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- PDB-8twx: Synthesis and Evaluation of Diaryl Ether Modulators of the Leukot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8twx
タイトルSynthesis and Evaluation of Diaryl Ether Modulators of the Leukotriene A4 Hydrolase Aminopeptidase Activity
要素Leukotriene A-4 hydrolase
キーワードHYDROLASE / Leukotriene A4 hydrolase / 4MDM / Aminipeptidase / Activator
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / protein metabolic process / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins ...leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / protein metabolic process / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / response to zinc ion / peptide catabolic process / type I pneumocyte differentiation / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / response to peptide hormone / lipid metabolic process / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leukotriene A4 hydrolase/leucine aminopeptidase / Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal / Peptidase M1, LTA-4 hydrolase/aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / : / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Aminopeptidase, leukotriene A4 hydrolase-like / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain ...Leukotriene A4 hydrolase/leucine aminopeptidase / Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal / Peptidase M1, LTA-4 hydrolase/aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / : / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Aminopeptidase, leukotriene A4 hydrolase-like / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Leukotriene A-4 hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lee, K.H. / Lee, S.H. / Paige, M. / Noble, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1R01HL132287-01 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Synthesis and Evaluation of diaryl ether modulators of the leukotriene A 4 hydrolase aminopeptidase activity.
著者: Petruncio, G. / Lee, K.H. / Girgis, M. / Shellnutt, Z. / Beaulac, Z. / Xiang, J. / Lee, S.H. / Peng, X. / Burdick, M. / Noble, S.M. / Shim, Y.M. / Paige, M.
履歴
登録2023年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene A-4 hydrolase
B: Leukotriene A-4 hydrolase
C: Leukotriene A-4 hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,4488
ポリマ－206,6803
非ポリマー7685
水8,737485
1
A: Leukotriene A-4 hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2453
ポリマ－68,8931
非ポリマー3512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leukotriene A-4 hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2453
ポリマ－68,8931
非ポリマー3512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Leukotriene A-4 hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9592
ポリマ－68,8931
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.579, 139.579, 84.337
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
d_1ens_1
d_2ens_1
d_3ens_1

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.308826193392, -0.951089968818, 0.00736569681402), (-0.951112022063, -0.308843392826, -0.00129622348238), (0.003507671946, -0.00660529502684, -0.999972032766)69.5663341008, 40.1429948866, -21.9413090106
2given(0.867847678643, -0.49682667943, -0.00191240186197), (0.49682353416, 0.86780914909, 0.00858234589401), (-0.00260433857969, -0.00839829521323, 0.999961342282)69.3788123103, -40.1327901527, -11.4705404225

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要素

#1: タンパク質 Leukotriene A-4 hydrolase


分子量: 68893.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA4H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09960
#2: 化合物 ChemComp-VI7 / 5-[4-(4-chlorophenoxy)phenyl]-1H-pyrazol-3-amine


分子量: 285.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 60-90 mM magnesium formate dihydrate, 20-25 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→49.13 Å / Num. obs: 70953 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 37.25 Å2 / Rrim(I) all: 0.434 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.81 Å / Rmerge(I) obs: 1.434 / Num. unique obs: 46375

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→36.09 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 1323 2.85 %
Rwork0.2007 --
obs0.2018 46375 91.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→36.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14572 0 3 485 15060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49720319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.715488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.810.35661390.30294466X-RAY DIFFRACTION82
2.81-2.940.3471400.28474531X-RAY DIFFRACTION85
2.94-3.090.30181430.26644827X-RAY DIFFRACTION88
3.09-3.280.27581400.25054998X-RAY DIFFRACTION92
3.28-3.540.25991490.21365113X-RAY DIFFRACTION94
3.54-3.890.24331560.18825202X-RAY DIFFRACTION95
3.89-4.450.20781540.17015252X-RAY DIFFRACTION97
4.46-5.610.18181500.16315342X-RAY DIFFRACTION97
5.61-36.090.18411520.16565321X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8674-0.04870.06940.88260.35992.2724-0.0053-0.03590.03930.0705-0.0416-0.0086-0.08290.03950.04110.2215-0.01170.01380.21040.03750.219112.063719.07185.6485
21.2718-0.2180.02511.17120.06961.5218-0.03270.1976-0.01880.020.09490.07850.0298-0.1677-0.05730.2859-0.02610.02760.2540.04560.274855.190822.7765-27.6783
30.90360.07750.07210.8103-0.04153.4683-0.0977-0.14410.09230.1333-0.04030.0345-0.5082-0.29660.1040.3744-0.0018-0.04130.2718-0.01020.282970.3808-17.5737-6.0005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 4 through 701)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 4 through 701)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 4 through 701)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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