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- PDB-8u0g: Full-length dimer of DNA-Damage Response Protein C from Deinococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u0g
タイトルFull-length dimer of DNA-Damage Response Protein C from Deinococcus radiodurans - Crystal form xMJ7124
要素DNA damage response protein C
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Repair / Radioresistance
機能・相同性cellular response to desiccation / nucleoid / cellular response to gamma radiation / DNA repair / DNA damage response / cytoplasm / DNA damage response protein C
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4.28 Å
データ登録者Szabla, R. / Li, M.C. / Junop, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2008R00075 カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: DdrC, a unique DNA repair factor from D. radiodurans, senses and stabilizes DNA breaks through a novel lesion-recognition mechanism.
著者: Szabla, R. / Li, M. / Warner, V. / Song, Y. / Junop, M.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage response protein C
B: DNA damage response protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4832
ポリマ－50,4832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.039, 111.039, 101.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 DNA damage response protein C


分子量: 25241.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: ddrC / プラスミド: pMJ5741
詳細 (発現宿主): WT DdrC with N-term His-tag and TEV site in pDEST-527 backbone
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)-T1R / 参照: UniProt: Q9RYE6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 %
解説: Hexagonal bipyramid ~100um in width, depth and height
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 ul of protein solution was mixed with 1.5 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution Protein solution: 140uM DdrC, 200mM ...詳細: 1.5 ul of protein solution was mixed with 1.5 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution Protein solution: 140uM DdrC, 200mM Sodium sulfate, 1mM Magnesium chloride, 20mM Sodium citrate / Citric acid, pH 6.5 Crystallization solution (Wizard Classics 1 #22) 10% (v/v) 2-propanol 100mM Tris-base/HCl, pH 8.5 Well solution: 1.5M Ammonium sulfate
PH範囲: 6.0 - 8.5 / Temp details: Temperature-controlled incubator at 20C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen cryo-stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.277→96.163 Å / Num. obs: 5236 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 170.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 4.277→4.351 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.937 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 242 / CC1/2: 0.889 / Rpim(I) all: 0.344 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudio2.4.0データ収集
autoPROC1.0.5data processing
XDS20220220データ削減
pointless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.28→69.81 Å / SU ML: 0.4185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0992
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3457 243 4.67 %
Rwork0.2524 4965 -
obs0.2567 5208 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 215.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.28→69.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3422 0 0 0 3422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00643476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97764710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0507527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.38621299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.28-5.390.41961230.33222424X-RAY DIFFRACTION99.53
5.39-69.810.31541200.22422541X-RAY DIFFRACTION99.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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