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- PDB-7udi: Full-length dimer of DNA-Damage Response Protein C from Deinococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udi
タイトルFull-length dimer of DNA-Damage Response Protein C from Deinococcus radiodurans
要素DNA damage response protein DdrC
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Repair / Radioresistance
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Szabla, R. / Li, M.C. / Junop, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2008R00075 カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: DdrC, a unique DNA repair factor from D. radiodurans, senses and stabilizes DNA breaks through a novel lesion-recognition mechanism.
著者: Szabla, R. / Li, M. / Warner, V. / Song, Y. / Junop, M.
履歴
登録2022年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage response protein DdrC
B: DNA damage response protein DdrC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2006
ポリマ－50,8162
非ポリマー3844
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer in solution measured by SEC-MALS, homology, 3 crystal structures with different lattices interactions all contain this homodimer interface
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.698, 66.698, 129.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA damage response protein DdrC


分子量: 25407.971 Da / 分子数: 2 / 変異: L131M, L184M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
プラスミド: pDEST-527 / 詳細 (発現宿主): TEV-cleavable 6xHis tag (N-term) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) T1R
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 % / 解説: Elongated square bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 250 uM DdrC 140 mM Sodium sulfate 14 mM Sodium citrate 3.6% (w/v) PEG 8000 4.3% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH) 18 mM HEPES/NaOH, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen Cryo-stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月13日
詳細: Incorporated white beam slits (WBS), a vertical collimating mirror (VCM), a double-crystal monochromator (DCM) / double-multilayer monochromator (DMM), and toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: KOHZU Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.239→66.698 Å / Num. obs: 26343 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 54.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.239→2.278 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1335 / CC1/2: 0.631 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 0.899 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
AutoSol1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.24→59.3 Å / SU ML: 0.3187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.0333
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 2512 4.85 %
Rwork0.2306 49260 -
obs0.2314 26336 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→59.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3233 0 20 40 3293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02093302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.75134485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0949502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.18451196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.280.39981850.3522627X-RAY DIFFRACTION95.35
2.28-2.330.34271620.2982822X-RAY DIFFRACTION99.83
2.33-2.380.29961640.30032857X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.430.3581820.30232793X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.50.31371680.30272804X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.560.29261400.32082880X-RAY DIFFRACTION99.93
2.56-2.640.38231520.28942792X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.720.3737620.30751188X-RAY DIFFRACTION41.76
2.72-2.820.35921200.29352890X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.930.36171380.2762868X-RAY DIFFRACTION99.97
2.93-3.070.30621320.26412814X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.230.28341280.29392856X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.430.23081180.26622865X-RAY DIFFRACTION99.9
3.43-3.70.2803900.22452897X-RAY DIFFRACTION99.1
3.7-4.070.21431220.21352844X-RAY DIFFRACTION99.3
4.07-4.660.19311640.19552809X-RAY DIFFRACTION99.46
4.66-5.860.21521680.21262815X-RAY DIFFRACTION99.8
5.87-59.30.1991170.16842839X-RAY DIFFRACTION98.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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