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万見
- PDB-8u27: Bcl-2-xL complexed with compound 35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u27
タイトルBcl-2-xL complexed with compound 35
要素Apoptosis regulator Bcl-2, Bcl-2-like protein 1 chimera
キーワードAPOPTOSIS / Autophagy / selective inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid cell apoptotic process / gland morphogenesis / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / ear development / renal system process / apoptotic process in bone marrow cell / regulation of cell-matrix adhesion / stem cell development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / B cell apoptotic process / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of nitrogen utilization / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / oocyte development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / negative regulation of ossification / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of B cell apoptotic process / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / response to UV-B / response to iron ion / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / BH domain binding / organ growth / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / hair follicle morphogenesis / B cell lineage commitment / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / branching involved in ureteric bud morphogenesis / digestive tract morphogenesis / response to cycloheximide / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / regulation of calcium ion transport / apoptotic mitochondrial changes / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of anoikis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / behavioral fear response / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ULL / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rizo, J. / Pan, Y.-Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI142784 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insights for selective disruption of Beclin 1 binding to Bcl-2.
著者: Pan, Y.Z. / Liang, Q. / Tomchick, D.R. / De Brabander, J.K. / Rizo, J.
履歴
登録2023年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2, Bcl-2-like protein 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2002
ポリマ－20,6931
非ポリマー5061
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 4497structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2, Bcl-2-like protein 1 chimera / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 20693.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-ULL / propan-2-yl {4-[(5S)-1-(4-bromobenzoyl)-5-phenyl-4,5-dihydro-1H-pyrazol-3-yl]phenyl}carbamate


分子量: 506.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24BrN3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HNCO
131isotropic23D HN(CA)CB
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D (H)CCH-TOCSY
161isotropic23D C(CO)NH
171isotropic23D H(CCO)NH
282isotropic12D 1H-1H NOESY
292isotropic12D 1H-1H TOCSY
1101isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1111isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1121isotropic115N,13C-15N,13C-filtered homonuclear 2D TOCSY
1131isotropic115N,13C-15N,13C-filtered homonuclear 2D NOESY
1141isotropic1simultaneous 3D 1H-15N, 1H-13C NOESY-HSQC
1151isotropic1constant-time 1H-13C HSQC
3163isotropic1constant-time 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Bcl-2-xL, 300 uM Compound 35, 93% H2O/7% D2Odouble labeled complex93% H2O/7% D2O
solution2300 uM [U-99% 15N] Bcl-2-xL, 300 uM Compound 35, 100% D2Osingle labeled100% D2O
solution3300 uM [U-10% 13C] Bcl-2-xL, 300 uM Compound 35, 93% H2O/7% D2O10% 13C-labeled complex93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMBcl-2-xL[U-99% 13C; U-99% 15N]1
300 uMCompound 35natural abundance1
300 uMBcl-2-xL[U-99% 15N]2
300 uMCompound 35natural abundance2
300 uMBcl-2-xL[U-10% 13C]3
300 uMCompound 35natural abundance3
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM phosphate pH 7.30.0375 Mstandard7.31 atm293 K
220 mM phosphate pH 7.30.0375 Mstandard7.3 pD1 atm293 K
320 mM phosphate pH 7.30.0375 Mstandard7.31 atm293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent DDXAgilentDDX8001
Agilent DDXAgilentDDX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ4.2 REVISION AAgilentcollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJJohnson, B.A. & Blevins, R.A.chemical shift assignment
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 4497 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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