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- PDB-8twt: Crystal structure of nitrile synthase AetD with substrate bound a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8twt
タイトルCrystal structure of nitrile synthase AetD with substrate bound and cofactor partially assembled
要素AetD
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitrile synthase / non-heme iron enzyme / diiron enzyme
機能・相同性Haem oxygenase-like, multi-helical / metal ion binding / Chem-67I / : / D-MALATE / SUCCINIC ACID / AetD
機能・相同性情報
生物種Aetokthonos hydrillicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ye, N. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30-GM124165 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30-GM133894 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2024
タイトル: A single diiron enzyme catalyses the oxidative rearrangement of tryptophan to indole nitrile.
著者: Adak, S. / Ye, N. / Calderone, L.A. / Duan, M. / Lubeck, W. / Schafer, R.J.B. / Lukowski, A.L. / Houk, K.N. / Pandelia, M.E. / Drennan, C.L. / Moore, B.S.
履歴
登録2023年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AetD
B: AetD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,99511
ポリマ－60,6252
非ポリマー1,3709
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.916, 86.089, 101.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 177 or resid 184...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 191 or resid 193...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETTHRTHRAA0 - 17721 - 198
d_12GLUGLUGLUGLUAA184 - 191205 - 212
d_13THRTHRALAALAAA193 - 203214 - 224
d_14GLUGLUHISHISAA205 - 228226 - 249
d_15SERSERALAALAAA230 - 238251 - 259
d_21METMETGLUGLUBB0 - 19121 - 212
d_22THRTHRALAALABB193 - 203214 - 224
d_23GLUGLUHISHISBB205 - 228226 - 249
d_24SERSERALAALABB230 - 238251 - 259

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999975411985, -0.00296266504397, 0.00635594530912), (0.00690991927522, -0.26181397087, 0.965093621196), (-0.00119517385566, 0.965113810529, 0.261828005161) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999975411985, -0.00296266504397, 0.00635594530912), (0.00690991927522, -0.26181397087, 0.965093621196), (-0.00119517385566, 0.965113810529, 0.261828005161)
ベクター: 67.0074148036, 9.61733171857, -7.35112906265)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AetD


分子量: 30312.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola (バクテリア)
遺伝子: aetD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B387

-
非ポリマー , 6種, 187分子

#2: 化合物 ChemComp-67I / (2S)-2-azanyl-3-[5,7-bis(bromanyl)-1H-indol-3-yl]propanoic acid


分子量: 362.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10Br2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES monohydrate pH 6.0, 20% w/v PEG 4000, 110 mM malonic acid, 15 mM ammonium citrate tribasic, 7.2 mM succinic acid, 18 mM DL-malic acid, 24 mM sodium acetate trihydrate, 30 mM sodium ...詳細: 100 mM MES monohydrate pH 6.0, 20% w/v PEG 4000, 110 mM malonic acid, 15 mM ammonium citrate tribasic, 7.2 mM succinic acid, 18 mM DL-malic acid, 24 mM sodium acetate trihydrate, 30 mM sodium formate, 9.6 mM ammonium tartrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) and Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 25947 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3958 / CC1/2: 0.927

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.64 Å / SU ML: 0.2096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.2445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 1296 5 %
Rwork0.1844 24638 -
obs0.186 25934 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3899 0 69 178 4146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00494074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79915504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.13821518
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.801541910505 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.390.25411310.21142491X-RAY DIFFRACTION91.2
2.39-2.50.24041440.21372732X-RAY DIFFRACTION98.97
2.5-2.630.2511420.20842738X-RAY DIFFRACTION98.83
2.63-2.790.2741410.22082672X-RAY DIFFRACTION96.9
2.79-3.010.23931450.21712755X-RAY DIFFRACTION99.18
3.01-3.310.24791460.21432759X-RAY DIFFRACTION98.84
3.31-3.790.23841450.17372755X-RAY DIFFRACTION98.47
3.79-4.770.14931470.14522804X-RAY DIFFRACTION98.7
4.77-39.640.19341550.16732932X-RAY DIFFRACTION99.07
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30784767714-0.236907481917-0.3475826590051.221172540880.3889360894472.73406738551-0.008470904612670.0578007248178-0.021853453367-0.0793804736474-0.01328357138550.08155388428890.120465419852-0.08269937761850.02500542072970.172899151048-0.0183550989784-0.006256824844540.1723226457090.02015886440310.19117570616119.428-0.49-16.362
21.18861030444-0.05265287894120.2604280594131.110247291780.3149026225041.33866840505-0.00960285677342-0.0625980685227-0.00352546318-0.04693700999590.0130961392753-0.1833452523290.1012247166110.204585197653-0.008846042131420.2249775405810.03439175159410.01092184100850.2634673264320.0103236647020.2576038909147.369-5.536-12.264
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 19:238 )A19 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 18:238 )B18 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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