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- PDB-8u15: The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u15
タイトルThe ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220
要素
  • DDB1
  • Protein cereblon
  • Sal-like protein 4
キーワードLIGASE / Complex / glue
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of Wnt signaling pathway ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / heterochromatin / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) ...: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8W7 / Protein cereblon / Sal-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Clifton, M.C. / Ma, X. / Ornelas, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural and biophysical comparisons of the pomalidomide- and CC-220-induced interactions of SALL4 with cereblon.
著者: Ma, X. / Leon, B. / Ornelas, E. / Dovala, D. / Tandeske, L. / Luu, C. / Pardee, G. / Widger, S. / Solomon, J.M. / Beckwith, R.E.J. / Moser, H. / Clifton, M.C. / Wartchow, C.A.
履歴
登録2023年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: DDB1
C: Sal-like protein 4
D: Protein cereblon
E: DDB1
F: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,91626
ポリマ－285,4726
非ポリマー2,44420
水23413
1
A: Protein cereblon
B: DDB1
C: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,95813
ポリマ－142,7363
非ポリマー1,22210
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area48670 Å2
手法PISA
2
D: Protein cereblon
E: DDB1
F: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,95813
ポリマ－142,7363
非ポリマー1,22210
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area49160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.729, 95.727, 150.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 42971.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質 DDB1


分子量: 93347.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: タンパク質 Sal-like protein 4 / Zinc finger protein 797 / Zinc finger protein SALL4


分子量: 6417.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SALL4, ZNF797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJQ4

-
非ポリマー , 4種, 33分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-8W7 / (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione


