PDB-8tvl: Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tvl

タイトル

Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen

要素

Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM

キーワード

BLOOD CLOTTING / PAM / human plasminogen / M-protein / Group A streptococcus

機能・相同性

機能・相同性情報

plasminogen activation / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Readnour, B.M. / Tjia-Fleck, S.K. / Castellino, F.J. / McCann, N.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen
著者: Readnour, B.M. / Tjia-Fleck, S.K. / McCann, N.R. / Ayinuola, Y.A. / Ploplis, V.A. / Castellino, F.J.

履歴

登録	2023年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: database_2 / em_db_reference / pdbx_database_related Item: _database_2.database_code / _em_db_reference.access_code / _pdbx_database_related.db_id
改定 2.0	2024年8月21日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / em_buffer ...atom_site / em_buffer / em_buffer_component / em_software / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_buffer.details / _em_buffer_component.concentration / _em_buffer_component.concentration_units / _em_buffer_component.name / _em_software.category / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.imaging_id / _em_software.name / _em_software.version / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession 解説: Model orientation/position / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tvl.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tvl.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tvl_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tvl_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8tvl_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	8tvl_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	42429MC 46967C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM 分子量: 40659.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: AP53 / 遺伝子: pam, emm / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49054

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Plasminogen Binding Group A Streptococcus M-Like Protein from AP53 bound to human plasminogen タイプ: COMPLEX / 詳細: PAM was bound to the surface of a lentivirus / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.041 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53 / 細胞内の位置: Cell surface
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T
緩衝液	pH: 7.4 詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4
緩衝液成分	濃度: 1 X / 名称: PBS / 式: PBS
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Plasminogen binding Group A streptococcus M like protein of AP53 bound to human plasminogen on the surface of a lentivirus
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 109000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 34000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 55 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4054

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5054 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212829 / クラス平均像の数: 14 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

詳細: Phenix map to model / Source name: Other / タイプ: experimental model

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 149.71 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0047	2720
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.093	3616
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0481	389
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0071	489
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	11.1548	363

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関連情報:EMDBヘッダ

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