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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tv2 | |||||||||
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タイトル | Structure of apo FabS1C_L1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Cell signalling / antibody / agonist / high affinity / clustering / activation / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sicheri, F. / Sidhu, S.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Synthetic Antibodies targeting EPHA2 Induce Diverse Signaling-Competent Clusters with Differential Activation 著者: Adams, J.J. / Bruce, H.A. / Ploder, L. / Garcia, J. / Khutoreskaya, G. / Jarvik, N. / Costa, L.E. / Gorelik, M. / Pot, I. / Sicheri, F. / Blazer, L.L. / Singer, A.U. / Sidhu, S.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tv2.cif.gz | 386.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tv2.ent.gz | 281 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tv2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tv2_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tv2_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tv2_validation.xml.gz | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tv2_validation.cif.gz | 43.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tv2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 25257.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fab produced by randomization of CDR regions and selected by phage display. Fabs utilize IMGT (LeClerc et al., Dev Comp Immunol. 2003 Jan;27(1):55-77) numbering. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTa / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 22858.264 Da / 分子数: 2 / Mutation: SPHAGLSSP replaced by QGTTS; Q165S, K167Y / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fab produced by randomization of CDR regions and selected by phage display. Fabs utilize IMGT (LeClerc et al., Dev Comp Immunol. 2003 Jan;27(1):55-77) numbering. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTa / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 18% PEG6000, 1M Lithium Chloride, 100 mM Sodium citrate 5.0 PH範囲: 5 / Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→92.71 Å / Num. obs: 33902 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 67.19 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.136 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3816 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.405 / Rrim(I) all: 1.209 / % possible all: 82.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→64.31 Å / SU ML: 0.3998 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.8604 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→64.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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