分子量: 449.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→95.73 Å / Num. obs: 66770 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.1038 / Rpim(I) all: 0.128 / Rrim(I) all: 0.339 / Rsym value: 0.9371 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 462088
反射 シェル解像度: 2.95→3.02 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 2.947 / Num. measured all: 32233 / Num. unique obs: 4494 / CC1/2: 0.345 / Rpim(I) all: 1.182 / Rrim(I) all: 3.177 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
pointlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→61.48 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 3228 4.84 %
Rwork0.2197 --
obs0.2222 66670 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→61.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18403 0 132 13 18548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51625696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6472582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442952
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-2.990.4261640.3782753X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.040.37171550.34862667X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.090.37311320.32192794X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.140.42071500.3172701X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.20.33611580.30242726X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.260.33221400.27852748X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.330.33871430.26982732X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.40.34831670.26482739X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.480.33291460.26852712X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.570.32421330.26872785X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.660.28881300.23692765X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.770.27181290.22592745X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.890.30481700.21182697X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.030.25141450.21252740X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.190.24421360.19462787X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.390.19911380.18782760X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.620.22151440.16592773X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.910.17721130.16482764X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.280.2221240.17332815X-RAY DIFFRACTION100
5.28-5.820.22761220.19962786X-RAY DIFFRACTION100
5.82-6.660.22891160.21982821X-RAY DIFFRACTION100
6.66-8.380.25371360.22442798X-RAY DIFFRACTION100
8.38-61.480.28271370.18842834X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.80910.8322-6.75597.035-0.84815.37290.60590.1603-0.01710.01360.09580.2915-0.3292-0.6395-0.63090.56090.10120.01690.54390.09650.5244-36.0085-5.6016-45.5199
23.0591.2093-3.68484.83-0.3994.68880.77220.0990.48340.9048-0.4779-0.0706-0.5117-0.716-0.27520.68930.0413-0.08340.64190.09390.5633-34.9808-13.7479-32.4728
33.10210.3120.5448.3373-0.65477.09550.04030.40160.0823-0.59090.3652-0.190.1107-0.1688-0.44930.2517-0.03350.02680.5453-0.03750.4905-33.8099-9.6888-40.597
40.87481.1127-1.52541.4686-2.2466.5395-0.01050.08120.0878-0.02070.0776-0.0322-0.1388-0.2061-0.03840.68940.1052-0.01850.3859-0.05630.5521-26.344-5.4458-57.5506
51.62490.17860.81440.7713-2.18218.82710.09950.0312-0.279-0.1292-0.004-0.32480.92370.8283-0.13670.58250.0993-0.05790.4545-0.0780.5201-14.6932-0.379-61.2831
63.2777-0.48832.68541.7139-1.40167.48550.1184-0.03350.05840.0159-0.1075-0.1144-0.81960.26530.00080.5707-0.02790.05660.4119-0.0680.5356-15.22075.2309-46.6031
72.3677-0.87031.90123.1466-0.52843.7646-0.2109-0.08190.11730.2066-0.0109-0.2446-0.10280.05160.21580.5163-0.0146-0.01910.3688-0.02150.4166-9.6326-0.3877-33.0179
82.7735-1.3974-0.58322.9191.33352.2490.10390.3419-0.1272-0.6353-0.03980.0338-0.0849-0.1206-0.03470.6724-0.0259-0.06470.6602-0.08890.497-36.224-1.5615-97.3501
94.6007-2.44531.88914.1515-1.25475.7110.14380.1503-0.3540.5157-0.20880.36980.01360.09330.07470.647-0.20540.11210.6339-0.05990.5908-37.6377-14.5359-87.2916
103.786-0.31490.39055.0470.96524.3317-0.0818-0.2298-0.44690.9940.161-0.16891.23970.1275-0.08981.07570.0440.07710.4544-0.05610.6397-21.9092-24.024-84.9863
117.6474-2.358-0.19695.0909-1.85145.02590.0156-0.0334-0.6507-0.23830.015-0.13410.73410.2053-0.09450.76470.0816-0.0630.4768-0.07820.5412-13.649-17.5068-95.6506
122.3265-1.8407-0.58214.0891-0.41530.96280.43420.3138-0.1805-0.6399-0.3009-0.00470.0482-0.0377-0.1030.6283-0.06130.02740.5354-0.17050.5402-14.8164-9.3305-102.6222
132.91370.1483-0.47425.7073.95616.37460.11470.42040.1374-0.86040.04280.0157-0.68310.077-0.15840.7149-0.07090.09630.53980.04670.4031-18.983313.7121-97.9425
143.89730.1511.97492.80460.66322.08350.36480.1802-0.0864-0.3392-0.0048-0.5157-0.3310.0301-0.32580.8254-0.0810.23710.5768-0.05850.5679-10.884320.8174-89.0633
151.0191-0.3601-0.17453.39771.15994.696-0.0742-0.01430.2623-0.44780.1749-0.4068-0.57010.3022-0.08180.566-0.07910.11220.4628-0.06320.4897-10.004726.6736-75.8577
161.3566-0.1920.73252.81771.39693.55440.0813-0.19420.15650.0955-0.15210.2605-0.5069-0.49040.06370.43120.05250.05550.5096-0.02690.4097-29.918921.838-69.3729
174.29720.628-0.13118.4141.3824.45920.07650.1637-0.0310.122-0.23890.67010.0753-0.72120.04620.40240.00360.02290.7646-0.10850.5368-47.84218.7249-81.756
186.73050.3826-1.58593.3491-0.41183.26390.23791.27710.22980.0368-0.33630.8126-0.7166-0.59080.18420.71380.2016-0.13671.01690.02420.8161-57.032618.6337-91.0759
196.87641.9822-0.71742.07350.64237.67580.315-0.49180.5981-0.2576-0.10510.62441.6978-0.4766-0.16150.87540.0867-0.12890.6366-0.03160.8725-28.6056-10.1215-14.6264
201.51251.76663.57195.85742.88.9407-0.105-0.5165-0.049-0.5561-0.72790.21581.8192-0.29740.78541.52840.07680.09710.6664-0.1770.7806-25.5759-14.3859-8.3371
218.3315-3.3536-0.30445.9825-3.45482.7632-0.043-0.1671-1.05250.7030.2213-0.0791.52221.2176-0.12310.79150.179-0.12120.5129-0.10360.5967-16.4697-2.0125-14.9296
226.7769-1.98381.66977.2470.74828.7486-0.06420.15450.2786-0.390.21870.66540.2227-0.0451-0.11840.7012-0.0249-0.12140.797-0.0610.6457-22.7385.0623-19.6235
238.359-0.14454.43085.3532-2.97824.8621-0.020.14010.0365-0.1970.64011.0120.5209-0.6772-0.58050.5295-0.0948-0.04150.49630.06460.6674-36.736156.2675-28.8943
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395.45012.31510.5047.8615-0.09081.9584-0.26761.2981-0.5636-0.3666-0.52390.005-2.3228-2.00030.74741.320.1684-0.07361.3164-0.25070.6747-26.335562.1824-61.7008
402.2514-1.42520.07841.8544-2.28756.77050.7990.3715-0.1571-2.8574-0.48720.3259-0.81591.5276-0.0092.03-0.19620.02040.9651-0.1710.7806-15.126957.7807-64.2116
419.5016-0.67524.37386.8023-1.13062.15860.65340.42691.0241-0.7302-0.4947-0.5467-0.5468-0.1429-0.09061.04780.01260.05820.57410.07020.5121-16.126851.1032-55.9424
425.3334-0.95722.99932.0114-0.35568.48050.04410.3588-0.58050.3321-0.18781.0318-0.21-0.1832-0.05520.87940.13970.09620.5575-0.08630.6716-21.644145.4838-54.2599
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 72 through 95 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 96 through 114 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 147 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 148 through 231 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 232 through 291 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 292 through 345 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 346 through 442 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 84 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 85 through 163 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 164 through 217 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 218 through 269 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 270 through 336 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 337 through 385 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 386 through 795 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 796 through 886 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 887 through 1044 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 1045 through 1097 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1098 through 1140 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 380 through 393 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 394 through 402 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 403 through 421 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 422 through 432 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 72 through 95 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 96 through 172 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 173 through 231 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 232 through 371 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 372 through 404 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 405 through 442 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 2 through 84 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 85 through 140 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 141 through 248 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 249 through 326 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 327 through 385 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 386 through 784 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 785 through 835 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 836 through 886 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 887 through 1044 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 1045 through 1140 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 380 through 399 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 400 through 409 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 410 through 421 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 422 through 432 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る