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- PDB-8txp: Crystal structure of 05.GC.w13.01 Fab in complex with H1 HA from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8txp
タイトルCrystal structure of 05.GC.w13.01 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1)
要素
  • (GC_w13_A, Fab ...) x 2
  • (Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / H1N1 / Antibody / Hemagglutinin / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Lin, T.H. / Moore, N. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2024
タイトル: Maturation of germinal center B cells after influenza virus vaccination in humans.
著者: McIntire, K.M. / Meng, H. / Lin, T.H. / Kim, W. / Moore, N.E. / Han, J. / McMahon, M. / Wang, M. / Malladi, S.K. / Mohammed, B.M. / Zhou, J.Q. / Schmitz, A.J. / Hoehn, K.B. / Carreno, J.M. / ...著者: McIntire, K.M. / Meng, H. / Lin, T.H. / Kim, W. / Moore, N.E. / Han, J. / McMahon, M. / Wang, M. / Malladi, S.K. / Mohammed, B.M. / Zhou, J.Q. / Schmitz, A.J. / Hoehn, K.B. / Carreno, J.M. / Yellin, T. / Suessen, T. / Middleton, W.D. / Teefey, S.A. / Presti, R.M. / Krammer, F. / Turner, J.S. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Kleinstein, S.H. / Ellebedy, A.H.
履歴
登録2023年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: GC_w13_A, Fab heavy chain
L: GC_w13_A, Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5049
ポリマ－103,8954
非ポリマー2,6085
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: GC_w13_A, Fab heavy chain
L: GC_w13_A, Fab light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: GC_w13_A, Fab heavy chain
L: GC_w13_A, Fab light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: GC_w13_A, Fab heavy chain
L: GC_w13_A, Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,51127
ポリマ－311,68612
非ポリマー7,82515
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area55160 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area120360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.350, 128.350, 155.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 36729.402 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 subdomain (UNP residues 18-344) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: C3W5S1
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20206.320 Da / 分子数: 1 / 断片: HA2 subdomain (UNP residues 326-499) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: I1ZFF9

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 GC_w13_A, Fab heavy chain


分子量: 23561.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 GC_w13_A, Fab light chain


分子量: 23397.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 2種, 5分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium acetate, pH 6.2, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→45.24 Å / Num. obs: 38915 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.2 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.035 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.76→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1962 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.423 / Rsym value: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4M4Y

4m4y


解像度: 2.75→45.24 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2918 1962 5.05 %
Rwork0.2496 --
obs0.2517 38860 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→45.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7231 0 173 0 7404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62110271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.991092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.820.44491010.39552623X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.90.39811610.34712584X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.990.38371330.31972625X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.080.32931370.28772599X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.190.3391630.28842596X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.320.35181570.29852597X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.470.40741110.31492639X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.650.33341490.27252571X-RAY DIFFRACTION99
3.65-3.880.40111340.28092631X-RAY DIFFRACTION99
3.88-4.180.32061230.22922631X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.60.22941330.20992678X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.270.22361570.2012630X-RAY DIFFRACTION100
5.27-6.630.23561530.23692686X-RAY DIFFRACTION100
6.63-45.240.26271500.22942808X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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