571337626-5.29603196237-5.189493597845.86442547675.712067917855.59413800461-0.264866165134-2.31403116754-0.2029965921351.322419826190.788637326511-0.8676750677560.3485847633970.507907215617-0.4577718982530.6641455580010.0497046977406-0.1598139678180.6523514116260.02745859606150.530930506589-53.5361679976-31.742136104128.0882859377
509.18755997823-1.11760980186-0.7734347364034.61654716378-5.010319322066.59331997205-0.2914806788410.3119471212-1.151105297080.6343531078370.6029444737290.05212902616751.45260878698-0.17301075331-0.3196077720560.6352666775020.0552078434319-0.07446391057560.2686687920770.0003589414050020.601396589501-47.7583174904-45.470259114419.5557091758
512.357494887462.17817254935-1.698022218562.81607549196-3.512825850525.88880181410.5594448072370.458187363675-1.32788140923-0.263160716387-0.397296467857-0.7355091856570.2001663644180.182242540817-0.1045212792560.4812023344890.0482825831013-0.08103997400320.376612075655-0.05042991495890.460599966065-41.4403412804-41.927217217612.1232202053
527.04309337354-1.708885539414.318567958332.31846284488-1.43395917284.17271315597-0.158727250581-0.3017008445790.002363247171890.2124023139260.00269855673286-0.239039790979-0.03197958150750.01859308371830.1552151038140.4737000150280.0462274039922-0.1139132078970.236288145034-0.01229479785220.318567734124-55.9372675827-32.606897070814.9163244687
538.395058701192.128266159242.340565564975.03186125242-0.5244947694272.956907357760.07288615177550.323552926622-0.437599016983-0.3819458683770.055377220172-0.1434293303170.241984105872-0.162534110306-0.1017515858920.5864390010450.0494189290827-0.1028013468880.298190057807-0.02458091658480.300766126937-68.5634569074-28.24128424851.44324825259
540.5505407722990.833360466067-0.5635308424541.24594923233-0.8578316066690.5738006658440.1049252285660.1550744147060.762206843045-0.1804447483550.209158448029-0.377421936438-0.2990841056990.2034094144760.462054455151.30599372528-0.162418795786-0.843947527947-0.3393201201610.3186897359411.74718529949-49.3932510736-4.710311090338.98936926619
554.97583258814-1.086043917751.216326675923.74266906853-1.007405666881.509173309-0.08972089301360.4068034682460.453405171661-0.103971935047-0.1222792752730.204501576533-0.4716425922430.04514754037060.2207226389390.653801180320.0440839997527-0.1717844942660.3372698065020.04307950873420.366539551382-68.4156071025-17.9472312562-0.65716487191
568.27042510961-3.5894477054.402018759722.70635344978-1.282457967545.77433103694-0.3650701607351.569784407420.0950794855858-0.83833344695-0.4799112816050.000283509899815-0.341899308142-0.05393529279640.6944883781230.618895045171-0.0993992759383-0.1137452764820.5692400247690.01245385043920.354130196394-62.2423998245-23.6945341269-3.7267294988
577.346672872276.265104242520.6528900356436.56322350109-0.6594487103383.986449907510.14488037110.789811700134-0.756895532989-0.5013465939850.1380548958440.02957306417930.11037269288-0.187834582615-0.3811572829640.5993621489760.0998685322027-0.182032353460.355722745018-0.06052818945240.481424609636-64.8856842465-36.01986185432.84281876409
583.62191449557-1.710543949925.244435499642.17657421275-2.607138463747.59700880545-0.935509684511-0.8156940530480.546631252534-0.1769613512870.4490877273490.6714841189890.239194740671-1.078200322620.5111851069580.528313413517-0.0601182378159-0.03287144363620.7324469411450.2121676865040.932736519773-83.4904844063-32.389440437313.3712468443
595.738709566454.677311487552.573203912433.842764835382.130044252211.17446140302-0.567275453052-0.840412852519-0.0644800883361-0.6478179808050.1779582001420.369289865365-0.0305880954857-0.6287664687330.3820676538180.623551635560.0696712238294-0.1561856663280.4490621582720.07246366964930.517705745793-72.1678964546-26.234405810317.2787122129
