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- PDB-8u17: The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long boun... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u17 | ||||||
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Title | The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide | ||||||
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![]() | LIGASE / complex / glue | ||||||
Function / homology | ![]() POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / embryonic limb morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / embryonic limb morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / ventricular septum development / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / somatic stem cell population maintenance / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein-containing complex assembly / heterochromatin / positive regulation of gluconeogenesis / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Clifton, M.C. / Ma, X. / Ornelas, E. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural and biophysical comparisons of the pomalidomide- and CC-220-induced interactions of SALL4 with cereblon. Authors: Ma, X. / Leon, B. / Ornelas, E. / Dovala, D. / Tandeske, L. / Luu, C. / Pardee, G. / Widger, S. / Solomon, J.M. / Beckwith, R.E.J. / Moser, H. / Clifton, M.C. / Wartchow, C.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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-Validation report
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Data in XML | ![]() | 78.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 105.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8u15C ![]() 8u16C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 42971.574 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 93347.078 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 9687.075 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 21, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→49.9 Å / Num. obs: 63326 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.0631 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.282 / Rsym value: 0.212 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 788438 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.18 Å / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 9.9 / Num. unique obs: 4418 / CC1/2: 0.317 / Rpim(I) all: 3.431 / Rrim(I) all: 12.093 / Χ2: 1.01 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→49.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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