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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8txm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 05.GC.w13.02 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / H1N1 / Antibody / Hemagglutinin / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, T.H. / Moore, N. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2024 タイトル: Maturation of germinal center B cells after influenza virus vaccination in humans. 著者: McIntire, K.M. / Meng, H. / Lin, T.H. / Kim, W. / Moore, N.E. / Han, J. / McMahon, M. / Wang, M. / Malladi, S.K. / Mohammed, B.M. / Zhou, J.Q. / Schmitz, A.J. / Hoehn, K.B. / Carreno, J.M. / ...著者: McIntire, K.M. / Meng, H. / Lin, T.H. / Kim, W. / Moore, N.E. / Han, J. / McMahon, M. / Wang, M. / Malladi, S.K. / Mohammed, B.M. / Zhou, J.Q. / Schmitz, A.J. / Hoehn, K.B. / Carreno, J.M. / Yellin, T. / Suessen, T. / Middleton, W.D. / Teefey, S.A. / Presti, R.M. / Krammer, F. / Turner, J.S. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Kleinstein, S.H. / Ellebedy, A.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8txm.cif.gz | 197.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8txm.ent.gz | 153.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8txm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8txm_validation.pdf.gz | 720.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8txm_full_validation.pdf.gz | 730.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8txm_validation.xml.gz | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8txm_validation.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/8txm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/8txm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36357.000 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 subdomain (UNP residues 18-344) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: C3W5S1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19789.908 Da / 分子数: 1 / 断片: HA2 subdomain (UNP residues 326-499) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: A0A1D5AKA4 |
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#3: 抗体 | 分子量: 23728.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#4: 抗体 | 分子量: 23357.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-糖 , 2種, 3分子
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#6: 糖 |
-非ポリマー , 1種, 2分子
#7: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium acetate, pH 6.2, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→44.77 Å / Num. obs: 24917 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.31 Å / Num. unique obs: 1320 / CC1/2: 0.67 / Rpim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4M4Y 解像度: 3.25→44.77 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→44.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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