601.158809919330.711102508520.2296434645835.869034531694.991680612196.314437173950.6971113053540.131788798843-0.620975649819-1.24293645707-0.01188840273771.794205085440.767662236047-0.686242039387-0.6806970211450.7611245921830.0916996653369-0.2201744965771.026005951610.5312373190531.32825083493-85.6530845652-40.755299887810.8597952842
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 14:28)AA14 - 281 - 15
22(chain A and resid 29:33)AA29 - 3316 - 20
33(chain A and resid 34:55)AA34 - 5521 - 42
44(chain A and resid 56:88)AA56 - 8843 - 75
55(chain A and resid 89:96)AA89 - 9676 - 83
66(chain A and resid 97:125)AA97 - 12584 - 112
77(chain A and resid 126:136)AA126 - 136113 - 123
88(chain A and resid 137:154)AA137 - 154124 - 141
99(chain A and resid 155:169)AA155 - 169142 - 156
1010(chain A and resid 170:183)AA170 - 183157 - 170
1111(chain A and resid 184:192)AA184 - 192171 - 179
1212(chain A and resid 193:205)AA193 - 205180 - 192
1313(chain A and resid 206:251)AA206 - 251193 - 234
1414(chain A and resid 252:265)AA252 - 265235 - 248
1515(chain A and resid 266:328)AA266 - 328249 - 311
1616(chain A and resid 329:335)AA329 - 335312 - 318
1717(chain A and resid 336:362)AA336 - 362319 - 345
1818(chain A and resid 363:367)AA363 - 367346 - 350
1919(chain A and resid 368:386)AA368 - 386351 - 369
2020(chain A and resid 387:393)AA387 - 393370 - 376
2121(chain B and resid 13:29)BD13 - 292 - 18
2222(chain B and resid 30:56)BD30 - 5619 - 45
2323(chain B and resid 57:85)BD57 - 8546 - 74
2424(chain B and resid 86:102)BD86 - 10275 - 91
2525(chain B and resid 103:110)BD103 - 11092 - 99
2626(chain B and resid 111:124)BD111 - 124100 - 113
2727(chain B and resid 125:161)BD125 - 161114 - 150
2828(chain B and resid 162:182)BD162 - 182151 - 171
2929(chain B and resid 183:203)BD183 - 203172 - 192
3030(chain B and resid 204:215)BD204 - 215193 - 204
3131(chain B and resid 216:251)BD216 - 251205 - 240
3232(chain B and resid 252:265)BD252 - 265241 - 254
3333(chain B and resid 266:285)BD266 - 285255 - 274
3434(chain B and resid 286:299)BD286 - 299275 - 288
3535(chain B and resid 300:336)BD300 - 336289 - 325
3636(chain B and resid 337:354)BD337 - 354326 - 343
3737(chain B and resid 355:364)BD355 - 364344 - 353
3838(chain B and resid 365:368)BD365 - 368354 - 357
3939(chain B and resid 369:386)BD369 - 386358 - 375
4040(chain B and resid 387:393)BD387 - 393376 - 382
4141(chain C and resid 14:21)CI14 - 211 - 8
4242(chain C and resid 22:32)CI22 - 329 - 19
4343(chain C and resid 33:84)CI33 - 8420 - 71
4444(chain C and resid 85:97)CI85 - 9772 - 84
4545(chain C and resid 98:119)CI98 - 11985 - 106
4646(chain C and resid 120:128)CI120 - 128107 - 115
4747(chain C and resid 129:162)CI129 - 162116 - 149
4848(chain C and resid 163:183)CI163 - 183150 - 170
4949(chain C and resid 184:193)CI184 - 193171 - 180
5050(chain C and resid 194:205)CI194 - 205181 - 192
5151(chain C and resid 206:218)CI206 - 218193 - 205
5252(chain C and resid 219:249)CI219 - 249206 - 236
5353(chain C and resid 250:289)CI250 - 289237 - 276
5454(chain C and resid 290:305)CI290 - 305277 - 290
5555(chain C and resid 306:328)CI306 - 328291 - 313
5656(chain C and resid 329:337)CI329 - 337314 - 322
5757(chain C and resid 338:367)CI338 - 367323 - 352
5858(chain C and resid 368:375)CI368 - 375353 - 360
5959(chain C and resid 376:389)CI376 - 389361 - 374
6060(chain C and resid 390:393)CI390 - 393375 - 378

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る