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- EMDB-41874: CryoEM structure of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41874
タイトルCryoEM structure of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 05.GC.w2.3C10-H1_SI06
マップデータCryoEM map of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 3C10 mAb
試料
  • 複合体: Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain
    • 複合体: HA
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードInfluenza virus / hemagglutinin / H1 / monoclonal antibody / virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Moore N / Han J / Ward AB / Wilson IA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: J Exp Med / 年: 2024
タイトル: Maturation of germinal center B cells after influenza virus vaccination in humans.
著者: Katherine M McIntire / Hailong Meng / Ting-Hui Lin / Wooseob Kim / Nina E Moore / Julianna Han / Meagan McMahon / Meng Wang / Sameer Kumar Malladi / Bassem M Mohammed / Julian Q Zhou / Aaron ...著者: Katherine M McIntire / Hailong Meng / Ting-Hui Lin / Wooseob Kim / Nina E Moore / Julianna Han / Meagan McMahon / Meng Wang / Sameer Kumar Malladi / Bassem M Mohammed / Julian Q Zhou / Aaron J Schmitz / Kenneth B Hoehn / Juan Manuel Carreño / Temima Yellin / Teresa Suessen / William D Middleton / Sharlene A Teefey / Rachel M Presti / Florian Krammer / Jackson S Turner / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Steven H Kleinstein / Ali H Ellebedy /
要旨: Germinal centers (GC) are microanatomical lymphoid structures where affinity-matured memory B cells and long-lived bone marrow plasma cells are primarily generated. It is unclear how the maturation ...Germinal centers (GC) are microanatomical lymphoid structures where affinity-matured memory B cells and long-lived bone marrow plasma cells are primarily generated. It is unclear how the maturation of B cells within the GC impacts the breadth and durability of B cell responses to influenza vaccination in humans. We used fine needle aspiration of draining lymph nodes to longitudinally track antigen-specific GC B cell responses to seasonal influenza vaccination. Antigen-specific GC B cells persisted for at least 13 wk after vaccination in two out of seven individuals. Monoclonal antibodies (mAbs) derived from persisting GC B cell clones exhibit enhanced binding affinity and breadth to influenza hemagglutinin (HA) antigens compared with related GC clonotypes isolated earlier in the response. Structural studies of early and late GC-derived mAbs from one clonal lineage in complex with H1 and H5 HAs revealed an altered binding footprint. Our study shows that inducing sustained GC reactions after influenza vaccination in humans supports the maturation of responding B cells.
履歴
登録2023年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41874.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 3C10 mAb
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 300.96 Å		1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 300.96 Å		1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 300.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.34325728 - 0.98822445
平均 (標準偏差)0.0002080827 (±0.03179192)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 300.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41874_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map A of A/Solomon Islands/3/2006 H1...

ファイルemd_41874_half_map_1.map
注釈CryoEM half map A of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 3C10 mAb
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map B of A/Solomon Islands/3/2006 H1...

ファイルemd_41874_half_map_2.map
注釈CryoEM half map B of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 3C10 mAb
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10

全体名称: Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10
要素
  • 複合体: Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain
    • 複合体: HA
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10

超分子名称: Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4, #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: HA

超分子名称: HA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain

分子名称: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.771057 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DEVQLVQSGA EVKKPGSSVR VSCKASGGTF SAISWVRQAP GQGLEWMGGI IPVFGTANYA QKFQGRVTI TADDSTSTAY MEVSSLRSDD TAVYYCAREE TWKGATIGVM GIWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DEVQLVQSGA EVKKPGSSVR VSCKASGGTF SAISWVRQAP GQGLEWMGGI IPVFGTANYA QKFQGRVTI TADDSTSTAY MEVSSLRSDD TAVYYCAREE TWKGATIGVM GIWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RV EPKSC

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分子 #2: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain

分子名称: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.706625 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSI SSYLNWYQHK PGKAPKLLIF TASNLQSGVP SRFSGGGSG TDFTLTISSL QPEDFATYYC QQSYTSPRTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSI SSYLNWYQHK PGKAPKLLIF TASNLQSGVP SRFSGGGSG TDFTLTISSL QPEDFATYYC QQSYTSPRTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 40.835902 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAAD PGDTICIGYH ANNSTDTVDT VLEKNVTVTH SVNLLEDSHN GKLCRLKGI APLQLGNCSV AGWILGNPEC ELLISRESWS YIVEKPNPEN GTCYPGHFAD YEELREQLSS VSSFERFEIF P KESSWPNH ...文字列:
MVLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAAD PGDTICIGYH ANNSTDTVDT VLEKNVTVTH SVNLLEDSHN GKLCRLKGI APLQLGNCSV AGWILGNPEC ELLISRESWS YIVEKPNPEN GTCYPGHFAD YEELREQLSS VSSFERFEIF P KESSWPNH TTTGVSASCS HNGESSFYKN LLWLTGKNGL YPNLSKSYAN NKEKEVLVLW GVHHPPNIGD QRALYHKENA YV SVVSSHY SRKFTPEIAK RPKVRDQEGR INYYWTLLEP GDTIIFEANG NLIAPRYAFA LSRGFGSGII NSNAPMDECD AKC QTPQGA INSSLPFQNV HPVTIGECPK YVRSAKLRMV TGLRNIPSIQ SR

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #4: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 26.988895 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFI DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFI DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKIDSGGG GLNDIFEAQK IEWHERLVPR GSPGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGHHHHHH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: Tris-buffered saline
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 25 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3) / 使用した粒子像数: 53000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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